PDB-3lor: The Crystal Structure of a Thiol-disulfide Isomerase from Coryneb...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3lor

タイトル

The Crystal Structure of a Thiol-disulfide Isomerase from Corynebacterium glutamicum to 2.2A

要素

Thiol-disulfide isomerase and thioredoxins

キーワード

ISOMERASE / Thiol / PSI / MCSG / Structural Genomics / Midwest Center for Structural Genomics / Protein Structure Initiative

機能・相同性

機能・相同性情報

isomerase activity / oxidoreductase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Corynebacterium glutamicum (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Stein, A.J. / Osipiuk, J. / Weger, A. / Cobb, G. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: The Crystal Structure of a Thiol-disulfide Isomerase from Corynebacterium glutamicum to 2.2A
著者: Stein, A.J. / Osipiuk, J. / Weger, A. / Cobb, G. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2010年2月4日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年3月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2017年11月1日	Group: Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.3	2024年10月30日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3lor.cif.gz	139 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3lor.ent.gz	113.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3lor.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lo/3lor ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lo/3lor	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4v4f-2 1881 1utd-1 3aqd-2 4v4f-4 3aqd-1 4j5s-d 1pt9-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: APC61551

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Thiol-disulfide isomerase and thioredoxins

B: Thiol-disulfide isomerase and thioredoxins

C: Thiol-disulfide isomerase and thioredoxins

D: Thiol-disulfide isomerase and thioredoxins

ヘテロ分子

73.4 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	78.190, 78.892, 124.229
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

詳細

Biological unit is the same as asymmetric unit.

#1: タンパク質	Thiol-disulfide isomerase and thioredoxins 分子量: 18277.035 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Corynebacterium glutamicum (バクテリア) 株: ATCC 13932 / 遺伝子: cg1043, Cgl0914 / プラスミド: pMCSG19 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8NRX7
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 96 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.66 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.9 %
結晶化	温度: 277 K / pH: 4.6 詳細: 30% MPD, 0.1M Sodium acetate pH 4.6, 0.2M Calcium chloride, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9794
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年5月19日
放射	モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 45076 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 4.9 % / R_merge(I) obs: 0.115 / Net I/σ(I): 8
反射シェル	解像度: 2.1→2.18 Å / 冗長度: 4.9 % / R_merge(I) obs: 0.784 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.004	データ抽出
SBC-Collect		データ収集
SHELX		位相決定
MLPHARE		位相決定
直接法		位相決定
ARP/wARP		モデル構築
Coot		モデル構築

精密化

解像度: 2.2→41.4 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.946 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.913 / SU B: 14.493 / SU ML: 0.166 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.246 / ESU R Free: 0.209 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.259	1974	5 %	RANDOM
R_work	0.212	-	-	-
obs	0.214	39504	99.4 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 14.65 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.02 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.02 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→41.4 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4723	0	10	96	4829

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.022	4856
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.303	1.965	6588
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.976	5	618
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	39.587	24.372	215
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.468	15	847
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.62	15	30
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.091	0.2	763
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.021	3640
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.467	1.5	3051
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.866	2	4943
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.724	3	1805
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.685	4.5	1639
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.2→2.26 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.306	133	-
R_work	0.264	2751	-
obs	-	-	99.72 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	26.1407	-5.8648	7.7607	1.8092	-1.7852	2.4813	0.5135	2.2175	-0.824	-0.6058	-0.3187	0.3164	0.1365	0.4785	-0.1948	0.5395	-0.0565	-0.1061	0.3961	-0.045	0.2513	-30.7083	3.1065	-26.9023
2	19.4135	-5.847	2.3126	4.2197	0.1093	1.7038	-0.3969	-0.2203	-0.0204	-0.2028	0.2495	-0.1391	0.0754	0.1388	0.1473	0.2121	0.0522	0.1007	0.2177	0.0642	0.2333	-15.8357	2.9336	-18.6537
3	2.0105	-2.6726	-4.3156	18.7288	11.0162	20.008	-0.1668	-0.4017	0.1906	0.4159	0.7225	-0.7951	0.5589	0.8411	-0.5558	0.2136	0.0305	-0.111	0.3047	0.0437	0.1574	-11.7123	7.0048	-8.6878
4	17.3158	-0.8271	8.8493	2.237	-1.4874	5.1475	-0.5075	-0.7367	-0.5506	0.2826	0.3486	-0.6033	-0.4009	-0.4318	0.159	0.2923	0.0344	-0.0054	0.3482	0.0536	0.3234	-21.3015	2.0814	-9.2846
5	22.2519	4.7485	-9.2372	13.6397	-8.0599	7.0514	-0.3196	-0.2436	-0.641	-0.0232	0.2674	0.403	0.3416	-0.1986	0.0523	0.2834	-0.0196	0.0037	0.1885	-0.0576	0.1381	-27.2394	8.21	-13.5964
6	10.5321	7.2021	-1.297	8.941	1.1145	2.2202	0.3949	0.2404	0.4031	0.1912	-0.1593	-0.2424	0.0044	0.1312	-0.2356	0.166	0.0512	-0.0047	0.198	0.0172	0.1382	-10.1022	17.9007	-18.8989
7	20.9462	-0.2683	-0.1907	12.8659	0.5339	23.6096	0.2223	0.1076	1.0032	0.1303	0.1701	0.1321	-0.8516	0.2544	-0.3923	0.1786	-0.0207	-0.0088	0.1314	0.045	0.1632	-12.6871	25.623	-18.9004
8	10.3315	5.3113	-8.3755	8.7208	-1.6666	15.0494	0.1193	-0.1634	0.4771	0.1384	-0.1212	0.2024	-0.3864	-0.1702	0.002	0.185	0.0191	-0.0314	0.1404	-0.0141	0.1061	-19.8869	21.7953	-11.7131
9	9.6625	3.6912	0.492	20.4957	-0.8709	12.6939	0.3398	-0.2943	0.7099	0.5847	-0.1366	0.2434	-0.5478	0.0526	-0.2031	0.1641	0.046	0.0515	0.3048	-0.0271	0.0862	-27.3206	16.453	-6.478
10	9.2306	0.8176	-2.3178	0.5668	0.1551	1.85	0.1015	0.2136	-0.0207	-0.0772	0.0409	-0.173	-0.0656	0.1309	-0.1425	0.1864	0.0275	-0.0036	0.1032	-0.0279	0.1481	-9.8678	12.9674	-19.5057
11	2.0004	3.0008	-5.0775	10.6969	-6.4117	22.9598	-0.1043	0.0506	-0.0241	-0.4135	0.0076	0.0149	0.2111	0.4333	0.0966	0.15	0.0329	-0.0371	0.3055	-0.0194	0.3286	-0.052	13.2909	-15.9848
12	16.3389	-4.229	-6.8507	8.8986	2.9513	8.8366	0.0467	-0.1371	-0.0985	0.4832	-0.1335	-0.4534	-0.2595	0.2103	0.0868	0.2083	-0.008	-0.0834	0.1983	0.0151	0.1334	-7.2125	18.587	-8.292
13	7.9014	-2.0602	-6.727	1.7614	2.0188	9.6467	-0.212	-0.0518	-0.2998	0.1078	0.2033	-0.2346	0.3526	0.4664	0.0086	0.1378	0.0194	-0.0443	0.1222	-0.0143	0.196	-9.4189	7.7133	-20.4292
14	28.5758	0.3379	-3.2821	18.5593	-10.9173	19.8442	-0.0594	0.9447	-0.3412	-1.1983	-0.0353	-0.0984	0.7669	-0.2339	0.0948	0.1749	0.0279	0.0105	0.1893	-0.0818	0.0996	-16.2757	6.6836	-28.6462
15	17.1876	6.4591	-1.6275	8.144	3.4832	3.1522	0.083	0.7161	0.3801	-0.5573	0.1588	-0.0418	-0.3977	-0.1985	-0.2418	0.2188	0.0184	-0.0233	0.2029	0.0163	0.1201	-16.9046	15.901	-25.1318
16	9.1199	-0.4256	-6.7261	13.1501	-1.1088	10.7919	-0.4139	0.5598	-0.2526	-0.07	0.1854	1.3838	0.8684	-0.612	0.2286	0.1565	-0.0215	-0.0136	0.1931	-0.0231	0.2278	-31.2178	7.3694	-18.3841
17	25.46	14.4236	2.0084	8.3125	0.9103	1.7205	-0.1155	0.3985	1.4337	0.0922	0.1592	0.8804	-0.5173	-0.0114	-0.0437	0.2804	0.0499	0.0311	0.2137	0.0055	0.1649	-26.7972	13.0916	-24.9811
18	23.3265	-0.4634	3.3886	5.4271	0.8251	14.9816	-0.0593	0.1957	1.7542	-0.3898	0.3774	-0.4626	0.2172	0.1781	-0.318	0.1354	0.027	0.0494	0.1761	0.0606	0.3086	-21.5101	24.6973	-23.0794
19	3.8117	2.1795	-0.47	18.23	-7.3863	7.2952	-0.1017	0.2975	-0.2168	-0.1434	0.2359	-0.117	0.2626	0.064	-0.1343	0.1199	0.0255	0.0244	0.1694	-0.0031	0.1244	-31.0332	22.3849	-19.0823
20	7.5269	-7.5842	-3.8823	33.8158	2.0815	28.0809	0.3569	0.6834	-1.5384	-1.2495	-0.2509	2.1316	1.7892	-1.753	-0.106	0.2816	-0.0079	-0.1676	0.203	-0.0838	0.5778	-37.2868	12.9876	-16.9551
21	6.5789	4.2496	3.2817	22.8352	2.0967	2.3833	-0.284	-0.3925	0.6685	0.8798	0.0779	-0.3616	-0.2664	-0.0514	0.2061	0.1922	-0.0356	-0.1277	0.3718	-0.0044	0.1853	14.1275	46.6042	-7.9184
22	4.6804	-5.1471	0.098	6.2208	-3.5513	26.4992	-0.0341	-0.1112	-0.1951	-0.0067	0.2599	0.1681	0.656	-0.128	-0.2257	0.0954	-0.0028	-0.0629	0.1634	-0.0134	0.1471	13.5132	30.256	-18.1759
23	2.5325	0.4867	-0.7076	8.4991	-1.3204	0.4352	-0.2313	0.4616	-0.0119	-0.8466	0.0571	-1.0004	0.2526	-0.0168	0.1742	0.3372	0.0118	-0.0077	0.3171	0.0419	0.218	13.5441	41.1675	-21.9794
24	1.6452	-0.7131	1.2128	17.4984	-1.6405	1.2824	-0.1653	-0.0416	0.1011	-0.212	0.1881	-0.1879	-0.0745	-0.1161	-0.0228	0.173	0.0227	-0.0891	0.2175	0.0318	0.1283	4.442	40.0574	-14.9639
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76	6.8611	4.1922	0.8915	22.5373	3.5339	1.9305	-0.169	0.4586	-0.4181	0.8866	0.2354	1.4129	0.2544	-0.1113	-0.0665	0.3836	-0.1242	-0.016	0.309	0.0558	0.5162	-50.4823	22.2742	-16.2967
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78	7.0191	-10.1475	-3.7738	24.5073	12.3377	11.2138	0.1321	-0.5311	0.6406	0.7632	-0.3603	-0.973	-0.3473	-0.0647	0.2282	0.6325	-0.1508	-0.0731	0.3312	0.1106	0.2759	-32.8393	34.1759	-8.895
79	28.9564	3.1876	6.0682	1.8294	1.303	1.6148	0.1773	-0.3035	-0.0937	0.3786	-0.0728	-0.0824	0.059	-0.0827	-0.1045	0.3463	-0.0266	0.059	0.1685	0.0045	0.129	-34.3005	24.9882	-14.098
80	7.9816	13.6446	11.943	36.8381	10.5771	26.6574	0.8974	-0.3248	-0.0557	1.5031	-0.5046	1.5281	1.7305	-0.5569	-0.3928	0.2137	0.0643	0.1813	0.255	0.0467	0.6931	-42.7614	18.2546	-17.4709

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	4 - 9
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	10 - 15
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	16 - 20
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	21 - 27
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	28 - 35
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	36 - 42
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	43 - 48
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	49 - 57
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	58 - 65
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	66 - 77
11	X-RAY DIFFRACTION	11	A	78 - 84
12	X-RAY DIFFRACTION	12	A	85 - 94
13	X-RAY DIFFRACTION	13	A	95 - 112
14	X-RAY DIFFRACTION	14	A	113 - 117
15	X-RAY DIFFRACTION	15	A	118 - 125
16	X-RAY DIFFRACTION	16	A	126 - 132
17	X-RAY DIFFRACTION	17	A	133 - 137
18	X-RAY DIFFRACTION	18	A	138 - 143
19	X-RAY DIFFRACTION	19	A	144 - 151
20	X-RAY DIFFRACTION	20	A	152 - 157
21	X-RAY DIFFRACTION	21	B	4 - 13
22	X-RAY DIFFRACTION	22	B	14 - 18
23	X-RAY DIFFRACTION	23	B	19 - 29
24	X-RAY DIFFRACTION	24	B	30 - 39
25	X-RAY DIFFRACTION	25	B	40 - 47
26	X-RAY DIFFRACTION	26	B	48 - 56
27	X-RAY DIFFRACTION	27	B	57 - 61
28	X-RAY DIFFRACTION	28	B	62 - 66
29	X-RAY DIFFRACTION	29	B	67 - 76
30	X-RAY DIFFRACTION	30	B	77 - 81
31	X-RAY DIFFRACTION	31	B	82 - 87
32	X-RAY DIFFRACTION	32	B	88 - 94
33	X-RAY DIFFRACTION	33	B	95 - 104
34	X-RAY DIFFRACTION	34	B	105 - 112
35	X-RAY DIFFRACTION	35	B	113 - 118
36	X-RAY DIFFRACTION	36	B	119 - 131
37	X-RAY DIFFRACTION	37	B	132 - 136
38	X-RAY DIFFRACTION	38	B	137 - 142
39	X-RAY DIFFRACTION	39	B	143 - 151
40	X-RAY DIFFRACTION	40	B	152 - 157
41	X-RAY DIFFRACTION	41	C	6 - 13
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43	X-RAY DIFFRACTION	43	C	21 - 29
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45	X-RAY DIFFRACTION	45	C	36 - 41
46	X-RAY DIFFRACTION	46	C	42 - 49
47	X-RAY DIFFRACTION	47	C	50 - 56
48	X-RAY DIFFRACTION	48	C	57 - 62
49	X-RAY DIFFRACTION	49	C	63 - 72
50	X-RAY DIFFRACTION	50	C	73 - 77
51	X-RAY DIFFRACTION	51	C	78 - 94
52	X-RAY DIFFRACTION	52	C	95 - 100
53	X-RAY DIFFRACTION	53	C	101 - 106
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79	X-RAY DIFFRACTION	79	D	144 - 151
80	X-RAY DIFFRACTION	80	D	152 - 157

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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