PDB-3lj6: 3D-CRYSTAL STRUCTURE OF HUMANIZED-RAT FATTY ACID AMIDE HYDROLASE ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3lj6

タイトル

3D-CRYSTAL STRUCTURE OF HUMANIZED-RAT FATTY ACID AMIDE HYDROLASE (FAAH) CONJUGATED WITH THE DRUG-LIKE UREA INHIBITOR PF-3845 at 2.42A RESOLUTION

要素

Fatty-acid amide hydrolase 1

キーワード

HYDROLASE / protein-inhibitor complex / FAAH / fatty acid amide hydrolase / urea / inhibitor / covalent / Endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / Membrane / Transmembrane

機能・相同性

機能・相同性情報

Arachidonate metabolism / fatty acid amide hydrolase / regulation of trans-synaptic signaling by endocannabinoid, modulating synaptic transmission / fatty acid amide hydrolase activity / monoacylglycerol catabolic process / monoacylglycerol lipase activity / amidase activity / fatty acid catabolic process / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; カルボン酸エステル加水分解酵素 / hydrolase activity, acting on ester bonds ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Rattus norvegicus (ドブネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.42 Å

データ登録者

Mileni, M. / Stevens, R.C. / Kamtekar, S.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2010
タイトル: Crystal structure of fatty acid amide hydrolase bound to the carbamate inhibitor URB597: discovery of a deacylating water molecule and insight into enzyme inactivation
著者: Mileni, M. / Kamtekar, S. / Wood, D.C. / Benson, T.E. / Cravatt, B.F. / Stevens, R.C.

履歴

登録	2010年1月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年6月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年12月14日	Group: Non-polymer description
改定 1.3	2021年10月13日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2023年9月6日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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PDB形式	pdb3lj6.ent.gz	358.9 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	3lj6_validation.pdf.gz	938.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3lj6_full_validation.pdf.gz	941.8 KB	表示
XML形式データ	3lj6_validation.xml.gz	43.8 KB	表示
CIF形式データ	3lj6_validation.cif.gz	65.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lj/3lj6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lj/3lj6	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	3lj7C 2wj1S 2vya 2wap C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6mrg-3 6mrg-4 2uwh-5 5zre-1 2qt6-1 1smj-2 6mrg-2 5qj2-2 1smj-1 5ulj-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Fatty-acid amide hydrolase 1

B: Fatty-acid amide hydrolase 1

ヘテロ分子

127 kDa, 2 ポリマー
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1

A: Fatty-acid amide hydrolase 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
63.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Fatty-acid amide hydrolase 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
63.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	71.590, 105.320, 221.560
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Fatty-acid amide hydrolase 1 / Oleamide hydrolase 1 / Anandamide amidohydrolase 1 分子量: 63111.664 Da / 分子数: 2 / 断片: deltaTM-FAAHM (UNP residues 30 to 579) 変異: Trans-membrane deletion (1-30); L192F, F194Y, A377T, S435N, I491V, V495M 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Faah, Faah1 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 参照: UniProt: P97612, 加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; 鎖状アミドに作用
#2: 化合物	ChemComp-PIX / 4-(3-{[5-(trifluoromethyl)pyridin-2-yl]oxy}benzyl)piperidine-1-carboxylic acid 分子量: 380.361 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₉H₁₉F₃N₂O₃
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 670 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.31 Å³/Da / 溶媒含有率: 62.82 %
結晶化	温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 30% PEG400 100 mM MES, 400 mM LiCl 100 mM NaCl, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 287K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 0.97934 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年6月22日
放射	モノクロメーター: double crystal monochromator and K-B pair of biomorph mirrors for vertical and horizontal focusing プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97934 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.42→40 Å / Num. all: 64062 / Num. obs: 64062 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.3 % / B_iso Wilson estimate: 35.7 Å² / R_merge(I) obs: 0.107 / Net I/σ(I): 11.8
反射シェル	解像度: 2.42→2.5 Å / 冗長度: 3 % / R_merge(I) obs: 0.474 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 88.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS	package	データスケーリング
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine)	精密化
XDS	package	データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2WJ1

2wj1

解像度: 2.42→39.615 Å / SU ML: 0.29 / Isotropic thermal model: isotropic / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 17.8 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1995	3254	5.08 %
R_work	0.1606	-	-
obs	0.1626	64059	98.83 %
all	-	64062	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 38.476 Å² / k_sol: 0.332 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso mean: 28.9 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.42→39.615 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8363	0	53	670	9086

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.011	8662
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.257	11768
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	20.528	3238
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.072	1316
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	1524

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.42-2.4561	0.3026	112	0.2435	2019	X-RAY DIFFRACTION	76
2.4561-2.4945	0.2539	132	0.2105	2631	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4945-2.5354	0.2573	158	0.2039	2595	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5354-2.5791	0.2791	136	0.1818	2639	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5791-2.626	0.2363	150	0.171	2622	X-RAY DIFFRACTION	100
2.626-2.6765	0.2443	158	0.1669	2631	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6765-2.7311	0.2024	150	0.1675	2638	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7311-2.7905	0.2183	133	0.1566	2637	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7905-2.8554	0.193	146	0.1522	2656	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8554-2.9268	0.195	138	0.1556	2642	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9268-3.0059	0.2295	112	0.1599	2693	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0059-3.0943	0.1854	134	0.1576	2657	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0943-3.1941	0.2115	144	0.1554	2660	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1941-3.3082	0.2142	145	0.1573	2643	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3082-3.4406	0.1976	128	0.1547	2668	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4406-3.5971	0.1818	173	0.1505	2653	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5971-3.7866	0.1778	139	0.1447	2680	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7866-4.0236	0.1718	130	0.147	2691	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0236-4.334	0.1756	134	0.1441	2690	X-RAY DIFFRACTION	100
4.334-4.7694	0.166	132	0.1296	2736	X-RAY DIFFRACTION	100
4.7694-5.4581	0.1653	155	0.1411	2697	X-RAY DIFFRACTION	100
5.4581-6.8707	0.1737	147	0.1656	2754	X-RAY DIFFRACTION	100
6.8707-39.6201	0.1559	168	0.1504	2873	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.1869	-0.2279	1.6442	1.0475	-0.5182	1.5902	-0.0724	0.6164	0.1267	-0.2806	0.0044	0.1282	-0.0678	-0.575	0.0826	0.2931	0.0648	-0.1158	0.3882	0.0708	0.2412	-28.6334	-13.6352	4.5113
2	0.41	0.03	0.0703	0.5374	0.5543	-1.308	0.0991	0.2902	0.0859	-0.3572	-0.064	0.0071	-0.1405	0.0005	-0.0166	0.286	0.0444	-0.0401	0.4158	0.0391	0.0697	-13.8403	-18.0382	1.3803
3	6.5371	1.6219	0.1614	-2.7035	0.5981	3.4928	-0.08	0.3566	0.7692	0.1942	0.0989	0.164	-1.101	0.2214	0.0445	0.3788	-0.0109	-0.0087	0.1555	0.15	0.3293	-9.9842	-7.2112	8.1608
4	0.7336	0.0286	0.1028	0.2236	-0.2144	0.1453	0.0229	0.1823	0.0313	-0.0571	-0.0079	0.0485	-0.1069	-0.171	-0.0191	0.1284	0.047	-0.0361	0.1898	0.0206	0.0778	-19.8347	-22.1904	16.7934
5	0.4634	0.0038	0.0511	0.4537	-0.1123	0.5411	-0.0091	0.1802	-0.017	-0.1437	-0.046	-0.0006	-0.0204	-0.0103	0.0404	0.1345	0.0154	-0.0135	0.1403	-0.0121	0.0648	-5.8653	-30.733	21.092
6	0.3661	-0.081	-0.1804	0.6809	-0.1374	0.7388	-0.0204	0.0986	-0.1248	-0.0531	-0.0358	0.1674	0.1174	-0.1822	0.0597	0.0269	-0.0248	-0.0251	0.0814	-0.0541	0.0631	-19.729	-39.8004	29.5397
7	1.2969	-0.2655	0.1128	2.1957	-0.5664	-2.543	-0.0195	0.3132	0.1035	-0.3261	0.0777	-0.0848	-0.0488	0.2263	-0.0368	0.1473	0.0079	0.0236	0.1977	0.0007	0.0946	-0.564	-34.8699	16.9533
8	-1.3445	-0.903	0.2891	0.7067	0.3461	0.5086	0.0187	-0.3183	-0.1405	0.2251	-0.0205	-0.2378	0.1013	0.2558	0.0094	0.1402	0.0288	-0.0638	0.1271	0.0222	0.1503	18.9493	-31.1646	67.5314
9	-0.5029	0.0534	-0.0466	0.8108	-0.1529	0.4158	0.0068	-0.0154	-0.0676	-0.0155	0.0215	-0.3534	0.0102	0.1568	-0.0239	0.0611	-0.001	-0.0002	0.1417	-0.0405	0.1993	25.7805	-22.1534	55.564
10	-0.1404	-1.8282	1.8197	2.8308	0.3237	4.2393	0.0889	0.3469	-0.6277	-0.0348	0.0968	0.1249	0.3065	0.733	-0.2101	0.1715	0.0987	0.0963	0.2841	-0.0354	0.3946	23.6	-32.727	47.4771
11	0.2727	-0.3912	-0.409	0.5824	0.1392	0.7407	0.0198	-0.0349	-0.0748	0.0563	0.0385	-0.0293	0.1004	0.0046	-0.053	0.0695	-0.0005	-0.0034	0.0678	-0.0008	0.1025	8.8883	-23.0541	56.5991
12	0.4524	0.0112	-0.1317	0.1005	0.186	0.8558	0.0007	0.0493	0.1005	-0.0926	-0.0199	0.001	-0.1307	0.0287	0.0212	0.0919	-0.0125	0.0002	0.0809	0.0115	0.1193	6.4601	-12.1426	43.9185
13	0.533	0.0608	0.1051	0.7406	0.3119	0.5812	-0.0028	-0.0441	0.062	-0.007	-0.0443	0.1297	-0.0768	-0.1046	0.0449	0.0566	0.0197	0.0058	0.0528	-0.0028	0.0867	-7.636	-9.076	55.5829
14	0.3434	0.146	0.222	1.9401	-0.5241	2.3106	0.0255	0.3496	0.1053	-0.2838	0.0561	-0.3416	0.0901	0.3198	0.0039	0.1089	-0.0078	0.0453	0.1134	0.0349	0.145	10.6009	-5.983	41.111

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 32:72)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 73:117)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 118:134)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 135:259)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resid 260:354)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain A and resid 355:550)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain A and resid 551:574)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain B and resid 32:72)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain B and resid 73:117)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain B and resid 118:134)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(chain B and resid 135:259)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(chain B and resid 260:354)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(chain B and resid 355:550)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(chain B and resid 551:574)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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