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Yorodumi- PDB-3jyu: Crystal structure of the N-terminal domains of the ubiquitin spec... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3jyu | ||||||
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Title | Crystal structure of the N-terminal domains of the ubiquitin specific peptidase 4 (USP4) | ||||||
Components | Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase | ||||||
Keywords | HYDROLASE / Domain in ubiquitin-specific peptidases (DUSP) / proto-oncogene / Ubiquitin-fold / Ubl / protease / thioesterase / Thiol protease / Ubl conjugation pathway / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC | ||||||
Function / homology | Function and homology information adenosine receptor binding / TNFR1-induced proapoptotic signaling / TNFR1-induced NF-kappa-B signaling pathway / Regulation of TNFR1 signaling / Ub-specific processing proteases / protein localization to cell surface / protein deubiquitination / spliceosomal tri-snRNP complex assembly / negative regulation of protein ubiquitination / regulation of protein stability ...adenosine receptor binding / TNFR1-induced proapoptotic signaling / TNFR1-induced NF-kappa-B signaling pathway / Regulation of TNFR1 signaling / Ub-specific processing proteases / protein localization to cell surface / protein deubiquitination / spliceosomal tri-snRNP complex assembly / negative regulation of protein ubiquitination / regulation of protein stability / ubiquitin-dependent protein catabolic process / ubiquitinyl hydrolase 1 / cysteine-type deubiquitinase activity / identical protein binding / metal ion binding / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Mus musculus (house mouse) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / molecular replacementSAD / Resolution: 2.37 Å | ||||||
Authors | Bacik, J.P. / Avvakumov, G. / Walker, J.R. / Xue, S. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bochkarev, A. / Dhe-Paganon, S. / Structural Genomics Consortium (SGC) | ||||||
Citation | Journal: To be Published Title: Crystal structure of the N-terminal domains of the ubiquitin specific peptidase 4 (USP4) Authors: Bacik, J.P. / Avvakumov, G. / Walker, J.R. / Xue, S. / Dhe-Paganon, S. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3jyu.cif.gz | 194.8 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3jyu.ent.gz | 156.7 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3jyu.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jy/3jyu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jy/3jyu | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 1w6vS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 26955.600 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: N-TERMINAL DOMAIN Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Mus musculus (house mouse) / Gene: Usp4 / Production host: Escherichia coli (E. coli) References: UniProt: Q921M8, UniProt: P35123*PLUS, EC: 3.1.2.15 #2: Chemical | ChemComp-1PS / | #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.58 Å3/Da / Density % sol: 52.36 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7.2 Details: 1 volume of 9 mg/ml protein solution was mixed with 1 volume of a solution of 20% (w/v) PEG 4000, 10% (v/v) isopropanool, 0.1 M sodium HEPES, and 0.001 M dithiothreitol and equilibrated ...Details: 1 volume of 9 mg/ml protein solution was mixed with 1 volume of a solution of 20% (w/v) PEG 4000, 10% (v/v) isopropanool, 0.1 M sodium HEPES, and 0.001 M dithiothreitol and equilibrated against 1 M NaCl (well solution). The crystal was cryoprotected in well solution mixed 1:1 with a solution containing 60% (v/v) ethylene glycol and 200 mg/ml 3-(1-pyridino)-propene sulfonate (NDSB-201) and frozen by immersion in liquid nitrogen, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 17-ID / Wavelength: 0.97942 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 210 / Detector: CCD / Date: Apr 21, 2006 / Details: Si(111) double-crystal monochromator |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97942 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.37→45.4 Å / Num. all: 22820 / Num. obs: 22745 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(I): 3 / Redundancy: 6.9 % / Biso Wilson estimate: 39.28 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.096 / Rsym value: 0.104 / Net I/σ(I): 11.9 |
Reflection shell | Resolution: 2.37→2.5 Å / Redundancy: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.349 / Mean I/σ(I) obs: 4.1 / Num. unique all: 3246 / Rsym value: 0.38 / % possible all: 98.4 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: molecular replacementSAD Starting model: pdb entry 1W6V Resolution: 2.37→41.227 Å / SU ML: 0.32 / Isotropic thermal model: anisotropic / σ(F): 1.37 / Stereochemistry target values: MLHL
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 40.845 Å2 / ksol: 0.363 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.37→41.227 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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