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- PDB-3ll5: Crystal structure of T. acidophilum isopentenyl phosphate kinase ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ll5
タイトルCrystal structure of T. acidophilum isopentenyl phosphate kinase product complex
要素Gamma-glutamyl kinase related protein
キーワードTRANSFERASE / alternate mevalonate pathway / isopentenyl phsophate kinase / alpha-beta-alpha sandwich fold / product complex / Kinase
機能・相同性
機能・相同性情報


isopentenyl phosphate kinase / isopentenyl phosphate kinase activity / terpenoid biosynthetic process / kinase activity / ATP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Fosfomycin resistance kinase, FomA-type / Carbamate kinase / Acetylglutamate kinase-like / Aspartate/glutamate/uridylate kinase / Acetylglutamate kinase-like superfamily / Amino acid kinase family / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / Isopentenyl phosphate / 3-METHYLBUT-3-ENYL TRIHYDROGEN DIPHOSPHATE / Isopentenyl phosphate kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Thermoplasma acidophilum (好酸性)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.987 Å
データ登録者Mabanglo, M.F. / Hill, C.P.
引用ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2010
タイトル: X-ray structures of isopentenyl phosphate kinase.
著者: Mabanglo, M.F. / Schubert, H.L. / Chen, M. / Hill, C.P. / Poulter, C.D.
履歴
登録2010年1月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年6月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年4月3日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年11月27日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Gamma-glutamyl kinase related protein
B: Gamma-glutamyl kinase related protein
C: Gamma-glutamyl kinase related protein
D: Gamma-glutamyl kinase related protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)115,12312
ポリマ－112,4304
非ポリマー2,6938
水4,324240
1
A: Gamma-glutamyl kinase related protein
C: Gamma-glutamyl kinase related protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,5626
ポリマ－56,2152
非ポリマー1,3474
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5320 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area19900 Å2
手法PISA
2
B: Gamma-glutamyl kinase related protein
D: Gamma-glutamyl kinase related protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,5626
ポリマ－56,2152
非ポリマー1,3474
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5390 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area19790 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)187.104, 42.787, 134.895
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 113.19, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Gamma-glutamyl kinase related protein / Isopentenyl phosphate kinase


分子量: 28107.473 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Thermoplasma acidophilum (好酸性) / 株: DSM1728 / 遺伝子: Ta0103 / プラスミド: pET151/D-TOPO / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) Codon Plus RIL / 参照: UniProt: Q9HLX1

-
非ポリマー , 5種, 248分子

#2: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE


分子量: 427.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物 ChemComp-IPE / 3-METHYLBUT-3-ENYL TRIHYDROGEN DIPHOSPHATE / ISOPENTENYL PYROPHOSPHATE


分子量: 246.092 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H12O7P2
#4: 化合物 ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE


分子量: 507.181 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#5: 化合物 ChemComp-IP8 / Isopentenyl phosphate / 3-methylbut-3-en-1-yl dihydrogen phosphate


分子量: 166.112 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H11O4P
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 240 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.28 %
結晶化温度: 274 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: 0.1 M PCB buffer (2:1:2 molar ratio of sodium propionate, sodium cacodylate, Bis-Tris propane, pH 6.0 containing 25% PEG1500, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 274K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.97887 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年2月27日
詳細: Flat mirror (vertical focusing); single crystal Si(111) bent monochromator (horizontal focusing)
放射モノクロメーター: Side scattering bent cube-root I-beam single crystal; asymmetric cut 4.965 degs
プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97887 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.99→50 Å / Num. obs: 65826 / 冗長度: 1.8 % / Rsym value: 0.062 / Net I/σ(I): 9.48
反射 シェル解像度: 1.99→2.06 Å / 冗長度: 1.7 % / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / Rsym value: 0.062

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CrystalClearデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX1.6.1_357精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: T. acidophilum isopentenyl phosphate kinase solved by single wavelength anomalous diffraction

解像度: 1.987→38.292 Å / SU ML: 0.26 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.97 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2384 3342 5.08 %
Rwork0.193 --
obs0.1954 65826 95.96 %
all-69169 -
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 29.941 Å2 / ksol: 0.425 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.5158 Å20 Å2-3.4756 Å2
2---1.3365 Å2-0 Å2
3---0.8207 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.987→38.292 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7261 0 164 240 7665
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0217579
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.97510248
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.7542872
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.1151134
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.011285
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9867-2.01510.28391150.22082150X-RAY DIFFRACTION80
2.0151-2.04510.26091630.19882613X-RAY DIFFRACTION97
2.0451-2.07710.25191410.18932573X-RAY DIFFRACTION96
2.0771-2.11110.24061360.19272606X-RAY DIFFRACTION97
2.1111-2.14750.27651170.19782609X-RAY DIFFRACTION96
2.1475-2.18660.28191170.19352582X-RAY DIFFRACTION96
2.1866-2.22860.26241270.1812608X-RAY DIFFRACTION96
2.2286-2.27410.22651360.18142564X-RAY DIFFRACTION95
2.2741-2.32360.26511200.18412539X-RAY DIFFRACTION95
2.3236-2.37760.21391430.18352574X-RAY DIFFRACTION95
2.3776-2.43710.28431330.1922508X-RAY DIFFRACTION94
2.4371-2.50290.27951230.19892578X-RAY DIFFRACTION94
2.5029-2.57660.28091300.2092509X-RAY DIFFRACTION93
2.5766-2.65970.28781450.21532541X-RAY DIFFRACTION94
2.6597-2.75480.26751480.20252560X-RAY DIFFRACTION95
2.7548-2.8650.2561540.19852581X-RAY DIFFRACTION96
2.865-2.99540.25041420.20512624X-RAY DIFFRACTION97
2.9954-3.15320.25011550.20282686X-RAY DIFFRACTION98
3.1532-3.35070.23591550.20082663X-RAY DIFFRACTION99
3.3507-3.60920.22281560.18382745X-RAY DIFFRACTION100
3.6092-3.97210.20821450.17872723X-RAY DIFFRACTION100
3.9721-4.5460.18791370.15252761X-RAY DIFFRACTION100
4.546-5.72450.181480.16692754X-RAY DIFFRACTION100
5.7245-38.29880.2241560.21882833X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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