PDB-3bd1: Structure of the Cro protein from putative prophage element Xfaso...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3bd1

タイトル

Structure of the Cro protein from putative prophage element Xfaso 1 in Xylella fastidiosa strain Ann-1

要素

Cro protein

キーワード

TRANSCRIPTION / transcription factor / helix-turn-helix / prophage / structural evolution

機能・相同性

lambda repressor-like DNA-binding domains / 434 Repressor (Amino-terminal Domain) / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / :

機能・相同性情報

生物種

Xylella fastidiosa (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / ACORN (Ddirect method) / 解像度: 1.4 Å

データ登録者

Hall, B.M. / Roberts, S.A. / Montfort, W.R. / Cordes, M.H.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2008
タイトル: Transitive homology-guided structural studies lead to discovery of Cro proteins with 40% sequence identity but different folds
著者: Roessler, C.G. / Hall, B.M. / Anderson, W.J. / Ingram, W.M. / Roberts, S.A. / Montfort, W.R. / Cordes, M.H.

履歴

登録	2007年11月13日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年3月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.2	2023年8月30日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3bd1.cif.gz	95.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3bd1.ent.gz	72.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3bd1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bd/3bd1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bd/3bd1	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2pijC 2hinS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3lnd-1 5znk-d 7kgm-d 4gou-d 7kgn-d 3lnd-2 3dkq-d 4o1i-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Cro protein

B: Cro protein

C: Cro protein

ヘテロ分子

25.4 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Cro protein

B: Cro protein

C: Cro protein

ヘテロ分子

A: Cro protein

B: Cro protein

C: Cro protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
50.9 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	66.970, 66.970, 54.360
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	145
Space group name H-M	P3₂

#1: タンパク質	Cro protein 分子量: 8278.416 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Xylella fastidiosa (バクテリア) / 株: Ann-1 / プラスミド: pET21b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q3R0L1
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL 分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION 分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION 分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 154 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.83 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.6 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 16% glycerol, 1.5 M ammonium sulfate, 0.1 M Tris, 1 mM TCEP-hydrochloride, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 14-BM-C / 波長: 0.9002 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2005年11月5日

放射

モノクロメーター: BENT Ge(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9002 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.4→58.03 Å / Num. obs: 53726 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.61 % / B_iso Wilson estimate: 23.5 Å² / R_merge(I) obs: 0.048 / Χ²: 0.99 / Net I/σ(I): 13.3 / Scaling rejects: 1444

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	Χ²	% possible all
1.4-1.45	3.65	0.386	3.2	19627	5367	1.01	99.7
1.45-1.51	3.65	0.313	3.7	19624	5367	0.99	99.6
1.51-1.58	3.64	0.248	4.5	19470	5327	1	99.8
1.58-1.66	3.65	0.192	5.6	19726	5385	1	99.9
1.66-1.76	3.65	0.138	7.5	19734	5383	0.99	100
1.76-1.9	3.68	0.101	9.7	19695	5321	0.95	99.9
1.9-2.09	3.65	0.063	14.8	19802	5392	0.93	100
2.09-2.39	3.64	0.046	20.1	19699	5376	0.93	100
2.39-3.01	3.59	0.035	26.8	19401	5358	0.97	100
3.01-17.06	3.25	0.025	44.3	15717	4670	1.19	87.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
d*TREK	9.2SSI	データスケーリング
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.004	データ抽出
XDISPLAYF		データ収集
d*TREK		データ削減
ACORN		位相決定

精密化

構造決定の手法: ACORN (Ddirect method)
開始モデル: PDB entry 2HIN

2hin

解像度: 1.4→17.06 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.969 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.959 / SU B: 1.594 / SU ML: 0.028 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.046 / ESU R Free: 0.047 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.182	2697	5.1 %	RANDOM
R_work	0.147	-	-	-
obs	0.147	52945	98.5 %	-
all	-	55642	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 18.77 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.73 Å²	-0.37 Å²	0 Å²
2-	-	-0.73 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.1 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.4→17.06 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1441	0	35	154	1630

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.022	1518
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	1072
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.792	1.97	2054
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	2.7	3	2587
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.354	5	204
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.92	21.562	64
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.905	15	260
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.105	15	24
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.103	0.2	240
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	1692
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	317
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.231	0.2	357
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.237	0.2	1184
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.177	0.2	793
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.082	0.2	842
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.19	0.2	103
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.243	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.333	0.2	56
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.147	0.2	22
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	5.283	2	1261
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.971	2	399
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.579	3	1565
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	9.176	9	588
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	12.145	12	482
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	5.312	3	3098
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free	18.588	3	155
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded	9.454	3	2577

LS精密化シェル

解像度: 1.4→1.45 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.288	198	-
R_work	0.228	3798	-
all	-	3996	-
obs	-	3996	99.58 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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