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- PDB-3lpd: Crystal structure of a subtilisin-like protease -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3lpd
タイトルCrystal structure of a subtilisin-like protease
要素Acidic extracellular subtilisin-like protease AprV2
キーワードHYDROLASE / protease / subtilase / virulence factor / Serine protease
機能・相同性
機能・相同性情報


serine-type endopeptidase activity / proteolysis / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Peptidase MprA-like catalytic domain / P domain / Proprotein convertase P-domain / P/Homo B domain profile. / Peptidase S8/S53 domain / : / Peptidase S8, subtilisin, His-active site / Serine proteases, subtilase family, histidine active site. / Serine proteases, subtilase family, aspartic acid active site. / Peptidase S8, subtilisin, Asp-active site ...Peptidase MprA-like catalytic domain / P domain / Proprotein convertase P-domain / P/Homo B domain profile. / Peptidase S8/S53 domain / : / Peptidase S8, subtilisin, His-active site / Serine proteases, subtilase family, histidine active site. / Serine proteases, subtilase family, aspartic acid active site. / Peptidase S8, subtilisin, Asp-active site / Serine proteases, subtilase family, serine active site. / Peptidase S8, subtilisin, Ser-active site / Peptidase S8, subtilisin-related / Serine proteases, subtilase domain profile. / Peptidase S8/S53 domain superfamily / Subtilase family / Peptidase S8/S53 domain / Galactose-binding-like domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Acidic extracellular subtilisin-like protease AprV2
類似検索 - 構成要素
生物種Dichelobacter nodosus (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Porter, C.J. / Wong, W. / Whisstock, J.C. / Rood, J.I. / Kennan, R.M.
引用ジャーナル: Plos Pathog. / 年: 2010
タイトル: The Subtilisin-Like Protease AprV2 Is Required for Virulence and Uses a Novel Disulphide-Tethered Exosite to Bind Substrates
著者: Kennan, R.M. / Wong, W. / Dhungyel, O.P. / Han, X. / Wong, D. / Parker, D. / Rosado, C.J. / Law, R.H.P. / McGowan, S. / Reeve, S.B. / Levina, V. / Powers, G.A. / Pike, R.N. / Bottomley, S.P. ...著者: Kennan, R.M. / Wong, W. / Dhungyel, O.P. / Han, X. / Wong, D. / Parker, D. / Rosado, C.J. / Law, R.H.P. / McGowan, S. / Reeve, S.B. / Levina, V. / Powers, G.A. / Pike, R.N. / Bottomley, S.P. / Smith, A.I. / Marsh, I. / Whittington, R.J. / Whisstock, J.C. / Porter, C.J. / Rood, J.I.
履歴
登録2010年2月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年12月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Acidic extracellular subtilisin-like protease AprV2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,9514
ポリマ－35,8301
非ポリマー1203
水1,40578
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)42.936, 45.655, 47.248
Angle α, β, γ (deg.)98.00, 115.13, 113.41
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 Acidic extracellular subtilisin-like protease AprV2


分子量: 35830.340 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 131-469 / 変異: C141S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Dichelobacter nodosus (バクテリア)
株: VCS1703A / 遺伝子: aprV2, DNO_1167 / プラスミド: pET22b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta-Gami(DE3)LysS
参照: UniProt: A5EXI3, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 78 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.34 % / Mosaicity: 0.94 °
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: Sodium Acetate, Sodium Cacodylate, PEG 8000, pH 6.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.542 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2009年7月7日 / 詳細: mirrors
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.542 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→24.108 Å / Num. all: 15131 / Num. obs: 15131 / % possible obs: 93.6 % / 冗長度: 3.8 % / Rsym value: 0.092
反射 シェル解像度: 2.1→2.21 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.56 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique all: 2152

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRRfactor: 33.92 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.1 Å24.11 Å
Translation2.1 Å24.11 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALA3.3.9データスケーリング
PHASER2.1.4位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
CrystalClearデータ収集
MOSFLMデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3LPC

3lpc


解像度: 2.1→24.108 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.928 / WRfactor Rfree: 0.212 / WRfactor Rwork: 0.164 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.837 / SU B: 13.966 / SU ML: 0.164 / SU R Cruickshank DPI: 0.312 / SU Rfree: 0.219 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.312 / ESU R Free: 0.218 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.237 769 5.1 %RANDOM
Rwork0.182 ---
obs0.185 15129 93.65 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 41.79 Å2 / Biso mean: 30.249 Å2 / Biso min: 3.24 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.02 Å20.17 Å20.03 Å2
2--0.1 Å20.19 Å2
3---0.13 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→24.108 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2468 0 3 78 2549
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0212522
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2291.9243450
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3015338
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.66424.818110
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.39915341
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.1981512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0790.2387
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0211984
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5151.51672
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.91822661
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.4443850
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.2914.5789
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.154 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.364 53 -
Rwork0.265 1037 -
all-1090 -
obs--90.31 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.67410.62690.03371.16790.4580.7173-0.10320.29720.2578-0.06490.1040.0606-0.0368-0.0675-0.00080.10590.009-0.01130.06380.04810.055912.4648-5.015-17.8008
21.15013.334-1.300132.9058-8.09482.2778-0.2259-0.05-0.1889-0.36530.13340.00770.2043-0.01090.09250.097-0.02810.01140.0847-0.00690.09688.2089-30.5942-19.7678
33.06270.7856-0.03531.06950.00860.6791-0.00810.0315-0.1996-0.01540.0017-0.10670.05570.07480.00640.12270.0207-0.00210.04750.02530.067821.9577-10.7301-12.9969
42.64441.05620.11131.47180.3751.04830.1646-0.35030.22990.1419-0.13510.0752-0.0354-0.0409-0.02950.10910.01040.01780.1195-0.01480.082212.3753-5.7192-4.3294
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A2 - 81
2X-RAY DIFFRACTION2A82 - 103
3X-RAY DIFFRACTION3A104 - 221
4X-RAY DIFFRACTION4A222 - 340

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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