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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3lhs | ||||||
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タイトル | Open Conformation of HtsA Complexed with Staphyloferrin A | ||||||
要素 | Ferrichrome ABC transporter lipoprotein | ||||||
キーワード | TRANSPORT PROTEIN / siderophore / iron / receptor / lipoprotein / binding protein | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Staphylococcus aureus subsp. aureus strain (黄色ブドウ球菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.3 Å | ||||||
データ登録者 | Grigg, J.C. / Murphy, M.E.P. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2010 タイトル: The Staphylococcus aureus siderophore receptor HtsA undergoes localized conformational changes to enclose staphyloferrin A in an arginine-rich binding pocket. 著者: Grigg, J.C. / Cooper, J.D. / Cheung, J. / Heinrichs, D.E. / Murphy, M.E. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3lhs.cif.gz | 151.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3lhs.ent.gz | 117.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3lhs.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3lhs_validation.pdf.gz | 816.2 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3lhs_full_validation.pdf.gz | 821.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | 3lhs_validation.xml.gz | 16.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3lhs_validation.cif.gz | 25.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lh/3lhs ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lh/3lhs | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 33359.391 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 38-327 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Staphylococcus aureus subsp. aureus strain (黄色ブドウ球菌) 株: Newman / 遺伝子: htsA, NWMN_2078 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A6QJ18, UniProt: A0A0H3K9U6*PLUS | ||||||
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#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-FE / | #4: 化合物 | ChemComp-SF8 / ( | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.75 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.1 M Hepes, 24% Jeffamine ED-2001, pH 7.0, hanging drop, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年2月4日 |
放射 | モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL MONOCHROMATOR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.3→50 Å / Num. obs: 69549 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.056 / Net I/σ(I): 12 |
反射 シェル | 解像度: 1.3→1.35 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.355 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / % possible all: 97.7 |
-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.3→29.9 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.955 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 1.511 / SU ML: 0.029 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.054 / ESU R Free: 0.051 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 16.534 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.3→29.9 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.3→1.334 Å / Total num. of bins used: 20
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