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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3lo4 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of human alpha-defensin 1 (R24A mutant) | ||||||
![]() | Neutrophil defensin 1 | ||||||
![]() | ANTIMICROBIAL PROTEIN / ANTIMICROBIAL PEPTIDE / HUMAN ALPHA DEFENSIN 1 / HUMAN NEUTROPHIL PEPTIDE 1 / HNP1 / ANTIBIOTIC / ANTIMICROBIAL / Antiviral defense / Defensin / Disulfide bond / Fungicide / Phosphoprotein / Secreted | ||||||
機能・相同性 | ![]() pore-forming activity / Defensins / disruption of plasma membrane integrity in another organism / killing by host of symbiont cells / T cell chemotaxis / Alpha-defensins / defense response to protozoan / estrogen receptor signaling pathway / defense response to fungus / innate immune response in mucosa ...pore-forming activity / Defensins / disruption of plasma membrane integrity in another organism / killing by host of symbiont cells / T cell chemotaxis / Alpha-defensins / defense response to protozoan / estrogen receptor signaling pathway / defense response to fungus / innate immune response in mucosa / Golgi lumen / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / chemotaxis / azurophil granule lumen / antibacterial humoral response / cellular response to lipopolysaccharide / collagen-containing extracellular matrix / defense response to Gram-negative bacterium / defense response to virus / killing of cells of another organism / defense response to Gram-positive bacterium / immune response / Neutrophil degranulation / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Pazgier, M. / Lu, W. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Trp-26 imparts functional versatility to human alpha-defensin HNP1. 著者: Wei, G. / Pazgier, M. / de Leeuw, E. / Rajabi, M. / Li, J. / Zou, G. / Jung, G. / Yuan, W. / Lu, W.Y. / Lehrer, R.I. / Lu, W. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 25 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 16.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 428.4 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 428.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 5.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 6.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3365.995 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 65-94 / 変異: R24A / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Protein naturally occurs in HUMAN / 参照: UniProt: P59665 #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-CL / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.57 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / pH: 5.6 詳細: 20% PEG 4,000; 0.1 M sodium citrate tribasic dehydrate; 20% iso-propanol, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() | |||||||||||||||
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2009年4月8日 | |||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1.54 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||
Reflection twin |
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反射 | 解像度: 1.75→33.67 Å / Num. obs: 5942 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 5.8 % / Rmerge(I) obs: 0.05 / Rsym value: 0.047 / Net I/σ(I): 25.7 | |||||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 1.75→1.78 Å / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.568 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Rsym value: 0.536 / % possible all: 97.2 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 3GNY 解像度: 1.75→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.97 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.958 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 6.116 / SU ML: 0.072 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.025 / ESU R Free: 0.025 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: U VALUES : RESIDUAL ONLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 22.99 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.75→20 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.75→1.8 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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