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Yorodumi- PDB-3lor: The Crystal Structure of a Thiol-disulfide Isomerase from Coryneb... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 3lor | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | The Crystal Structure of a Thiol-disulfide Isomerase from Corynebacterium glutamicum to 2.2A | ||||||
Components | Thiol-disulfide isomerase and thioredoxins | ||||||
Keywords | ISOMERASE / Thiol / PSI / MCSG / Structural Genomics / Midwest Center for Structural Genomics / Protein Structure Initiative | ||||||
| Function / homology | Function and homology information | ||||||
| Biological species | Corynebacterium glutamicum (bacteria) | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / Resolution: 2.2 Å | ||||||
Authors | Stein, A.J. / Osipiuk, J. / Weger, A. / Cobb, G. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | ||||||
Citation | Journal: To be PublishedTitle: The Crystal Structure of a Thiol-disulfide Isomerase from Corynebacterium glutamicum to 2.2A Authors: Stein, A.J. / Osipiuk, J. / Weger, A. / Cobb, G. / Joachimiak, A. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 3lor.cif.gz | 139 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb3lor.ent.gz | 113.9 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 3lor.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 3lor_validation.pdf.gz | 476.1 KB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 3lor_full_validation.pdf.gz | 489.1 KB | Display | |
| Data in XML | 3lor_validation.xml.gz | 28.7 KB | Display | |
| Data in CIF | 3lor_validation.cif.gz | 37.5 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lo/3lor ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lo/3lor | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Similar structure data | |
|---|---|
| Other databases |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
| ||||||||
| Unit cell |
| ||||||||
| Details | Biological unit is the same as asymmetric unit. |
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Components
| #1: Protein | Mass: 18277.035 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Corynebacterium glutamicum (bacteria) / Strain: ATCC 13932 / Gene: cg1043, Cgl0914 / Plasmid: pMCSG19 / Production host: ![]() #2: Chemical | ChemComp-CL / #3: Chemical | ChemComp-CA / | #4: Chemical | ChemComp-ACT / | #5: Water | ChemComp-HOH / | Has protein modification | Y | |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
-
Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.66 Å3/Da / Density % sol: 53.9 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 277 K / pH: 4.6 Details: 30% MPD, 0.1M Sodium acetate pH 4.6, 0.2M Calcium chloride, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 19-ID / Wavelength: 0.9794 |
| Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: May 19, 2009 |
| Radiation | Monochromator: DOUBLE CRYSTAL / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.9794 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 2.1→50 Å / Num. obs: 45076 / % possible obs: 99.5 % / Redundancy: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.115 / Net I/σ(I): 8 |
| Reflection shell | Resolution: 2.1→2.18 Å / Redundancy: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.784 / % possible all: 100 |
-
Processing
| Software |
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| Refinement | Resolution: 2.2→41.4 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.913 / SU B: 14.493 / SU ML: 0.166 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.246 / ESU R Free: 0.209 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE
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| Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso mean: 14.65 Å2
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| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.2→41.4 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell | Resolution: 2.2→2.26 Å / Total num. of bins used: 20
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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