PDB-3lnd: Crystal structure of cadherin-6 EC12 W4A

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3lnd

タイトル

Crystal structure of cadherin-6 EC12 W4A

要素

Cdh6 protein

キーワード

CELL ADHESION / cadherin / Cell membrane / Membrane / Transmembrane

機能・相同性

機能・相同性情報

Adherens junctions interactions / synaptic membrane adhesion / homophilic cell adhesion via plasma membrane adhesion molecules / Notch signaling pathway / synapse / calcium ion binding / glutamatergic synapse / nucleoplasm / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.82 Å

データ登録者

Jin, X. / Harrison, O. / Shapiro, L.

引用

ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2010
タイトル: Two-step adhesive binding by classical cadherins.
著者: Harrison, O.J. / Bahna, F. / Katsamba, P.S. / Jin, X. / Brasch, J. / Vendome, J. / Ahlsen, G. / Carroll, K.J. / Price, S.R. / Honig, B. / Shapiro, L.

履歴

登録	2010年2月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年3月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2021年10月13日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.3	2024年2月21日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3lnd.cif.gz	167.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3lnd.ent.gz	133.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3lnd.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3lnd_validation.pdf.gz	451.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3lnd_full_validation.pdf.gz	462.8 KB	表示
XML形式データ	3lnd_validation.xml.gz	30.2 KB	表示
CIF形式データ	3lnd_validation.cif.gz	41.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ln/3lnd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ln/3lnd	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3lneC 3lnfC 3lngC 3lnhC 3lniC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4zmv-d 4gou-d 5znk-d 3bd1-1 3lni-d 4rmf-d 1lky-4 3k5s-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#99 - 2008年3月カドヘリン (Cadherin) 類似性 (13)

登録構造単位

A: Cdh6 protein

B: Cdh6 protein

C: Cdh6 protein

D: Cdh6 protein

ヘテロ分子

92.6 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Cdh6 protein

B: Cdh6 protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
46.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Cdh6 protein

D: Cdh6 protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
46.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	55.979, 113.555, 67.907
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 96.01, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Cdh6 protein / Cadherin 6 分子量: 23025.492 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 54-260 / 変異: W4A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Cdh6, mCG_8950 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q3KNZ1, UniProt: P97326*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 149 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.33 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.22 %
結晶化	温度: 293 K / pH: 7.5 詳細: 0.1M HEPES pH 7.5, 17% (v/v) isopropanol, 12% (w/v) PEG 4000, 9mM CaCl2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.9795
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2008年4月30日
放射	モノクロメーター: SI 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.82→50 Å / Num. obs: 20165 / % possible obs: 98.4 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.3 % / R_merge(I) obs: 0.088 / Net I/σ(I): 12.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
ADSC	Quantum	データ収集
MOLREP		位相決定
REFMAC	5.2.0019	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.82→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.938 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.882 / SU B: 35.883 / SU ML: 0.372 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.469 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.282	1021	5.1 %	RANDOM
R_work	0.207	-	-	-
obs	0.211	19102	98.9 %	-
all	-	20529	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 58.62 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	4.27 Å²	0 Å²	1.08 Å²
2-	-	-2.51 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.54 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.82→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6229	0	12	149	6390

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.022	6328
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.051	1.961	8582
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.921	5	791
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	40.677	25.449	312
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.546	15	1065
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.36	15	32
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.067	0.2	976
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	4844
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.195	0.2	2638
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.3	0.2	4257
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.133	0.2	230
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.118	0.2	39
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.173	0.2	60
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.196	0.2	18
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.227	1.5	4056
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.401	2	6398
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.489	3	2542
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	0.785	4.5	2184
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.82→2.89 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.39	69	-
R_work	0.27	1348	-
obs	-	-	97.79 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	10.0822	6.6293	-4.7258	7.236	-3.3377	3.0808	1.2607	-1.6505	0.7432	0.5348	-1.1596	-0.3406	-1.1728	1.4865	-0.1011	0.1637	-0.3443	0.0766	0.6678	-0.0395	0.1865	18.8473	34.458	-39.1109
2	5.8854	0.8819	-4.2144	3.0833	-0.6458	10.2875	-0.1044	-0.3352	-0.2143	0.1426	-0.0925	0.3321	0.0959	-0.3527	0.1969	-0.2206	0.0114	-0.0092	-0.1697	-0.0587	-0.1201	-14.4436	16.446	-14.5065
3	1.9736	3.9101	-1.0538	10.8663	-3.5815	1.8125	0.4588	-0.2878	0.1097	1.035	-0.5014	-0.1529	-0.288	0.2133	0.0426	-0.0233	-0.0708	0.0127	-0.0392	-0.0312	-0.0856	-0.6482	47.1512	-42.0416
4	2.223	0.932	0.2687	9.3272	1.3353	3.2389	-0.0473	0.2246	-0.5319	-0.3298	-0.0865	0.7321	0.9791	-0.0898	0.1338	0.0689	0.0274	-0.002	-0.1408	-0.0942	0.0003	-12.3779	4.4899	-45.0604
5	6.7387	-3.2561	3.1492	4.201	-2.1749	4.2886	0.1892	-0.2843	-0.5781	-0.1785	-0.0828	-0.2646	0.5393	0.4485	-0.1064	-0.0091	0.1188	0.0033	-0.046	0.0162	0.0343	13.9387	31.5017	8.3497
6	4.2371	-1.2623	2.564	2.7896	-1.444	7.3717	-0.063	0.3724	0.0503	-0.1692	0.0513	0.1886	-0.1759	-0.2384	0.0117	-0.1178	-0.0254	0.0518	-0.2171	-0.0724	-0.1548	-9.9953	54.5334	-21.448
7	1.2487	-0.8372	0.7962	8.839	-3.721	3.2301	0.1789	0.1621	-0.2889	-0.8217	-0.1024	-0.1573	0.5488	0.5545	-0.0765	0.1021	0.1001	-0.0577	-0.0176	-0.0601	-0.0255	-7.966	22.8483	7.1565
8	2.0526	-1.7966	0.3366	11.8479	1.6589	3.4419	-0.1186	-0.0417	0.3948	0.2318	0.329	-0.4099	-0.7122	0.1546	-0.2104	-0.0678	0.0227	0.0083	-0.1437	-0.0195	-0.1153	-11.6695	66.8538	8.9775

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	8 - 95
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	96 - 207
3	X-RAY DIFFRACTION	3	B	1 - 95
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	96 - 207
5	X-RAY DIFFRACTION	5	C	4 - 95
6	X-RAY DIFFRACTION	6	C	96 - 207
7	X-RAY DIFFRACTION	7	D	1 - 95
8	X-RAY DIFFRACTION	8	D	96 - 207

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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