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- PDB-3ll2: Monomeric Griffithsin in Complex with a High-Mannose Branched Car... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ll2
タイトルMonomeric Griffithsin in Complex with a High-Mannose Branched Carbohydrate
要素Griffithsin
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / lectin / sugar-binding / anti-HIV / high mannose / Man9 / gp120 / gp41 / jacalin-related / Mannose-binding
機能・相同性
機能・相同性情報


N-acetylgalactosamine binding / D-glucose binding / D-mannose binding / carbohydrate binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Jacalin-like lectin domain / Aligned Prism / Vitelline Membrane Outer Layer Protein I, subunit A / Jacalin-like lectin domain / Jacalin-type lectin domain profile. / Jacalin-like lectin domain / Jacalin-like lectin domain / Jacalin-like lectin domain superfamily / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Griffithsin
類似検索 - 構成要素
生物種Griffithsia (真核生物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 0.97 Å
データ登録者Moulaei, T. / Wlodawer, A.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2010
タイトル: Monomerization of viral entry inhibitor griffithsin elucidates the relationship between multivalent binding to carbohydrates and anti-HIV activity.
著者: Moulaei, T. / Shenoy, S.R. / Giomarelli, B. / Thomas, C. / McMahon, J.B. / Dauter, Z. / O'Keefe, B.R. / Wlodawer, A.
履歴
登録2010年1月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年10月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_chiral / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_asym_id / _pdbx_validate_chiral.auth_asym_id / _pdbx_validate_chiral.auth_seq_id / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12021年10月13日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: chem_comp / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 2.22023年9月6日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Griffithsin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,67510
ポリマ－12,8191
非ポリマー1,8569
水2,936163
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)90.5, 90.5, 27.8
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 90
Int Tables number80
Space group name H-MI41

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要素

#1: タンパク質 Griffithsin / GRFT


分子量: 12818.853 Da / 分子数: 1 / 変異: Gly-Ser insertion after S16, L2S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Griffithsia (真核生物) / 株: Q66D336 / プラスミド: pET-15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P84801
#2: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]alpha-D-mannopyranose-(1-6)]alpha-D-mannopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1315.142 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-2DManpa1-2DManpa1-3[DManpa1-2DManpa1-3[DManpa1-6]DManpa1-6]DManpa1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,8,7/[a1122h-1a_1-5]/1-1-1-1-1-1-1-1/a3-b1_a6-e1_b2-c1_c2-d1_e3-f1_e6-h1_f2-g1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{}}}[(6+1)][a-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{}}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 163 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.6 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1 M mixture of imidazole, sodium cacodylate, MES, and bis-tris, 0.1 M mixture of L-Na-glutamate, alanine, glycine, lysine-HCl, and serine, 30% w/v PEG MME 550 and PEG 20000, pH 6.5, VAPOR ...詳細: 0.1 M mixture of imidazole, sodium cacodylate, MES, and bis-tris, 0.1 M mixture of L-Na-glutamate, alanine, glycine, lysine-HCl, and serine, 30% w/v PEG MME 550 and PEG 20000, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年4月3日
放射モノクロメーター: Si(220) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 0.97→50 Å / Num. obs: 66935 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.055 / Χ2: 1.185 / Net I/σ(I): 14.8
反射 シェル解像度: 0.97→1 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.507 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 6566 / Χ2: 0.772 / % possible all: 98.4

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位相決定

Phasing MRRfactor: 31.44 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å32 Å
Translation2.5 Å32 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER2.1.3位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
HKL-3000データ収集
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3LKY

3lky


解像度: 0.97→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.98 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.983 / WRfactor Rfree: 0.162 / WRfactor Rwork: 0.142 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.4 / FOM work R set: 0.916 / SU B: 0.57 / SU ML: 0.015 / SU R Cruickshank DPI: 0.021 / SU Rfree: 0.021 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.021 / ESU R Free: 0.021 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.155 1001 1.5 %RANDOM
Rwork0.143 ---
obs0.144 65888 99.74 %-
all-66889 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 57.74 Å2 / Biso mean: 15.233 Å2 / Biso min: 7.07 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.02 Å20 Å20 Å2
2---0.02 Å20 Å2
3---0.05 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 0.97→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数902 0 122 163 1187
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.020.0211073
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0090.02738
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.5792.0641444
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg2.631815
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.4355122
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.64123.7540
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg10.56915153
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.749155
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.2990.2179
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.021085
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02205
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2160.2165
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2310.2786
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1840.2542
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.1230.2567
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1550.2100
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.210.220
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2410.260
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1640.229
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.2241.5635
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.3171.5265
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.8092970
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.0183505
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.0484.5474
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr2.41331115
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded7.14731022
LS精密化 シェル解像度: 0.97→0.995 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.355 66 -
Rwork0.287 4778 -
all-4844 -
obs--97.09 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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