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万見
- PDB-3lp9: Crystal structure of LS24, A Seed Albumin from Lathyrus sativus -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3lp9
タイトルCrystal structure of LS24, A Seed Albumin from Lathyrus sativus
要素LS-24
キーワードPLANT PROTEIN / seed albumin
機能・相同性
機能・相同性情報


nutrient reservoir activity / calcium ion binding / heme binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
4 Propeller / Hemopexin / Hemopexin-like domain / Hemopexin-like domain / Hemopexin-like repeats / Hemopexin-like domain superfamily / Hemopexin / Hemopexin repeat profile. / Hemopexin-like repeats. / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
SPERMINE / Albumin-2
類似検索 - 構成要素
生物種Lathyrus sativus (マメ科)
手法X線回折 / 多重同系置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Gaur, V. / Qureshi, I.A. / Singh, A. / Chanana, V. / Salunke, D.M.
引用ジャーナル: Plant Physiol. / 年: 2010
タイトル: Crystal structure and functional insights of hemopexin fold protein from grass pea
著者: Gaur, V. / Qureshi, I.A. / Singh, A. / Chanana, V. / Salunke, D.M.
履歴
登録2010年2月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年2月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: LS-24
B: LS-24
C: LS-24
D: LS-24
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,48417
ポリマ－102,8884
非ポリマー59613
水10,178565
1
A: LS-24
C: LS-24
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,6418
ポリマ－51,4442
非ポリマー1976
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: LS-24
D: LS-24
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,8439
ポリマ－51,4442
非ポリマー3997
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)83.170, 88.140, 154.530
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
LS-24


分子量: 25721.979 Da / 分子数: 4 / 断片: Plant Hemopexin domain / 由来タイプ: 天然 / 詳細: seeds / 由来: (天然) Lathyrus sativus (マメ科) / 参照: UniProt: D4AEP7*PLUS

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非ポリマー , 5種, 578分子

#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物 ChemComp-SPM / SPERMINE / スペルミン


分子量: 202.340 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H26N4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 565 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

配列の詳細THE PROTEIN SEQUENCE DATA REPORTED IN THIS ENTRY WILL APPEAR IN THE UNIPROT KNOWLEDGEBASE UNDER THE ...THE PROTEIN SEQUENCE DATA REPORTED IN THIS ENTRY WILL APPEAR IN THE UNIPROT KNOWLEDGEBASE UNDER THE ACCESSION NUMBER P86190. UNK HAS BEEN USED AT POSITIONS 202, 203 AND 206 BECAUSE OF POOR ELECTRON DENSITY FOR SIDE CHAINS IN ALL THE FOUR PROTEIN CHAINS (A,B,C,D). THEY WILL BE CORRECTED ACCORDINGLY IN UNIPROT AT A LATER TIME.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.31 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 10% (w/v) PEG 200000, 0.1M MES pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 120 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2006年12月12日 / 詳細: Mirrors
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 54633 / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.129 / Net I/σ(I): 5.2 / Num. measured all: 185883
反射 シェル解像度: 2.2→2.32 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.491 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique all: 8105

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345dtbデータ収集
SOLVE位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 2.2→47.63 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.938 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.925 / SU B: 17.713 / SU ML: 0.195 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.378 / ESU R Free: 0.248 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.266 5549 10.2 %RANDOM
Rwork0.24441 ---
obs0.24662 49032 93.45 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 16.868 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.14 Å20 Å20 Å2
2--3.76 Å20 Å2
3----2.61 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→47.63 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7220 0 26 565 7811
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0210.0227433
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9631.9510052
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.0235904
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.73623.889360
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.97151176
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.8151532
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1250.21036
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.025812
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2440.23566
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3280.25048
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1860.2473
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0320.21
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2460.245
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2590.28
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5191.54516
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.75727268
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.22632999
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.5934.52784
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.363 438 -
Rwork0.331 3672 -
obs--96.25 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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