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- PDB-3lme: Structure of probable translation initiation inhibitor from (RPA2... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3lme
タイトルStructure of probable translation initiation inhibitor from (RPA2473) from Rhodopseudomonas palustris
要素Possible translation initiation inhibitor
キーワードTRANSLATION / structural genomics / translation initiation inhibitor / RPA2473 / PSI-2 / Protein Structure Initiative / New York SGX Research Center for Structural Genomics / NYSGXRC
機能・相同性
機能・相同性情報


deaminase activity / cytosol
類似検索 - 分子機能
RutC-like / YjgF/YER057c/UK114 family / Endoribonuclease L-PSP / RutC-like superfamily / 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A; / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Possible translation initiation inhibitor
類似検索 - 構成要素
生物種Rhodopseudomonas palustris (光合成細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.74 Å
データ登録者Ramagopal, U.A. / Toro, R. / Burley, S.K. / Almo, S.C. / New York SGX Research Center for Structural Genomics (NYSGXRC)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Structure of probable translation initiation inhibitor from (RPA2473) from Rhodopseudomonas palustris
著者: Ramagopal, U.A. / Toro, R. / Burley, S.K. / Almo, S.C.
履歴
登録2010年1月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年3月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32021年2月10日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation_author ...audit_author / citation_author / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID ..._audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42021年10月13日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.52024年2月21日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Possible translation initiation inhibitor
B: Possible translation initiation inhibitor
C: Possible translation initiation inhibitor
D: Possible translation initiation inhibitor
E: Possible translation initiation inhibitor
F: Possible translation initiation inhibitor
G: Possible translation initiation inhibitor
H: Possible translation initiation inhibitor
I: Possible translation initiation inhibitor
J: Possible translation initiation inhibitor
K: Possible translation initiation inhibitor
L: Possible translation initiation inhibitor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)180,82826
ポリマ－179,48312
非ポリマー1,34514
水45025
1
A: Possible translation initiation inhibitor
B: Possible translation initiation inhibitor
C: Possible translation initiation inhibitor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,1596
ポリマ－44,8713
非ポリマー2883
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6890 Å2
ΔGint-97 kcal/mol
Surface area14590 Å2
手法PISA
2
D: Possible translation initiation inhibitor
E: Possible translation initiation inhibitor
F: Possible translation initiation inhibitor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,2557
ポリマ－44,8713
非ポリマー3844
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7110 Å2
ΔGint-103 kcal/mol
Surface area14520 Å2
手法PISA
3
G: Possible translation initiation inhibitor
H: Possible translation initiation inhibitor
I: Possible translation initiation inhibitor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,1596
ポリマ－44,8713
非ポリマー2883
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6780 Å2
ΔGint-90 kcal/mol
Surface area14720 Å2
手法PISA
4
J: Possible translation initiation inhibitor
K: Possible translation initiation inhibitor
L: Possible translation initiation inhibitor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,2557
ポリマ－44,8713
非ポリマー3844
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7110 Å2
ΔGint-113 kcal/mol
Surface area14640 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)112.185, 142.239, 147.365
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質
Possible translation initiation inhibitor


分子量: 14956.951 Da / 分子数: 12 / 断片: sequence database residues 30-157 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Rhodopseudomonas palustris (光合成細菌)
遺伝子: RPA2473 / プラスミド: BC-pSGX4(BC) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q6N6Z0
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 25 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.45 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 0.1M Acetate pH 4.5, 30% PEG 8K. 0.2M Lithium Sulfate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年11月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.75→50 Å / Num. obs: 62233 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 12 % / Rmerge(I) obs: 0.119 / Χ2: 1.43 / Net I/σ(I): 8.9
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
2.75-2.811.80.90530611.114100
2.8-2.8511.80.76230571.08399.8
2.85-2.911.80.65830781.09399.8
2.9-2.9611.90.55430881.11399.9
2.96-3.03120.48930591.129100
3.03-3.1120.3830531.1499.9
3.1-3.1712.10.29630881.18100
3.17-3.2612.10.2630781.21100
3.26-3.3612.20.20630821.291100
3.36-3.4612.30.17530891.35100
3.46-3.5912.30.14631051.36100
3.59-3.7312.30.12530931.503100
3.73-3.912.30.11231081.512100
3.9-4.1112.30.10131061.512100
4.11-4.3612.20.0931191.531100
4.36-4.712.10.0931251.67699.9
4.7-5.17120.08131501.507100
5.17-5.9211.80.09131481.725100
5.92-7.4611.50.08731992.233100
7.46-5011.40.07233472.29499.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
CBASSデータ収集
HKL-2000データ削減
PHENIX位相決定
CCP4位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.74→49.19 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.94 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.917 / WRfactor Rfree: 0.234 / WRfactor Rwork: 0.195 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.816 / SU B: 11.637 / SU ML: 0.235 / SU R Cruickshank DPI: 0.563 / SU Rfree: 0.307 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.563 / ESU R Free: 0.307 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.246 3111 5 %RANDOM
Rwork0.204 ---
obs0.206 61952 99.12 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 91.25 Å2 / Biso mean: 56.456 Å2 / Biso min: 28.14 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.61 Å20 Å20 Å2
2--0.32 Å20 Å2
3---3.29 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.74→49.19 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11606 0 70 25 11701
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.02211900
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5631.96216184
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3351530
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.01523.25480
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.092151872
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.9751596
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1060.21830
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0219004
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7061.57636
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.374212298
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.03834264
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.5674.53886
LS精密化 シェル解像度: 2.741→2.812 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.423 209 -
Rwork0.304 4012 -
all-4221 -
obs--92.87 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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