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- PDB-3lmw: Crystal structure of iota-carrageenase family GH82 from A. fortis... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3lmw
タイトルCrystal structure of iota-carrageenase family GH82 from A. fortis in absence of chloride ions
要素Iota-carrageenase, CgiA
キーワードHYDROLASE / iota-carrageenase / marine bacterial enzyme / family GH82 / glycoside hydrolase / beta-helix fold
機能・相同性
機能・相同性情報


iota-carrageenase / iota-carrageenase activity / polysaccharide catabolic process / cell wall organization / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Pectate lyase superfamily protein / Rhamnogalacturonase A/epimerase, pectate lyase-like / Single-stranded right-handed beta-helix, Pectin lyase-like / Pectate Lyase C-like / Pectin lyase fold / Pectin lyase fold/virulence factor / 3 Solenoid / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NICKEL (II) ION / NITRATE ION / Iota-carrageenase
類似検索 - 構成要素
生物種Alteromonas (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Rebuffet, E. / Barbeyron, T. / Jeudy, A. / Czjzek, M. / Michel, G.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2010
タイトル: Identification of catalytic residues and mechanistic analysis of family GH82 iota-carrageenases
著者: Rebuffet, E. / Barbeyron, T. / Jeudy, A. / Jam, M. / Czjzek, M. / Michel, G.
履歴
登録2010年2月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年8月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22014年3月5日Group: Database references
改定 1.32023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Iota-carrageenase, CgiA
B: Iota-carrageenase, CgiA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)106,5038
ポリマ－106,1572
非ポリマー3476
水5,981332
1
A: Iota-carrageenase, CgiA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,2394
ポリマ－53,0781
非ポリマー1613
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Iota-carrageenase, CgiA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,2644
ポリマ－53,0781
非ポリマー1863
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)54.960, 101.390, 95.910
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 100.40, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Iota-carrageenase, CgiA


分子量: 53078.301 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Alteromonas (バクテリア) / 株: ATCC 43554 / 遺伝子: cgiA / プラスミド: pet20b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9F5I8, iota-carrageenase
#2: 化合物
ChemComp-NO3 / NITRATE ION


分子量: 62.005 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO3
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物 ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 332 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.32 %

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER AXS MICROSTAR / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: Bruker Platinum 135 / 検出器: CCD / 日付: 2007年12月20日 / 詳細: osmic monochromator
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.48→69.06 Å / Num. all: 40383 / Num. obs: 34408 / % possible obs: 85.2 % / 冗長度: 6.2 % / Biso Wilson estimate: 20.26 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.0669 / Net I/σ(I): 14.31
反射 シェル解像度: 2.48→2.53 Å / 冗長度: 2.1 % / Rmerge(I) obs: 0.38 / Mean I/σ(I) obs: 1.87 / Num. unique all: 1773 / % possible all: 44

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PROTEUM PLUSPLUSデータ収集
PHASER(CCP4)位相決定
REFMAC5.5.0072精密化
SAINTデータ削減
PROTEUM PLUSPLUSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1H80 without domain A

1h80


解像度: 2.6→69.06 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.937 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.877 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / SU B: 24.622 / SU ML: 0.243 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.36 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2602 1512 5 %RANDOM
Rwork0.18014 ---
obs0.18412 28852 95.14 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 69.32 Å2 / Biso mean: 26.442 Å2 / Biso min: 2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.31 Å20 Å20.01 Å2
2--0.61 Å20 Å2
3----0.92 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.283 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→69.06 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7264 0 18 332 7614
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0227458
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.611.93110083
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.9855924
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.93424.142379
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.533151256
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.1331554
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.110.21081
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0215773
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7211.54584
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.3827365
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.12532874
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.5174.52717
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.667 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.32 95 -
Rwork0.248 1545 -
obs--70 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.02160.0389-0.01610.363-0.16450.40710.0106-0.0058-0.0402-0.05160.0051-0.06190.021-0.0081-0.01580.0196-0.0074-0.01440.03-0.0090.1170.6480.39729.461
20.10260.071-0.15320.506-0.15890.74980.0032-0.03320.0035-0.056-0.0483-0.135-0.04980.0510.04510.01280.00220.01170.01290.01440.138713.4438.86424.173
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A28 - 499
2X-RAY DIFFRACTION2B28 - 494

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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