PDB-3lpw: Crystal structure of the FnIII-tandem A77-A78 from the A-band of titin

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3lpw

タイトル

Crystal structure of the FnIII-tandem A77-A78 from the A-band of titin

要素

A77-A78 domain from Titin

キーワード

STRUCTURAL PROTEIN / intracellular FnIII-tandem

機能・相同性

機能・相同性情報

sarcomerogenesis / structural molecule activity conferring elasticity / telethonin binding / skeletal muscle myosin thick filament assembly / cardiac myofibril assembly / muscle alpha-actinin binding / detection of muscle stretch / cardiac muscle tissue morphogenesis / protein kinase regulator activity / cardiac muscle hypertrophy ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.65 Å

データ登録者

Bucher, R.M. / Mayans, O.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2010
タイトル: The structure of the FnIII Tandem A77-A78 points to a periodically conserved architecture in the myosin-binding region of titin
著者: Bucher, R.M. / Svergun, D.I. / Muhle-Goll, C. / Mayans, O.

履歴

登録	2010年2月6日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2010年9月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2023年11月1日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3lpw.cif.gz	180 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3lpw.ent.gz	143.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3lpw.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3lpw_validation.pdf.gz	450.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3lpw_full_validation.pdf.gz	452.7 KB	表示
XML形式データ	3lpw_validation.xml.gz	24.1 KB	表示
CIF形式データ	3lpw_validation.cif.gz	37.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lp/3lpw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lp/3lpw	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2nziS 2a38 2rik 2rjm 3b43 S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2v9r-d 2vra-2 2vr9-1 4q58-3 4lp5-1 4bk0-d 7aw6-2 2vr9-3 6yjp-3 6gu0-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#185 - 2015年5月タイチン (Titin) 類似性 (12) #267 - 2022年3月血管内皮増殖因子と血管新生 (Vascular Endothelial Growth Factor (VegF) 類似性 (2) #52 - 2004年4月成長ホルモン (Growth Hormone) 類似性 (1) #141 - 2011年9月 O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: A77-A78 domain from Titin

B: A77-A78 domain from Titin

ヘテロ分子

43.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: A77-A78 domain from Titin

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
21.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: A77-A78 domain from Titin

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
21.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	115.900, 163.200, 65.200
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-201- HOH
2	1	A-247- HOH
3	1	A-486- HOH
4	1	A-660- HOH
5	1	B-419- HOH

#1: タンパク質	A77-A78 domain from Titin 分子量: 21679.473 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TTN / プラスミド: pETM-11 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DL3)Rosetta / 参照: UniProt: Q8WZ42
#2: 化合物	ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル分子量: 118.174 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₂ / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-MRD / (4R)-2-METHYLPENTANE-2,4-DIOL / (4R)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₂ / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 695 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.56 Å³/Da / 溶媒含有率: 65.4 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: ELLIOTT GX-20
検出器	タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 詳細: Osmic confocal system
放射	モノクロメーター: Cu-Ka / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	相対比: 1
反射	解像度: 1.65→19.805 Å / Num. obs: 74213 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 3.9 % / B_iso Wilson estimate: 15.47 Å² / R_sym value: 0.071 / Net I/σ(I): 11.9
反射シェル	解像度: 1.65→1.68 Å / 冗長度: 3.7 % / Mean I/σ(I) obs: 3.6 / Num. unique all: 3775 / R_sym value: 0.368 / % possible all: 99.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MAR345dtb		データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: A170 extracted from PDB entry 2NZI

2nzi

解像度: 1.65→19.805 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.858 / SU ML: 0.18 / 交差検証法: Free-R Flag, throughout / 位相誤差: 21.74 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2082	978	1.32 %	FREERFLAG (CCP4) random selection
R_work	0.1789	-	-	-
obs	0.1793	74213	99.59 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 60.264 Å² / k_sol: 0.346 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 132.13 Å² / B_iso mean: 24.815 Å² / B_iso min: 4.14 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.606 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	2.069 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.464 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.65→19.805 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3033	0	24	695	3752

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	3159
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.019	4306
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.615	1192
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.069	493
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	549

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 7

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.65-1.737	0.327	118	0.309	10276	10394	98.76
1.737-1.846	0.249	151	0.247	10411	10562	99.94
1.846-1.988	0.211	120	0.191	10426	10546	99.94
1.988-2.188	0.182	159	0.162	10409	10568	99.92
2.188-2.504	0.205	140	0.164	10469	10609	99.71
2.504-3.153	0.207	117	0.169	10530	10647	99.73
3.153-19.806	0.192	173	0.154	10714	10887	99.11

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.9739	0.4305	-0.6272	1.6671	-1.0088	0.9176	0.0238	-0.0832	0.0168	0.0809	-0.0742	-0.0723	-0.0794	0.0565	0.0305	0.1196	-0.0578	-0.0142	0.0977	0.0186	0.1156	46.4818	54.3337	29.7654
2	1.6591	0.3208	0.3257	0.3879	-0.124	0.994	-0.1464	0.0869	0.2206	-0.079	0.0518	0.0628	-0.1952	-0.0898	0.0959	0.15	-0.0048	-0.013	0.0361	0.0255	0.0869	49.4476	91.2442	10.3047
3	1.942	0.1645	-1.1633	1.2358	-0.3787	0.8828	0.0153	0.0155	-0.0072	-0.0783	-0.0357	-0.0071	0.0972	-0.0166	0.0105	0.0891	-0.0587	-0.0064	0.152	0.0177	0.0806	30.7488	31.2185	-14.2395
4	1.2243	0.0754	-0.8345	1.2835	0.1061	2.0939	-0.0424	-0.1965	-0.0271	0.0306	-0.0007	-0.0905	0.1281	0.0731	0.046	0.05	-0.0031	-0.0019	0.1221	-0.0028	0.0536	66.8647	33.2356	5.9789

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain A and resid 1:100	A	1 - 100
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain A and resid 101:197	A	101 - 197
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain B and resid 198:295	B	198 - 295
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain B and resid 296:392	B	296 - 392

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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