PDB-3li2: Closed Conformation of HtsA Complexed with Staphyloferrin A

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3li2

タイトル

Closed Conformation of HtsA Complexed with Staphyloferrin A

要素

Ferrichrome ABC transporter lipoprotein

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / siderophore / iron / receptor / lipoprotein / binding protein

機能・相同性

機能・相同性情報

metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Staphylococcus aureus subsp. aureus (黄色ブドウ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Grigg, J.C. / Murphy, M.E.P.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2010
タイトル: The Staphylococcus aureus siderophore receptor HtsA undergoes localized conformational changes to enclose staphyloferrin A in an arginine-rich binding pocket.
著者: Grigg, J.C. / Cooper, J.D. / Cheung, J. / Heinrichs, D.E. / Murphy, M.E.

履歴

登録	2010年1月23日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年2月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.2	2024年2月21日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3li2.cif.gz	258.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3li2.ent.gz	211.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3li2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3li2_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3li2_full_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示
XML形式データ	3li2_validation.xml.gz	26.9 KB	表示
CIF形式データ	3li2_validation.cif.gz	37.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/li/3li2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/li/3li2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3lhsC 3eiw 3eix C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5uub-d 5a5d-d 1kjo-d 3tef-d 3msn-d 5tae-d 4mwp-d 5ad1-d 3ori-1 3p7r-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#261 - 2021年9月 DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores) 類似性 (1) #22 - 2001年10月光化学系I (Photosystem I) 類似性 (1) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (1) #29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (1) #95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#261 - 2021年9月
DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores)
類似性 (1)
#22 - 2001年10月
光化学系I (Photosystem I)
類似性 (1)
#262 - 2021年10月
PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures )
類似性 (1)
#29 - 2002年5月
ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins)
類似性 (1)
#95 - 2007年11月
多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Ferrichrome ABC transporter lipoprotein

B: Ferrichrome ABC transporter lipoprotein

ヘテロ分子

68.1 kDa, 2 ポリマー
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1

A: Ferrichrome ABC transporter lipoprotein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
34.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Ferrichrome ABC transporter lipoprotein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
33.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	52.280, 148.600, 52.270
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 117.140, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Ferrichrome ABC transporter lipoprotein 分子量: 33359.391 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 38-327 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Staphylococcus aureus subsp. aureus (黄色ブドウ球菌) 株: Newman / 遺伝子: htsA, NWMN_2078 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A6QJ18, UniProt: A0A0H3K9U6*PLUS

#1: タンパク質

Ferrichrome ABC transporter lipoprotein

分子量: 33359.391 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 38-327 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Staphylococcus aureus subsp. aureus (黄色ブドウ球菌)
株: Newman / 遺伝子: htsA, NWMN_2078 / プラスミド: pET28a / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A6QJ18, UniProt: A0A0H3K9U6*PLUS

-
非ポリマー , 5種, 229分子

#2: 化合物	ChemComp-FE / FE (III) ION 分子量: 55.845 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 化合物	ChemComp-SF8 / (2R)-2-(2-{[(1R)-1-carboxy-4-{[(3S)-3,4-dicarboxy-3-hydroxybutanoyl]amino}butyl]amino}-2-oxoethyl)-2-hydroxybutanedioic acid / Staphyloferrin A 分子量: 480.377 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₇H₂₄N₂O₁₄
#4: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 220 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.71 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.58 % / 解説: THE STRUCTURE FACTOR FILE CONTAINS FRIEDEL PAIRS
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 0.05 M zinc acetate, 20 % PEG 3350, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

CLSI

/ ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.97934 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年11月7日
詳細: DCM with cryo-cooled 1st crystal sagittally bent 2nd crystal followed by vertically focusing mirror

放射

モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL MONOCHROMATOR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97934 Å / 相対比: 1

Reflection twin

Crystal-ID	ID	Operator	Domain-ID	Fraction
1	1	H, K, L	1	0.509
1	1	L, -K, H	2	0.491

反射

解像度: 2.2→74.3 Å / Num. all: 35659 / Num. obs: 35659 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 4 % / R_sym value: 0.085 / Net I/σ(I): 10.8

反射シェル

解像度: 2.2→2.32 Å / 冗長度: 4 % / Mean I/σ(I) obs: 4.1 / R_sym value: 0.309 / % possible all: 99.2

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MOSFLM		データ削減
SCALA	3.3.9	データスケーリング
MOLREP		位相決定
REFMAC	refmac_5.5.0102	精密化
PDB_EXTRACT	3.005	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.2→33.15 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.957 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.93 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 11.226 / SU ML: 0.136 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.046 / ESU R Free: 0.039 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: THE FRIEDEL PAIRS WERE USED FOR phasing. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.216	1776	5 %	RANDOM
R_work	0.165	-	-	-
obs	0.168	35626	98.96 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 84.47 Å² / B_iso mean: 37.119 Å² / B_iso min: 10.58 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	8.23 Å²	0 Å²	-10.46 Å²
2-	-	-6.61 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.62 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→33.15 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4569	0	76	220	4865

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.022	4791
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.478	2.001	6447
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.756	5	593
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	42.026	25.369	203
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	20.057	15	969
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.8	15	25
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.098	0.2	721
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.021	3499
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.473	1.5	2932
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.806	2	4737
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.449	3	1859
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.229	4.5	1710

LS精密化シェル

解像度: 2.2→2.256 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.233	134	-
R_work	0.14	2446	-
all	-	2580	-
obs	-	-	97.58 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.2938	2.0349	0.2808	4.3694	0.1231	2.4598	0.1696	-0.1521	-0.5674	0.4927	-0.1244	-0.0281	0.5687	-0.0705	-0.0452	0.2648	-0.0192	-0.0215	0.034	-0.0036	0.202	-6.5127	-27.9472	2.9764
2	4.9565	-0.6605	-2.842	5.5127	-1.3991	2.5867	-0.0146	0.8597	0.4358	-1.0353	0.2909	0.072	0.0719	-0.3925	-0.2763	0.3702	-0.1548	-0.1125	0.2926	-0.0045	0.2115	-6.1763	-15.5809	-8.533
3	3.2817	1.6967	0.5639	4.7318	0.2937	2.3793	0.1034	0.02	-0.1919	0.3599	-0.0783	0.2082	0.2047	-0.0348	-0.0252	0.1756	-0.0281	-0.0052	0.0005	-0.0182	0.0838	-6.0512	-21.9703	4.0002
4	1.0485	0.6949	-1.1446	11.426	1.6881	1.9343	-0.2131	0.4195	-0.5338	-0.4447	0.1203	-1.0655	0.0259	0.0667	0.0929	0.2712	-0.0708	0.1073	0.5936	-0.264	0.5501	18.4138	-15.8547	-6.7205
5	3.5151	2.0466	0.057	5.085	1.4073	3.812	0.0114	0.0028	-0.163	0.1356	0.0491	-0.377	-0.3498	0.2315	-0.0605	0.1557	-0.0861	-0.0755	0.1103	0.0386	0.1253	11.3036	-4.6444	6.3161
6	4.2382	-1.3167	-2.771	4.6661	4.6244	5.4798	-0.1749	-0.2995	-0.3169	1.0353	0.1522	-0.3156	0.7391	0.4663	0.0227	0.3697	-0.1256	-0.1271	0.1587	0.0442	0.3095	12.7114	-6.5383	12.2453
7	1.1734	1.7999	0.7437	2.5672	1.3023	4.3152	0.1183	-0.0506	0.1081	0.2238	-0.0849	-0.0767	-0.1439	0.1545	-0.0334	0.1861	-0.018	-0.0795	0.0544	0.0257	0.2135	9.1792	1.3524	8.5916
8	15.6378	5.044	12.4306	1.1335	3.2406	10.7606	-0.0601	0.0855	1.4147	0.1252	-0.0056	0.5657	-0.6061	-0.2037	0.0657	0.5064	-0.0208	0.0418	0.1667	0.2092	0.7409	6.6315	11.5889	1.4784
9	2.2395	2.0105	-0.4381	5.8171	-0.6167	1.3682	-0.1377	0.4659	-0.0108	-0.2273	0.228	-0.2302	-0.3778	0.378	-0.0902	0.2065	-0.1386	0.03	0.2232	-0.0182	0.0919	10.7924	-0.7553	-0.552
10	6.7309	5.22	-5.4058	22.2332	-3.8585	2.0849	-0.4678	1.0565	-0.1064	-0.8075	0.5149	-0.0448	0.0568	-0.4143	-0.0471	0.5451	-0.5359	0.1155	0.7224	-0.1552	0.1686	14.2575	-8.0052	-8.7851
11	4.0851	0.0728	2.1571	6.7179	0.4933	2.2704	-0.2461	0.0793	0.5938	-0.1929	-0.0935	0.6276	-0.6763	-0.1545	0.3397	0.3767	0.0531	-0.0645	0.0924	-0.0133	0.2138	6.8308	-29.0924	28.1938
12	1.4131	-0.9016	-1.6004	4.3514	1.5537	4.2958	-0.0164	-0.3944	-0.3023	0.71	0.0495	-0.6475	0.2951	0.7372	-0.0331	0.2804	0.0171	-0.1327	0.1674	0.0714	0.2547	17.3993	-43.735	32.0274
13	6.0893	-1.5286	-2.0657	1.3912	2.4661	3.3919	-0.3643	-1.0664	-0.274	0.6735	0.0984	0.2886	0.7051	0.0693	0.2659	0.6119	-0.0078	0.2139	0.1674	0.0179	0.2246	4.3353	-41.4928	35.7714
14	0.3533	-1.764	-0.1591	5.8134	1.8108	5.5734	-0.0463	0.1876	-0.0074	-0.0961	-0.2798	0.7775	-0.4423	-0.5757	0.3261	0.2063	0.0343	-0.0633	0.0851	0.078	0.4175	4.9696	-38.7679	23.1326
15	2.3613	-0.795	0.0353	3.043	2.2131	2.85	0.2132	0.2338	0.4077	-0.7537	0.1444	-0.9513	-0.5535	0.4418	-0.3577	0.3863	-0.0715	0.1687	0.239	-0.0044	0.3927	24.6801	-40.8815	12.4886
16	4.739	-0.9229	0.5395	6.2191	1.867	4.0859	0.0143	0.0094	-0.2828	-0.3446	0.0899	0.4555	0.0374	-0.3026	-0.1042	0.2143	0.0128	-0.0291	0.092	0.0155	0.0653	11.656	-55.1632	12.8174
17	8.5283	-0.9622	4.4511	1.0286	2.077	6.4076	0.3495	1.058	0.323	-0.4297	-0.403	0.2254	-0.2033	-0.0536	0.0535	0.3762	0.0848	-0.1781	0.1284	0.0161	0.4052	8.1478	-53.9571	7.8584
18	1.7491	-0.7819	2.007	6.2192	0.3781	1.9247	-0.1304	-0.0059	-0.2766	-0.2867	0.1957	0.3685	-0.0455	0.0805	-0.0653	0.2367	0.0455	0.0337	0.073	-0.0301	0.1758	10.7992	-61.7373	10.5322
19	1.3679	-0.9256	0.3349	6.6823	1.851	2.6824	0.2078	0.1281	-0.3897	0.5658	0.118	-0.1488	0.7421	0.1914	-0.3258	0.2777	0.0274	-0.0899	0.1411	-0.0516	0.1877	17.8607	-66.4918	14.3259
20	2.9786	-0.7597	-0.8955	1.3612	1.2988	7.6716	-0.0286	-0.2302	-0.057	-0.2332	0.4369	-0.6743	0.5032	1.2476	-0.4083	0.2188	-0.0229	0.1176	0.2662	-0.1546	0.3952	28.0667	-52.9199	14.6814

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	36 - 68
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	69 - 98
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	99 - 173
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	174 - 191
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	192 - 219
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	220 - 239
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	240 - 267
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	268 - 283
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	284 - 310
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	311 - 323
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	36 - 61
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	62 - 101
13	X-RAY DIFFRACTION	13	B	102 - 122
14	X-RAY DIFFRACTION	14	B	123 - 161
15	X-RAY DIFFRACTION	15	B	162 - 196
16	X-RAY DIFFRACTION	16	B	197 - 219
17	X-RAY DIFFRACTION	17	B	220 - 240
18	X-RAY DIFFRACTION	18	B	241 - 266
19	X-RAY DIFFRACTION	19	B	267 - 305
20	X-RAY DIFFRACTION	20	B	306 - 327

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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