ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 | NB |
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DENZO | | データ削減 | | SCALEPACK | | データスケーリング | | PHASER | 2.1.3位相決定 | | REFMAC | 5.4.0057精密化 | | PDB_EXTRACT | 3.005 | データ抽出 | | HKL-3000 | | データ収集 | | HKL-3000 | | データ削減 | | HKL-3000 | | データスケーリング | | | |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3LKY 解像度: 1.7→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.949 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 3.563 / SU ML: 0.064 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.103 / ESU R Free: 0.099 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
| Rfactor | 反射数 | %反射 | Selection details |
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Rfree | 0.21 | 936 | 5.8 % | RANDOM |
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Rwork | 0.184 | - | - | - |
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obs | 0.185 | 15073 | 97.9 % | - |
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all | - | 16009 | - | - |
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK |
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原子変位パラメータ | Biso max: 57.09 Å2 / Biso mean: 20.174 Å2 / Biso min: 12.14 Å2
| Baniso -1 | Baniso -2 | Baniso -3 |
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1- | 0.16 Å2 | 0.08 Å2 | 0 Å2 |
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2- | - | 0.16 Å2 | 0 Å2 |
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3- | - | - | -0.25 Å2 |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.7→30 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 916 | 0 | 29 | 135 | 1080 |
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拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal | Dev ideal target | 数 |
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X-RAY DIFFRACTION | r_bond_refined_d0.02 | 0.021 | 977 | X-RAY DIFFRACTION | r_bond_other_d0.001 | 0.02 | 663 | X-RAY DIFFRACTION | r_angle_refined_deg1.875 | 1.966 | 1313 | X-RAY DIFFRACTION | r_angle_other_deg0.954 | 3 | 1609 | X-RAY DIFFRACTION | r_dihedral_angle_1_deg7.468 | 5 | 124 | X-RAY DIFFRACTION | r_dihedral_angle_2_deg39.124 | 23.415 | 41 | X-RAY DIFFRACTION | r_dihedral_angle_3_deg13.481 | 15 | 146 | X-RAY DIFFRACTION | r_dihedral_angle_4_deg16.626 | 15 | 5 | X-RAY DIFFRACTION | r_chiral_restr0.107 | 0.2 | 138 | X-RAY DIFFRACTION | r_gen_planes_refined0.008 | 0.02 | 1100 | X-RAY DIFFRACTION | r_gen_planes_other0.001 | 0.02 | 209 | X-RAY DIFFRACTION | r_mcbond_it1.006 | 1.5 | 611 | X-RAY DIFFRACTION | r_mcbond_other0.317 | 1.5 | 270 | X-RAY DIFFRACTION | r_mcangle_it1.704 | 2 | 976 | X-RAY DIFFRACTION | r_scbond_it2.834 | 3 | 366 | X-RAY DIFFRACTION | r_scangle_it4.324 | 4.5 | 337 | | | | | | | | | | | | | | | | |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.7→1.743 Å / Total num. of bins used: 20
| Rfactor | 反射数 | %反射 |
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Rfree | 0.317 | 71 | - |
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Rwork | 0.331 | 1008 | - |
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all | - | 1079 | - |
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obs | - | - | 92.22 % |
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 16.806 Å / Origin y: 6.271 Å / Origin z: 18.878 Å
| 11 | 12 | 13 | 21 | 22 | 23 | 31 | 32 | 33 |
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T | -0.0222 Å2 | -0.0005 Å2 | -0.0025 Å2 | - | -0.0302 Å2 | 0.0102 Å2 | - | - | -0.0105 Å2 |
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L | 0.2126 °2 | -0.1988 °2 | 0.3443 °2 | - | 1.2672 °2 | -0.3357 °2 | - | - | 0.8133 °2 |
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S | 0.0028 Å ° | -0.0467 Å ° | 0.0058 Å ° | -0.1318 Å ° | -0.023 Å ° | -0.0424 Å ° | 0.0275 Å ° | -0.0315 Å ° | 0.0203 Å ° |
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