[日本語] English
万見
- PDB-3lnt: Crystal structure of phosphoglyceromutase from Burkholderia Pseud... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3lnt
タイトルCrystal structure of phosphoglyceromutase from Burkholderia Pseudomallei 1710B with bound malonic acid
要素2,3-bisphosphoglycerate-dependent phosphoglycerate mutase
キーワードISOMERASE / mutase / phosphoglycerylmutase / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID / Glycolysis
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphoglycerate mutase (2,3-diphosphoglycerate-dependent) / phosphoglycerate mutase activity / gluconeogenesis / glycolytic process
類似検索 - 分子機能
Phosphoglycerate mutase 1 / Phosphoglycerate/bisphosphoglycerate mutase, active site / Phosphoglycerate mutase family phosphohistidine signature. / Phosphoglycerate mutase family / Phosphoglycerate mutase-like / Histidine phosphatase superfamily, clade-1 / Histidine phosphatase superfamily (branch 1) / Histidine phosphatase superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
MALONATE ION / 2,3-bisphosphoglycerate-dependent phosphoglycerate mutase
類似検索 - 構成要素
生物種Burkholderia pseudomallei (類鼻疽菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2011
タイトル: An ensemble of structures of Burkholderia pseudomallei 2,3-bisphosphoglycerate-dependent phosphoglycerate mutase.
著者: Davies, D.R. / Staker, B.L. / Abendroth, J.A. / Edwards, T.E. / Hartley, R. / Leonard, J. / Kim, H. / Rychel, A.L. / Hewitt, S.N. / Myler, P.J. / Stewart, L.J.
履歴
登録2010年2月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年2月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22011年10月5日Group: Database references
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: 2,3-bisphosphoglycerate-dependent phosphoglycerate mutase
B: 2,3-bisphosphoglycerate-dependent phosphoglycerate mutase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,4438
ポリマ－56,0302
非ポリマー4136
水4,612256
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: 2,3-bisphosphoglycerate-dependent phosphoglycerate mutase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,2024
ポリマ－28,0151
非ポリマー1873
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
B: 2,3-bisphosphoglycerate-dependent phosphoglycerate mutase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,2414
ポリマ－28,0151
非ポリマー2263
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)119.620, 119.620, 103.670
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number170
Space group name H-MP65

-
要素

#1: タンパク質 2,3-bisphosphoglycerate-dependent phosphoglycerate mutase / Phosphoglyceromutase / PGAM / BPG-dependent PGAM / dPGM


分子量: 28014.764 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Burkholderia pseudomallei (類鼻疽菌)
株: 1710b / 遺伝子: gpmA, BURPS1710b_0662 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q3JWH7, EC: 5.4.2.1
#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物 ChemComp-MLI / MALONATE ION / マロナ-ト


分子量: 102.046 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H2O4
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 256 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.81 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 2.4 M SODIUM MALONATE, PH 7.0. Crystal transferred to 2.4 M Malonate, pH 7.0 plus 25% (v/v) Ethylene Glycol for Cryoprotection, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.54 / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2009年12月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→46.34 Å / Num. obs: 49080 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 33.37 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.085 / Net I/σ(I): 18.88
反射 シェル解像度: 2.1→2.15 Å / Rmerge(I) obs: 0.721 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0104精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.1→46.34 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.948 / SU B: 6.918 / SU ML: 0.083 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.134 / ESU R Free: 0.124 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.196 2481 5.1 %RANDOM
Rwork0.17 ---
obs0.172 49078 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 27.65 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.02 Å20.01 Å20 Å2
2--0.02 Å20 Å2
3----0.02 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→46.34 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3765 0 27 256 4048
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0223928
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3851.9635355
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1795486
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.93623.476187
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.21715644
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.0391534
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0920.2585
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0213038
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7381.52387
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.32423850
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.17931541
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.4834.51498
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.15 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.251 189 -
Rwork0.222 3405 -
obs--99.89 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.65470.04870.09580.45510.27450.64990.01210.0967-0.0241-0.00940.0049-0.0242-0.03220.044-0.0170.0587-0.00030.01080.0786-0.01390.0773-28.2611-23.4626-7.5301
23.84152.2986-0.93864.4591-1.81271.3977-0.0370.0032-0.18790.37190.0137-0.3278-0.20790.2260.02340.077-0.038-0.03990.1354-0.04610.0906-14.9641-11.71819.43
30.76350.13340.07831.24550.80711.12730.0038-0.0577-0.06230.09370.0245-0.09750.07260.0459-0.02830.05970.00810.00190.04820.00640.0746-27.0607-24.83468.7168
41.0219-0.0146-0.11170.63060.03350.7047-0.0117-0.0428-0.1914-0.00730.0577-0.0144-0.0130.1103-0.0460.03090.02710.020.05930.00310.1296-17.2783-36.1021-1.9443
55.090.67-0.06672.19070.92130.41230.00210.082-0.00770.1420.0275-0.05910.06350.0096-0.02960.04910.02610.02870.0834-0.00040.0961-10.4439-24.7451-10.9749
60.7513-0.16670.53980.44690.23091.0518-0.06820.01810.0529-0.05690.0761-0.0079-0.0871-0.0088-0.00780.0846-0.005-0.01260.06810.01810.0507-47.2729-17.9332-14.428
71.5750.6912-0.23180.32060.08062.0071-0.06120.11240.0661-0.0430.050.0338-0.28090.22790.01120.1598-0.0117-0.05530.07440.0010.0384-60.0363-24.264-36.2654
82.34030.18210.94010.90241.20071.84810.29010.0473-0.33210.0099-0.0734-0.08910.1165-0.1483-0.21680.0712-0.0167-0.06430.10140.01250.0688-56.1488-34.3249-23.2371
90.06910.2667-0.2621.65250.05773.18360.0091-0.00430.03030.00770.03230.2171-0.0951-0.1047-0.04130.02750.0255-0.01520.13220.0450.0789-56.0395-24.1784-5.1987
104.66270.99251.68340.43070.75161.5026-0.20260.00040.2547-0.09970.00360.159-0.2103-0.23230.1990.03680.0468-0.02570.21960.09470.1265-63.4265-15.8646-10.7778
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 87
2X-RAY DIFFRACTION2A88 - 108
3X-RAY DIFFRACTION3A109 - 187
4X-RAY DIFFRACTION4A188 - 227
5X-RAY DIFFRACTION5A228 - 244
6X-RAY DIFFRACTION6B1 - 88
7X-RAY DIFFRACTION7B89 - 114
8X-RAY DIFFRACTION8B115 - 161
9X-RAY DIFFRACTION9B162 - 186
10X-RAY DIFFRACTION10B187 - 229

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る