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Yorodumi- PDB-2pij: Structure of the Cro protein from prophage Pfl 6 in Pseudomonas f... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 2pij | ||||||
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Title | Structure of the Cro protein from prophage Pfl 6 in Pseudomonas fluorescens Pf-5 | ||||||
Components | Prophage Pfl 6 Cro | ||||||
Keywords | TRANSCRIPTION / transcription factor / helix-turn-helix / prophage / structural evolution | ||||||
Function / homology | Function and homology information | ||||||
Biological species | Pseudomonas fluorescens (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MAD / Resolution: 1.7 Å | ||||||
Authors | Roessler, C.G. / Roberts, S.A. / Montfort, W.R. / Cordes, M.H.J. | ||||||
Citation | Journal: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / Year: 2008 Title: Transitive homology-guided structural studies lead to discovery of Cro proteins with 40% sequence identity but different folds. Authors: Roessler, C.G. / Hall, B.M. / Anderson, W.J. / Ingram, W.M. / Roberts, S.A. / Montfort, W.R. / Cordes, M.H. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 2pij.cif.gz | 61 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb2pij.ent.gz | 50.3 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 2pij.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pi/2pij ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pi/2pij | HTTPS FTP |
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-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 7409.207 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Pseudomonas fluorescens (bacteria) / Strain: Pf-5 / Gene: Prophage Pfl 6 Cro / Plasmid: pet21b / Species (production host): Escherichia coli / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / Strain (production host): Bl21(DE3) / References: UniProt: A6STU3, UniProt: J3IU59*PLUS #2: Chemical | ChemComp-SO4 / #3: Chemical | ChemComp-BCT / | #4: Chemical | ChemComp-DTT / | #5: Water | ChemComp-HOH / | Sequence details | AUTHOR UPDATED THE FOLLOWING SEQUENCE DATABASE ENTRY THAT WAS NOT AVAILABLE AT THE TIME OF THE ...AUTHOR UPDATED THE FOLLOWING SEQUENCE DATABASE ENTRY THAT WAS NOT AVAILABLE AT THE TIME OF THE ORIGINAL DEPOSITION | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.02 Å3/Da / Density % sol: 38.96 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 9.5 Details: primary precipitating solution: 2.2M ammonium sulfate, 0.1M tris additional chemicals in drop: 2mM dithiothreitol, 0.2mM EDTA, 0.01% sodium azide, pH 9.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-Data collection
Diffraction |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRL / Beamline: BL9-2 / Wavelength: 0.97935,0.97921,0.91165 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: MARMOSAIC 325 mm CCD / Detector: CCD / Date: Jul 21, 2005 Details: flat collimating mirror double crystal monochromator toroid focusing mirror | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Si 111 channel / Protocol: MAD / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength |
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Reflection | Rmerge(I) obs: 0.03 / D res low: 34.06 Å
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Diffraction reflection shell |
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Reflection | Resolution: 1.7→34.08 Å / Num. all: 13741 / Num. obs: 13741 / % possible obs: 98.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 4.84 % / Biso Wilson estimate: 39.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.055 / Χ2: 1 / Net I/σ(I): 13.5 / Scaling rejects: 503 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Resolution: 1.7→1.76 Å / Redundancy: 4.28 % / Rmerge(I) obs: 0.434 / Mean I/σ(I) obs: 3 / Num. measured all: 5236 / Num. unique all: 1222 / Χ2: 0.83 / % possible all: 90.7 |
-Phasing
Phasing | Method: MAD | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Phasing set |
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Phasing MAD | D res high: 1.77 Å / D res low: 30 Å / FOM : 0.53 / Reflection: 12231 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phasing MAD set |
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Phasing MAD set site |
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Phasing MAD shell |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MAD / Resolution: 1.7→34.08 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.942 / SU B: 6.573 / SU ML: 0.109 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.127 / ESU R Free: 0.131 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 24.302 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.291 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.7→34.08 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.695→1.739 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL
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