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- PDB-3lip: OPEN CONFORMATION OF PSEUDOMONAS CEPACIA LIPASE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3lip
タイトルOPEN CONFORMATION OF PSEUDOMONAS CEPACIA LIPASE
要素TRIACYL-GLYCEROL-HYDROLASE
キーワードHYDROLASE / LIPASE / PSEUDOMONADACEAE / CATALYTIC TRIAD / OXYANION / OPEN / WITHOUT INHIBITOR
機能・相同性
機能・相同性情報


triacylglycerol lipase / triacylglycerol lipase activity / lipid catabolic process / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Lipases, serine active site. / alpha/beta hydrolase fold / Alpha/beta hydrolase fold-1 / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Triacylglycerol lipase
類似検索 - 構成要素
生物種Burkholderia cepacia (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Lang, D.A. / Schomburg, D.
引用
#1: ジャーナル: Biochim.Biophys.Acta / 年: 1994
タイトル: Lipase of Pseudomonas Cepacia for Biotechnological Purposes: Purification, Crystallization and Characterization
著者: Bornscheuer, U. / Reif, O.W. / Lausch, R. / Freitag, R. / Scheper, T. / Kolisis, F.N. / Menge, U.
#2: ジャーナル: To Be Published / 年: 1994
タイトル: Structure Elucidation of Two Lipases of the Pseudomonas Family
著者: Lang, D.A. / Hofmann, B. / Burgdorf, T. / Haalck, L. / Hecht, H.-J. / Spener, F. / Schmid, R.D. / Schomburg, D.
履歴
登録1997年4月18日処理サイト: BNL
改定 1.01997年6月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月25日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月9日Group: Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: database_2 / pdbx_initial_refinement_model ...database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年10月9日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TRIACYL-GLYCEROL-HYDROLASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,1912
ポリマ－33,1511
非ポリマー401
水3,477193
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)91.300, 47.300, 85.400
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 121.40, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 TRIACYL-GLYCEROL-HYDROLASE / LIPASE


分子量: 33150.766 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Burkholderia cepacia (バクテリア) / 参照: UniProt: P22088, triacylglycerol lipase
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 193 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48 %
結晶化温度: 285 K / pH: 8.7
詳細: 29-30 % N-PROPANOL, 0.1 M TRIS HCL BUFFER, PH 8.4-8.7, AT 12 DEGREES IN FOUR WEEKS, PROTEIN CONCENTRATION 22 MG/ML, temperature 285K
PH範囲: 8.4-8.7
結晶化
*PLUS
温度: 12 ℃ / pH: 7.5 / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
129-30 %(v/v)1-propanol1reservoir
2100 mMTris-HCl1reservoirpH8.5-8.7
322 mg/mlprotein1drop
410 mMTris-HCl1droppH7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 283 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MPG/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW6 / 波長: 1
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1994年5月1日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: GRAPHITE(002) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→18.7 Å / Num. obs: 17688 / % possible obs: 83.3 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2 % / Rsym value: 0.095
反射 シェル解像度: 2→2.05 Å / 冗長度: 1.63 % / Rsym value: 0.183 / % possible all: 83.1
反射
*PLUS
Num. measured all: 33550 / Rmerge(I) obs: 0.095

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
PROLSQ精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1CVL

1cvl


解像度: 2→8 Å / σ(F): 0
詳細: DENSITY FOR RESIDUES 217 - 223 IS FRAGMENTED. THEREFORE THIS REGION WAS MODELED STEREOCHEMICALLY. THE ELECTRON DENSITY FOR THE RESIDUES THR 18, SER 87, THR 217 AND LEU 234 IS WELL DEFINED IN ...詳細: DENSITY FOR RESIDUES 217 - 223 IS FRAGMENTED. THEREFORE THIS REGION WAS MODELED STEREOCHEMICALLY. THE ELECTRON DENSITY FOR THE RESIDUES THR 18, SER 87, THR 217 AND LEU 234 IS WELL DEFINED IN SPITE OF DIHEDRAL ANGLES OF THESE RESIDUES LYING OUTSIDE THEIR EXPECTED RANGE.
Rfactor反射数%反射
Rwork0.188 --
all-17424 -
obs-17424 83 %
原子変位パラメータBiso mean: 12.95 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.2 Å / Luzzati d res low obs: 8 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2338 0 1 193 2532
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.020.02
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.0390.04
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.0520.05
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord0.05
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it1.5121
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it2.4061.5
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it1.4741
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it2.021.5
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr0.0150.02
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.0860.08
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd0.1740.3
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd0.1380.3
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd0.3
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd0.3
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor2.3873
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor12.03115
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor23.91915
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor15
ソフトウェア
*PLUS
名称: PROLSQ / 分類: refinement
精密化
*PLUS
% reflection Rfree: 10 % / Rfactor all: 0.188
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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