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万見
- PDB-3ll9: X-ray structures of isopentenyl phosphate kinase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ll9
タイトルX-ray structures of isopentenyl phosphate kinase
要素Isopentenyl phosphate kinase
キーワードTRANSFERASE / mevalonate biosynthesis isoprenoid
機能・相同性
機能・相同性情報


isopentenyl phosphate kinase / isopentenyl phosphate kinase activity / terpenoid biosynthetic process / kinase activity / ATP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Fosfomycin resistance kinase, FomA-type / Carbamate kinase / Acetylglutamate kinase-like / Aspartate/glutamate/uridylate kinase / Acetylglutamate kinase-like superfamily / Amino acid kinase family / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Isopentenyl phosphate kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Methanothermobacter thermautotrophicus (古細菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.148 Å
データ登録者Hill, C.P. / Schubert, H.L.
引用ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2010
タイトル: X-ray structures of isopentenyl phosphate kinase.
著者: Mabanglo, M.F. / Schubert, H.L. / Chen, M. / Hill, C.P. / Poulter, C.D.
履歴
登録2010年1月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年6月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年11月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.52024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Isopentenyl phosphate kinase
B: Isopentenyl phosphate kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,3205
ポリマ－59,3742
非ポリマー9463
水1,910106
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5000 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area20690 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)119.672, 96.360, 72.430
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 120.590, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Isopentenyl phosphate kinase


分子量: 29686.840 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methanothermobacter thermautotrophicus (古細菌)
遺伝子: MTH47, MTH_47 / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)Codon Plus / 参照: UniProt: O26153
#2: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 106 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.37 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 12% PEG 6000, 2 M NaCl, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2009年2月26日
放射モノクロメーター: Verimax HR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. all: 41362 / Num. obs: 38177 / % possible obs: 92.3 % / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 46.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.082 / Χ2: 1.157 / Net I/σ(I): 19.7
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
2.1-2.182.50.45927140.93766.2
2.18-2.2630.37537021.04589.4
2.26-2.373.20.338201.193.3
2.37-2.493.50.26739221.13694.6
2.49-2.653.70.22239171.16595.4
2.65-2.853.80.15939641.09896.1
2.85-3.143.80.10939861.24196.8
3.14-3.593.80.08240181.2497.1
3.59-4.523.70.0740381.09196.9
4.52-503.60.06440961.32897.4

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å19.92 Å
Translation2.5 Å19.92 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER1.3.3位相決定
PHENIX1.5_2精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
HKL-2000データ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3LKK

3lkk


解像度: 2.148→29.332 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.14 / FOM work R set: 0.758 / SU ML: 0.3 / σ(F): 1.35 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.259 1812 4.97 %5%
Rwork0.205 ---
obs0.208 36455 94.39 %-
all-38610 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 60.382 Å2 / ksol: 0.421 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 104.92 Å2 / Biso mean: 57.626 Å2 / Biso min: 23.84 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-11.198 Å20 Å2-11.682 Å2
2---15.83 Å2-0 Å2
3---4.631 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.148→29.332 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3813 0 60 106 3979
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0233976
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d2.0055380
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.122610
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.01697
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.7151507
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 13

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.148-2.2060.345970.2612304240181
2.206-2.2710.3261480.2342518266691
2.271-2.3440.2711550.212613276893
2.344-2.4280.3031340.2212630276494
2.428-2.5250.2911370.222670280795
2.525-2.640.2981210.2152718283995
2.64-2.7790.2781270.222698282596
2.779-2.9530.2891570.2332729288696
2.953-3.180.3181310.2252726285797
3.18-3.50.2411570.2132724288197
3.5-4.0050.2191410.1692765290697
4.005-5.0420.2151550.1642731288697
5.042-29.3350.261520.2142817296998

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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