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- PDB-3lmn: Oligomeric structure of the DUSP domain of human USP15 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3lmn
タイトルOligomeric structure of the DUSP domain of human USP15
要素Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 15
キーワードHYDROLASE / UCH / USP / DUB / DEUBIQUITYLATION / DEUBIQUITINATING ENZYME / UBIQUITIN / UBIQUITIN SPECIFIC PROTEASE / UBIQUITIN CARBOXYTERMINAL HYDROLASE / CLEAVAGE / USP15 / DUB15 / UBP15 / ENDOPEPTIDASE / THIOLESTERASE / DUSP / DOMAIN-SWAPPING / STRUCTURAL GENOMICS CONSORTIUM (SGC) / Acetylation / Alternative splicing / Phosphoprotein / Protease / Thiol protease / Ubl conjugation pathway
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to osmotic stress by p53 class mediator / negative regulation of antifungal innate immune response / protein K27-linked deubiquitination / positive regulation of RIG-I signaling pathway / ubiquitin-modified histone reader activity / monoubiquitinated protein deubiquitination / deubiquitinase activity / transforming growth factor beta receptor binding / K48-linked deubiquitinase activity / transcription elongation-coupled chromatin remodeling ...regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to osmotic stress by p53 class mediator / negative regulation of antifungal innate immune response / protein K27-linked deubiquitination / positive regulation of RIG-I signaling pathway / ubiquitin-modified histone reader activity / monoubiquitinated protein deubiquitination / deubiquitinase activity / transforming growth factor beta receptor binding / K48-linked deubiquitinase activity / transcription elongation-coupled chromatin remodeling / protein deubiquitination / SMAD binding / BMP signaling pathway / Downregulation of TGF-beta receptor signaling / transforming growth factor beta receptor signaling pathway / negative regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / UCH proteinases / ubiquitinyl hydrolase 1 / cysteine-type deubiquitinase activity / nuclear body / Ub-specific processing proteases / cysteine-type endopeptidase activity / mitochondrion / proteolysis / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
DUSP-like / DUSP-like / Ubiquitin-like domain, USP-type / Ubiquitin-like domain / Peptidase C19, ubiquitin-specific peptidase, DUSP domain / DUSP-like superfamily / DUSP domain / DUSP domain profile. / Domain in ubiquitin-specific proteases. / Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase, C-terminal ...DUSP-like / DUSP-like / Ubiquitin-like domain, USP-type / Ubiquitin-like domain / Peptidase C19, ubiquitin-specific peptidase, DUSP domain / DUSP-like superfamily / DUSP domain / DUSP domain profile. / Domain in ubiquitin-specific proteases. / Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase, C-terminal / Ubiquitin-specific protease C-terminal / RNA 3'-terminal phosphate cyclase/enolpyruvate transferase, alpha/beta / Ubiquitin specific protease (USP) domain signature 2. / Ubiquitin specific protease (USP) domain signature 1. / Ubiquitin specific protease, conserved site / Peptidase C19, ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase / Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase / Ubiquitin specific protease domain / Ubiquitin specific protease (USP) domain profile. / Papain-like cysteine peptidase superfamily / Ubiquitin-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETIC ACID / FORMIC ACID / Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 15
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Walker, J.R. / Asinas, A. / Avvakumov, G.V. / Alenkin, D. / Weigelt, J. / Bountra, C. / Edwards, A.M. / Arrowsmith, C.H. / Bochkarev, A. / Dhe-Paganon, S.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of the Human Ubiquitin-Specific Protease 15 DUSP Domain
著者: Walker, J.R. / Asinas, A. / Avvakumov, G.V. / Alenkin, D. / Weigelt, J. / Bountra, C. / Edwards, A.M. / Arrowsmith, C.H. / Bochkarev, A. / Dhe-Paganon, S.
履歴
登録2010年1月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年3月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 15
B: Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 15
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,1634
ポリマ－31,0572
非ポリマー1062
水3,675204
1
A: Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 15
B: Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 15
ヘテロ分子

A: Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 15
B: Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 15
ヘテロ分子

A: Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 15
B: Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 15
ヘテロ分子

A: Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 15
B: Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 15
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)124,65316
ポリマ－124,2288
非ポリマー4248
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_545y+1/2,x-1/2,-z+1/21
crystal symmetry operation10_655-x+1,-y,z1
crystal symmetry operation16_555-y+1/2,-x+1/2,-z+1/21
Buried area25000 Å2
ΔGint-139 kcal/mol
Surface area49840 Å2
手法PISA
2
A: Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 15
B: Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 15
ヘテロ分子

A: Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 15
B: Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 15
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,3268
ポリマ－62,1144
非ポリマー2124
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation10_655-x+1,-y,z1
Buried area10460 Å2
ΔGint-62 kcal/mol
Surface area26960 Å2
手法PISA
3
A: Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 15
ヘテロ分子

B: Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 15
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,1634
ポリマ－31,0572
非ポリマー1062
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation10_655-x+1,-y,z1
Buried area2950 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area15760 Å2
手法PISA
4
B: Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 15
ヘテロ分子

B: Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 15
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,1774
ポリマ－31,0572
非ポリマー1202
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation10_655-x+1,-y,z1
Buried area3060 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area14870 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)138.174, 138.174, 132.114
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number98
Space group name H-MI4122

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要素

#1: タンパク質 Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 15 / Ubiquitin thioesterase 15 / Ubiquitin-specific-processing protease 15 / Deubiquitinating enzyme 15 ...Ubiquitin thioesterase 15 / Ubiquitin-specific-processing protease 15 / Deubiquitinating enzyme 15 / Unph-2 / Unph4


分子量: 15528.555 Da / 分子数: 2 / 断片: DUSP DOMAIN, RESIDUES 1-133 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KIAA0529, USP15 / プラスミド: PET28A-LIC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-V2R / 参照: UniProt: Q9Y4E8, EC: 3.1.2.15
#2: 化合物 ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#3: 化合物 ChemComp-ACY / ACETIC ACID / 酢酸


分子量: 60.052 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H4O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 204 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 73.88 %
結晶化温度: 291.1 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 3.8
詳細: Crystals of the dusp domain of usp15 were grown at 291.1 K using the sitting drop method by mixing equal volumes of protein solution (15 mg/ml) and crystallization buffer (2.0 M ammonium ...詳細: Crystals of the dusp domain of usp15 were grown at 291.1 K using the sitting drop method by mixing equal volumes of protein solution (15 mg/ml) and crystallization buffer (2.0 M ammonium formate, 0.1 M sodium acetate, pH 3.8.) The crystals were cryoprotected by immersion in well solution supplemented with 20% (v/v) glycerol prior to dunking and storage in liquid nitrogen., VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E SUPERBRIGHT / 波長: 1.54178 / 波長: 1.54178 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2010年1月7日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→20 Å / Num. all: 35029 / Num. obs: 35029 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 14.3 % / Rsym value: 0.083 / Net I/σ(I): 35.89
反射 シェル解像度: 2.15→2.19 Å / 冗長度: 14.3 % / Mean I/σ(I) obs: 3.62 / Num. unique all: 1727 / Rsym value: 0.8 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0102精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3JYU

3jyu


解像度: 2.15→19.52 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.951 / SU B: 6.484 / SU ML: 0.077 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.127 / ESU R Free: 0.119 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES : WITH TLS ADDED.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20401 1749 5 %RANDOM
Rwork0.18337 ---
obs0.18442 33132 99.95 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 41.241 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.15→19.52 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2116 0 7 204 2327
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0222222
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2091.9533014
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.5185267
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.14824.857105
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.80515394
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg23.241159
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0850.2314
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0211699
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5551.51321
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.0422121
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.8773901
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.8484.5893
LS精密化 シェル解像度: 2.15→2.205 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.232 130 -
Rwork0.211 2376 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.72182.249-2.72914.1915-0.52679.4919-0.0984-0.2162-0.5342-0.0479-0.1389-0.14860.79870.16930.23730.12070.02440.05510.08470.00360.112640.40224.356132.489
28.4054-0.7941-1.70983.1734-0.95196.4784-0.09520.304-0.2261-0.41910.0044-0.23260.43990.08550.09080.17670.01620.04740.1538-0.03140.09245.791210.744714.6568
32.8755-0.64070.45720.1466-0.22086.68290.00570.2111-0.0108-0.0109-0.04510.0145-0.0562-0.1370.03940.1688-0.01490.00780.1865-0.00630.17337.598916.071721.3187
46.9334-2.60832.0035.2419-5.62776.1579-0.1036-0.40730.45990.2129-0.0861-0.2097-0.21870.14040.18970.1263-0.01410.02050.204-0.05130.144137.28316.631835.6646
56.5817-2.78655.63412.9157-2.04195.2237-0.06910.01460.3329-0.0679-0.1023-0.3556-0.15430.26740.17130.1193-0.00920.06670.29180.00190.184544.22210.128441.1391
69.46193.69535.0451.60050.98898.8354-0.23140.04140.109-0.11750.09150.0230.0734-0.43950.140.12460.00980.04290.25910.02260.154940.181910.258546.5114
71.86380.6013-0.65693.9754-5.43278.6612-0.0707-0.02960.0690.3106-0.1248-0.0493-0.5555-0.3650.19550.13010.01940.03690.2438-0.0530.180630.601417.594535.371
818.60886.2831.369123.8769-0.09447.3956-0.42660.07881.8313-0.35030.12872.7571-1.1437-1.28220.29790.38030.1999-0.08810.53120.04130.782325.15129.522522.3557
920.13034.0141-0.360110.56120.32253.8097-0.38850.61060.9712-0.2076-0.19470.1228-0.8031-0.42740.58320.3170.0546-0.05970.2360.04520.250936.387130.890422.9978
1011.58433.36320.778916.30712.572113.1037-0.05720.310.0088-0.1543-0.1266-0.4264-0.11290.63180.18390.104-0.0063-0.00680.10870.01680.142243.083624.326427.383
113.5551.6214-0.51472.543-1.03755.6726-0.10750.1016-0.2845-0.1016-0.09060.0780.2802-0.23110.19810.0925-0.01840.01310.1176-0.0280.088133.281210.354926.7664
1214.8526-0.3168-8.59932.6281-2.148412.38530.09030.8695-0.0974-0.24-0.00050.4527-0.1109-1.2535-0.08980.08760.0049-0.05010.2515-0.01080.135929.014418.969821.1648
1318.35517.8599-2.25235.5294-1.65941.40780.21270.29790.9186-0.2801-0.16680.2389-0.1846-0.0007-0.04580.2440.03650.0320.21230.0590.179548.410821.094210.4596
145.1627-4.421-1.20793.78991.03260.28930.26460.19240.5923-0.1923-0.162-0.4874-0.0966-0.0235-0.10260.39890.03180.00050.27160.09610.399468.849621.13019.7098
1511.1614-3.14591.87133.8378-0.771112.9393-0.0697-0.28660.1390.17740.03190.1959-0.0877-0.03320.03780.21230.05560.06440.09530.0170.093353.21117.164420.0902
163.5732-4.04110.430810.49391.52371.674-0.0971-0.1874-0.30730.53830.17060.10660.00390.0036-0.07350.18680.01960.05950.09970.02990.108561.0855-3.097720.1128
175.3574-0.42421.177111.3322-4.15958.3384-0.02540.0444-0.81020.1603-0.04310.11510.1680.1110.06850.06560.02160.01840.0606-0.0930.293359.6627-13.525712.9612
183.1806-4.4524-0.807213.07927.53337.79890.11180.41270.3212-0.4950.038-0.3375-0.56910.3868-0.14980.2639-0.03720.01680.26670.00260.188560.64950.7895.9222
197.15693.52643.53433.54350.83013.7573-0.06820.4237-0.0084-0.0820.158-0.22470.09770.1281-0.08980.20740.02410.04440.13060.01420.107562.18446.484112.1197
2012.018-4.66764.17015.3983-2.27382.42870.05140.41950.1258-0.0141-0.0699-0.2868-0.00810.07320.01850.21420.02060.02990.10810.02610.050362.627813.317412.0162
212.0131-1.49211.02169.30051.68541.29720.14520.337-0.2085-0.72170.00870.0399-0.11480.1238-0.15390.33490.0073-0.00750.3693-0.02250.191155.21922.20843.6337
2225.83293.7143-10.4643.68255.382720.953-1.0513.2833-0.7476-0.49350.3460.39021.0535-1.3740.7051.31350.1179-0.43920.9916-0.39910.71453.9117-12.0055-6.5351
2317.83255.485.868615.52736.910918.13080.49461.2193-0.6511-0.6223-0.0501-0.45580.69120.8113-0.44450.30880.10940.05440.2591-0.1380.145466.5764-11.03290.2253
246.9345-1.609-1.61654.50130.21334.02370.09660.0457-0.61060.01850.06520.3210.02220.1444-0.16180.0909-0.02260.01110.04-0.0680.18858.5226-8.184711.8502
254.8146-1.29852.03679.97775.35199.08520.0160.3397-0.2616-0.4978-0.02460.6573-0.3199-0.4340.00860.1165-0.03120.00340.1593-0.02560.210449.6456-1.91338.7239
268.4684-8.59839.652512.3307-9.952411.04910.331-0.0961-0.5756-0.31390.19090.88220.413-0.1691-0.52190.2839-0.02870.01810.2357-0.14560.619356.7614-16.34517.8672
2758.9343-3.6007-24.71687.22441.523116.9875-0.30180.0709-0.85430.26830.05590.6838-0.2445-0.54070.24590.28920.0643-0.03950.1189-0.08680.201673.7382-23.85629.8537
287.6008-2.14984.06011.039-1.70262.88350.36690.5606-0.4667-0.2203-0.21470.06730.35110.3604-0.15220.2820.0339-0.02740.2028-0.06440.186792.8523-22.282413.3605
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A2 - 20
2X-RAY DIFFRACTION2A21 - 26
3X-RAY DIFFRACTION3A27 - 35
4X-RAY DIFFRACTION4A36 - 41
5X-RAY DIFFRACTION5A42 - 51
6X-RAY DIFFRACTION6A52 - 57
7X-RAY DIFFRACTION7A58 - 71
8X-RAY DIFFRACTION8A72 - 78
9X-RAY DIFFRACTION9A79 - 83
10X-RAY DIFFRACTION10A84 - 89
11X-RAY DIFFRACTION11A90 - 107
12X-RAY DIFFRACTION12A108 - 116
13X-RAY DIFFRACTION13A117 - 122
14X-RAY DIFFRACTION14A123 - 133
15X-RAY DIFFRACTION15B5 - 10
16X-RAY DIFFRACTION16B11 - 24
17X-RAY DIFFRACTION17B25 - 34
18X-RAY DIFFRACTION18B35 - 38
19X-RAY DIFFRACTION19B39 - 49
20X-RAY DIFFRACTION20B50 - 58
21X-RAY DIFFRACTION21B59 - 70
22X-RAY DIFFRACTION22B71 - 78
23X-RAY DIFFRACTION23B79 - 87
24X-RAY DIFFRACTION24B88 - 98
25X-RAY DIFFRACTION25B99 - 110
26X-RAY DIFFRACTION26B111 - 118
27X-RAY DIFFRACTION27B119 - 123
28X-RAY DIFFRACTION28B124 - 133

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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