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- PDB-3lnq: Structure of Aristaless homeodomain in complex with DNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3lnq
タイトルStructure of Aristaless homeodomain in complex with DNA
要素
  • 5'-D(*CP*CP*CP*TP*AP*AP*TP*TP*AP*AP*AP*CP*CP*C)-3'
  • 5'-D(*GP*GP*GP*TP*TP*TP*AP*AP*TP*TP*AP*GP*GP*G)-3'
  • Homeobox protein aristaless
キーワードGene Regulation/DNA / HOMEODOMAIN / PROTEIN-DNA COMPLEX / Developmental protein / DNA-binding / Homeobox / Nucleus / Gene Regulation-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


elongation of arista core / leg disc development / antennal morphogenesis / imaginal disc-derived leg morphogenesis / chaeta development / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / negative regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / nucleus
類似検索 - 分子機能
OAR domain / OAR motif / OAR domain profile. / : / Helix-turn-helix motif / Homeobox, conserved site / 'Homeobox' domain signature. / Homeodomain / 'Homeobox' domain profile. / Homeodomain ...OAR domain / OAR motif / OAR domain profile. / : / Helix-turn-helix motif / Homeobox, conserved site / 'Homeobox' domain signature. / Homeodomain / 'Homeobox' domain profile. / Homeodomain / Homeobox domain / Homeodomain-like / Homeobox-like domain superfamily / Arc Repressor Mutant, subunit A / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / DNA / DNA (> 10) / Homeobox protein aristaless
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Takamura, Y. / Miyazono, K. / Nagata, K. / Saigo, K. / Kojima, T. / Tanokura, M.
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2010
タイトル: Cooperative DNA-binding and sequence-recognition mechanism of aristaless and clawless
著者: Miyazono, K. / Zhi, Y. / Takamura, Y. / Nagata, K. / Saigo, K. / Kojima, T. / Tanokura, M.
履歴
登録2010年2月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年4月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Homeobox protein aristaless
B: 5'-D(*GP*GP*GP*TP*TP*TP*AP*AP*TP*TP*AP*GP*GP*G)-3'
C: 5'-D(*CP*CP*CP*TP*AP*AP*TP*TP*AP*AP*AP*CP*CP*C)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,8574
ポリマ－15,7983
非ポリマー591
水54030
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3210 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area7930 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)42.350, 42.350, 162.730
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 Homeobox protein aristaless


分子量: 7238.229 Da / 分子数: 1 / 断片: Homeobox, residues 87-144 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: al, CG3935 / プラスミド: pET26b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta(DE3) / 参照: UniProt: Q06453
#2: DNA鎖 5'-D(*GP*GP*GP*TP*TP*TP*AP*AP*TP*TP*AP*GP*GP*G)-3'


分子量: 4390.862 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#3: DNA鎖 5'-D(*CP*CP*CP*TP*AP*AP*TP*TP*AP*AP*AP*CP*CP*C)-3'


分子量: 4168.745 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#4: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 30 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.74 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.1M Tris-HCl, 0.2 M sodium acetate trihydrate, 26% PEG 4000, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 95 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NW12A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→20 Å / Num. obs: 7641 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 54.978 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.067 / Net I/σ(I): 23.32
反射 シェル
解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique obs% possible all
2.25-2.310.6953.66094551100
2.31-2.370.5924.97190529100
2.37-2.440.5235.87179513100
2.44-2.520.4246.97032512100
2.52-2.60.3139.56755480100
2.6-2.690.242126672482100
2.69-2.790.18815.46388464100
2.79-2.90.14719.36083443100
2.9-3.030.12222.75933438100
3.03-3.180.07131.45626415100
3.18-3.350.06335.2511538599.5
3.35-3.560.06638.65040384100
3.56-3.80.05541.84531353100
3.8-4.110.053444259329100
4.11-4.50.049443877312100
4.5-5.030.04544.43572286100
5.03-5.810.04645.53194257100
5.81-7.120.04542.52717227100
7.12-10.060.03646.12074183100
10.060.02443.19449883.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
REFMACrefmac_5.5.0102精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
XDSデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3A01

3a01


解像度: 2.25→18.939 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.933 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 16.486 / SU ML: 0.186 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.325 / ESU R Free: 0.224 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25105 353 4.6 %RANDOM
Rwork0.22674 7288 --
obs0.22797 7641 99.96 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 85.68 Å2 / Biso mean: 42.719 Å2 / Biso min: 23.19 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.4 Å20 Å20 Å2
2--0.4 Å20 Å2
3----0.81 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.25→18.939 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数511 568 4 30 1113
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0211162
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6592.5481682
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.117557
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.14721.61331
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.6141599
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg26.593158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0850.2181
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.02699
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.61.5292
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.1412469
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.4913870
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.1734.51213
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.25→2.308 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.426 31 -
Rwork0.317 518 -
all-549 -
obs--99.82 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.4953-2.0624-1.06643.38781.78292.193-0.0861-0.41160.33250.24190.3566-0.3616-0.07220.4825-0.27040.1097-0.0657-0.01510.1914-0.08690.1715-3.629312.1106-7.2533
21.3534-1.0677-1.61012.09662.467.47710.1519-0.30010.1291-0.07020.1686-0.1577-0.40070.2178-0.32050.0672-0.03610.03860.1864-0.02420.1517-5.70712.2294-7.6453
34.6222-2.3609-0.14726.8163-1.26022.73420.09630.0588-0.26790.0791-0.13170.5302-0.0616-0.03220.03540.0615-0.04670.04750.1684-0.03430.2068-16.713210.6073-15.2476
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1B1 - 14
2X-RAY DIFFRACTION2C1 - 14
3X-RAY DIFFRACTION3A87 - 144

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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