[日本語] English
万見
- PDB-3lny: Second PDZ domain from human PTP1E in complex with RA-GEF2 peptide -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3lny
タイトルSecond PDZ domain from human PTP1E in complex with RA-GEF2 peptide
要素
  • Rap guanine nucleotide exchange factor 6
  • Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 13
キーワードsignaling protein/signaling protein / PDZ2 / Structural Genomics / Protein Structure Initiative / PSI-2 / Center for Eukaryotic Structural Genomics / CESG / Cytoskeleton / Cell membrane / Guanine-nucleotide releasing factor / signaling protein-signaling protein complex
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of excitatory synapse assembly / microvillus assembly / regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / phosphatidic acid binding / phosphatidylinositol 3-kinase regulatory subunit binding / GTP-dependent protein binding / cellular response to toxic substance / Interleukin-37 signaling / RND1 GTPase cycle / RND2 GTPase cycle ...negative regulation of excitatory synapse assembly / microvillus assembly / regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / phosphatidic acid binding / phosphatidylinositol 3-kinase regulatory subunit binding / GTP-dependent protein binding / cellular response to toxic substance / Interleukin-37 signaling / RND1 GTPase cycle / RND2 GTPase cycle / regulation of GTPase activity / RND3 GTPase cycle / Synthesis of PIPs at the plasma membrane / negative regulation of protein phosphorylation / peptidyl-tyrosine dephosphorylation / positive regulation of GTPase activity / endocytic vesicle / protein dephosphorylation / protein-tyrosine-phosphatase / protein tyrosine phosphatase activity / guanyl-nucleotide exchange factor activity / protein localization to plasma membrane / small GTPase binding / lamellipodium / cell body / Ras protein signal transduction / cytoskeleton / apical plasma membrane / centrosome / extracellular exosome / nucleoplasm / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 13 / Unstructured linker region on PTN13 protein between PDZ / : / KIND domain / KIND domain profile. / kinase non-catalytic C-lobe domain / Ras association (RalGDS/AF-6) domain / Ras association (RalGDS/AF-6) domain / Ras-associating (RA) domain profile. / Ras-associating (RA) domain ...Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 13 / Unstructured linker region on PTN13 protein between PDZ / : / KIND domain / KIND domain profile. / kinase non-catalytic C-lobe domain / Ras association (RalGDS/AF-6) domain / Ras association (RalGDS/AF-6) domain / Ras-associating (RA) domain profile. / Ras-associating (RA) domain / RasGEF N-terminal motif / Guanine nucleotide exchange factor for Ras-like GTPases; N-terminal motif / Ras-like guanine nucleotide exchange factor, N-terminal / Ras guanine-nucleotide exchange factors N-terminal domain profile. / FERM, C-terminal PH-like domain / FERM C-terminal PH-like domain / FERM C-terminal PH-like domain / Ras guanine nucleotide exchange factor domain superfamily / Ras guanine-nucleotide exchange factor, catalytic domain superfamily / RasGEF domain / Ras guanine-nucleotide exchange factors catalytic domain profile. / Guanine nucleotide exchange factor for Ras-like small GTPases / Ras guanine-nucleotide exchange factors catalytic domain / FERM, N-terminal / FERM N-terminal domain / FERM central domain / FERM/acyl-CoA-binding protein superfamily / FERM central domain / PDZ domain / Pdz3 Domain / Cyclic nucleotide-monophosphate binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain / FERM superfamily, second domain / cAMP/cGMP binding motif profile. / Cyclic nucleotide-binding domain / FERM domain / FERM domain profile. / Band 4.1 domain / Band 4.1 homologues / Cyclic nucleotide-binding domain superfamily / Protein tyrosine phosphatase, catalytic domain / PTP type protein phosphatase domain profile. / Protein-tyrosine phosphatase / Tyrosine-specific protein phosphatase, PTPase domain / Protein-tyrosine phosphatase, catalytic / Protein tyrosine phosphatase, catalytic domain motif / Tyrosine-specific protein phosphatases domain / Tyrosine specific protein phosphatases domain profile. / Protein-tyrosine phosphatase-like / PDZ domain / RmlC-like jelly roll fold / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZ domain / PDZ superfamily / PH-like domain superfamily / Ubiquitin-like domain superfamily / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
THIOCYANATE ION / Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 13 / Rap guanine nucleotide exchange factor 6
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.3 Å
データ登録者Zhang, J. / Chang, A. / Ke, H. / Phillips Jr., G.N. / Lee, A.L. / Center for Eukaryotic Structural Genomics (CESG)
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2010
タイトル: Crystallographic and nuclear magnetic resonance evaluation of the impact of peptide binding to the second PDZ domain of protein tyrosine phosphatase 1E.
著者: Zhang, J. / Sapienza, P.J. / Ke, H. / Chang, A. / Hengel, S.R. / Wang, H. / Phillips, G.N. / Lee, A.L.
履歴
登録2010年2月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年3月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22016年9月28日Group: Database references
改定 1.32017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 13
B: Rap guanine nucleotide exchange factor 6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,9025
ポリマ－10,6522
非ポリマー2503
水4,288238
1
A: Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 13
B: Rap guanine nucleotide exchange factor 6
ヘテロ分子
x 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,41330
ポリマ－63,91212
非ポリマー1,50118
水21612
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_545-y,x-y-1,z1
crystal symmetry operation3_655-x+y+1,-x,z1
crystal symmetry operation10_545y+2/3,x-2/3,-z+1/31
crystal symmetry operation11_445x-y-1/3,-y-2/3,-z+1/31
crystal symmetry operation12_555-x+2/3,-x+y+1/3,-z+1/31
Buried area11900 Å2
ΔGint-258 kcal/mol
Surface area24080 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)73.965, 73.965, 134.056
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-99-

SO4

21A-209-

HOH

31A-255-

HOH

41A-263-

HOH

詳細The biological assembly is a hexamer generated from the monomer in the asymmetric unit by the operations: -x+y,-x,z:-y,x-y,z:Y+2/3,x+1/3,-z+1/3:X-Y+2/3,-Y+1/3,-Z+1/3,-X+2/3,-X+Y+1/3, -Z+1/3

-
要素

#1: タンパク質 Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 13 / Protein-tyrosine phosphatase 1E / PTP-E1 / hPTPE1 / PTP-BAS / Protein-tyrosine phosphatase PTPL1 / ...Protein-tyrosine phosphatase 1E / PTP-E1 / hPTPE1 / PTP-BAS / Protein-tyrosine phosphatase PTPL1 / Fas-associated protein-tyrosine phosphatase 1 / FAP-1


分子量: 10020.252 Da / 分子数: 1 / 断片: PDZ2 domain / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: NdeI BamHI restriction sites / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PTPN13, PNP1, PTP1E, PTPL1 / プラスミド: pET21a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q12923
#2: タンパク質・ペプチド Rap guanine nucleotide exchange factor 6 / PDZ domain-containing guanine nucleotide exchange factor 2 / PDZ-GEF2 / RA-GEF-2


分子量: 631.675 Da / 分子数: 1 / 断片: C-terminal residues 1596-1601 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RAPGEF6, PDZGEF2 / 参照: UniProt: Q8TEU7
#3: 化合物 ChemComp-SCN / THIOCYANATE ION / チオシアン酸アニオン


分子量: 58.082 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CNS
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 238 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.87 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 20% PEG 3350, 0.8 M (NH4)2SO4, 0.2 M NaSCN, 0.1 M Na citrate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンNSLS X29A11.0809
シンクロトロンNSLS X29A21.0809
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年1月1日
放射
IDモノクロメータープロトコル散乱光タイプWavelength-ID
1Si(111)SINGLE WAVELENGTHx-ray1
2Si(111)SINGLE WAVELENGTHx-ray1
放射波長波長: 1.0809 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.3→50 Å / Num. obs: 34689 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 13.3 % / Rmerge(I) obs: 0.056 / Χ2: 1.237 / Net I/σ(I): 21.6
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
1.3-1.3210.70.1817111.3591,297.7
1.32-1.3510.80.14916831.3471,297.9
1.35-1.3710.80.1316951.3661,298
1.37-1.410.80.11716861.4021,298.3
1.4-1.4310.80.10217101.3981,298.3
1.43-1.4610.80.09516961.3851,298.5
1.46-1.510.80.0817191.3561,298.7
1.5-1.5410.80.0717191.2531,298.7
1.54-1.5910.80.06417071.1261,299.1
1.59-1.6410.80.06317361.0691,299.1
1.64-1.710.80.05917111.0681,299.2
1.7-1.7610.80.06217531.161,299.4
1.76-1.8410.80.06117281.1141,299.6
1.84-1.9410.80.05917410.7061,299.7
1.94-2.0615.90.10217620.8481,299.7
2.06-2.2221.30.09317371.3661,299.9
2.22-2.4520.60.07917551.5131,299.8
2.45-2.821.60.06517731.1621,2100
2.8-3.5319.70.05117951.0761,2100
3.53-5014.60.03418721.5651,299.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX1.5_2精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.3→29.695 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.16 / SU ML: 0.15 / σ(F): 0.22 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.189 1974 5.77 %
Rwork0.163 --
obs0.164 34191 97.68 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 77.695 Å2 / ksol: 0.389 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 374.25 Å2 / Biso mean: 33.131 Å2 / Biso min: 8.48 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.917 Å20 Å20 Å2
2---2.917 Å2-0 Å2
3---5.027 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.3→29.695 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数734 0 12 238 984
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.016821
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.6051102
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.091131
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007148
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.696299
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.3-1.3320.2111320.162195232794
1.332-1.3680.1851390.1462225236495
1.368-1.4090.1991360.1462232236896
1.409-1.4540.1951380.1462256239497
1.454-1.5060.211410.1432292243397
1.506-1.5660.1871380.1462262240098
1.566-1.6380.1921420.1472312245498
1.638-1.7240.181400.1392294243498
1.724-1.8320.1671430.1412308245199
1.832-1.9740.1511420.1352318246099
1.974-2.1720.1771430.1412344248799
2.172-2.4860.1991440.1512344248899
2.486-3.1320.1941440.1592367251199
3.132-29.7030.1871520.1922468262099

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る