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万見
- PDB-3lnl: Crystal structure of Staphylococcus aureus protein SA1388 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3lnl
タイトルCrystal structure of Staphylococcus aureus protein SA1388
要素UPF0135 protein SA1388
キーワードUNKNOWN FUNCTION / PROTEIN SA1388 / SELENOMETHIONINE SAD
機能・相同性
機能・相同性情報


metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Rubrerythrin, domain 2 - #300 / DUF34/NIF3, bacteria / DUF34/NIF3 / Duf34/NIF3 (NGG1p interacting factor 3) / DUF34/NIF3 superfamily / Alpha-Beta Plaits - #120 / Nitrogen regulatory protein PII/ATP phosphoribosyltransferase, C-terminal / Rubrerythrin, domain 2 / Single Sheet / Alpha-Beta Plaits ...Rubrerythrin, domain 2 - #300 / DUF34/NIF3, bacteria / DUF34/NIF3 / Duf34/NIF3 (NGG1p interacting factor 3) / DUF34/NIF3 superfamily / Alpha-Beta Plaits - #120 / Nitrogen regulatory protein PII/ATP phosphoribosyltransferase, C-terminal / Rubrerythrin, domain 2 / Single Sheet / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GTP cyclohydrolase 1 type 2 homolog
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus subsp. aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者Singh, K.S. / Chruszcz, M. / Zhang, X. / Minor, W. / Zhang, H.
引用ジャーナル: Bmc Struct.Biol. / 年: 2006
タイトル: Structure of a Conserved Hypothetical Protein Sa1388 from S. aureus Reveals a Capped Hexameric Toroid with Two Pii Domain Lids and a Dinuclear Metal Center.
著者: Singh Saikatendu, K. / Zhang, X. / Kinch, L. / Leybourne, M. / Grishin, N.V. / Zhang, H.
履歴
登録2010年2月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年3月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32021年10月13日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42022年4月13日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.identifier_ORCID
改定 1.52024年2月21日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: UPF0135 protein SA1388
B: UPF0135 protein SA1388
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,0398
ポリマ－83,2122
非ポリマー8266
水12,466692
1
A: UPF0135 protein SA1388
B: UPF0135 protein SA1388
ヘテロ分子

A: UPF0135 protein SA1388
B: UPF0135 protein SA1388
ヘテロ分子

A: UPF0135 protein SA1388
B: UPF0135 protein SA1388
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)252,11624
ポリマ－249,6376
非ポリマー2,47918
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_675-y+1,x-y+2,z1
crystal symmetry operation3_465-x+y-1,-x+1,z1
Buried area25780 Å2
ΔGint-515 kcal/mol
Surface area80700 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)132.547, 132.547, 125.670
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Space group name H-MH3
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-849-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11B
21A

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1116B1 - 370
2116A1 - 370

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要素

#1: タンパク質 UPF0135 protein SA1388


分子量: 41606.215 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus subsp. aureus (黄色ブドウ球菌)
株: N315 / 遺伝子: SA1388 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P67273
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-B3P / 2-[3-(2-HYDROXY-1,1-DIHYDROXYMETHYL-ETHYLAMINO)-PROPYLAMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / 2,2′-(トリメチレンビスイミノ)ビス[2-(ヒドロキシメチル)プロパン-1,3-ジオ-ル]


分子量: 282.334 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H26N2O6 / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 692 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.9 %
解説: THE STRUCTURE FACTOR FILE THAT AUTHORS DEPOSITED IS THE NATIVE DATA SET USED IN THE REFINEMENT
結晶化温度: 298 K / pH: 8.5
詳細: 0.1 M BIS-TRIS PROPANE, PH 8.5, 0.2 M MGCL2, 30% PEG 400, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.9792
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2004年2月25日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→33.14 Å / Num. obs: 50416 / % possible obs: 94.7 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 14.5 % / Rmerge(I) obs: 0.043 / Rsym value: 0.05 / Net I/σ(I): 18.01
反射 シェル解像度: 2→2.03 Å / 冗長度: 8.4 % / Rmerge(I) obs: 0.216 / Mean I/σ(I) obs: 1.96 / Rsym value: 0.249 / % possible all: 73.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SBC-Collectcollectデータ収集
SOLVE位相決定
HKL-3000位相決定
REFMAC5.5.0072精密化
Cootモデル構築
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2→33.14 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.942 / SU B: 6.146 / SU ML: 0.08 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.146 / ESU R Free: 0.135 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19053 2661 5 %RANDOM
Rwork0.14909 ---
obs0.15117 50201 94.98 %-
all-50201 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 15.643 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.36 Å20.18 Å20 Å2
2--0.36 Å20 Å2
3----0.54 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→33.14 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5137 0 42 692 5871
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.0225314
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0080.023452
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5461.967202
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.33638538
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0995661
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg41.78726.296243
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.94315940
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg10.676157
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.2360.2826
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.025887
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0190.02966
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8271.53280
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.2521.51346
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.4825315
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.58732034
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.0614.51887
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 2 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / 数: 3878 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

タイプRms dev position (Å)Weight position
loose positional0.315
loose thermal1.4810
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.271 147 -
Rwork0.211 2972 -
obs--75.14 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.6866-0.4412-0.19572.21980.93810.80780.10480.1170.1758-0.2358-0.0599-0.1448-0.1117-0.0514-0.04490.05130.02260.05940.0290.04530.1039-37.505127.487-11.867
22.1988-4.8086-0.880311.0021.79054.35790.4250.12650.5147-1.0306-0.0557-0.6368-0.6635-0.4608-0.36930.3854-0.0227-0.04230.49090.30.6247-62.811125.13-36.19
30.7067-0.0351-0.27831.51890.08310.69650.070.14610.0058-0.1669-0.0267-0.1182-0.0061-0.0333-0.04330.04190.00960.03730.05290.0010.063-33.74107.928-12.751
41.24530.47390.09711.29380.24340.74890.0401-0.0862-0.14550.1188-0.0750.030.0288-0.03540.0350.0155-0.00280.0160.0180.01680.0594-48.64688.1512.861
55.44041.14131.14012.46120.55296.14570.2535-0.5811-0.64150.32-0.11570.13440.5553-0.8525-0.13770.2288-0.03880.11040.16810.11610.2693-70.467103.14742.87
60.9350.4859-0.21021.4013-0.40080.71530.0561-0.1984-0.02910.1644-0.0704-0.1547-0.0650.09230.01430.0247-0.0132-0.02040.05080.00110.0451-35.01102.90614.024
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 131
2X-RAY DIFFRACTION2A132 - 237
3X-RAY DIFFRACTION3A238 - 370
4X-RAY DIFFRACTION4B1 - 131
5X-RAY DIFFRACTION5B132 - 237
6X-RAY DIFFRACTION6B238 - 370

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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