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万見
- PDB-3lhb: THE 2.7 ANGSTROM CRYSTAL STRUCTURE OF DEOXYGENATED HEMOGLOBIN FRO... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3lhb
タイトルTHE 2.7 ANGSTROM CRYSTAL STRUCTURE OF DEOXYGENATED HEMOGLOBIN FROM THE SEA LAMPREY (PETROMYZON MARINUS)
要素PROTEIN (HEMOGLOBIN)
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / HEMOGLOBIN / OXYGEN TRANSPORT / BOHR EFFECT
機能・相同性
機能・相同性情報


oxygen carrier activity / oxygen binding / oxidoreductase activity / iron ion binding / heme binding
類似検索 - 分子機能
Globin, lamprey/hagfish type / Globin/Protoglobin / Globins / Globin-like / Globin / Globin / Globin domain profile. / Globin-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Globin-5
類似検索 - 構成要素
生物種Petromyzon marinus (ヤツメウナギ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Heaslet, H.A. / Royer Jr., W.E.
引用
ジャーナル: Structure Fold.Des. / 年: 1999
タイトル: The 2.7 A crystal structure of deoxygenated hemoglobin from the sea lamprey (Petromyzon marinus): structural basis for a lowered oxygen affinity and Bohr effect.
著者: Heaslet, H.A. / Royer Jr., W.E.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1985
タイトル: Refinement of a Molcular Model for Lamprey Hemoglobin from Petromyzon Marinus
著者: Honzatko, R.B. / Hendrickson, W.A. / Love, W.E.
#2: ジャーナル: Nature New Biol. / 年: 1971
タイトル: Structure of Lamprey Hemoglobin
著者: Hendrickson, W.A. / Love, W.E.
履歴
登録1999年1月12日登録サイト: BNL / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年1月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN (HEMOGLOBIN)
B: PROTEIN (HEMOGLOBIN)
C: PROTEIN (HEMOGLOBIN)
D: PROTEIN (HEMOGLOBIN)
E: PROTEIN (HEMOGLOBIN)
F: PROTEIN (HEMOGLOBIN)
G: PROTEIN (HEMOGLOBIN)
H: PROTEIN (HEMOGLOBIN)
I: PROTEIN (HEMOGLOBIN)
J: PROTEIN (HEMOGLOBIN)
K: PROTEIN (HEMOGLOBIN)
L: PROTEIN (HEMOGLOBIN)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)202,89824
ポリマ－195,50012
非ポリマー7,39812
水00
1
A: PROTEIN (HEMOGLOBIN)
B: PROTEIN (HEMOGLOBIN)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,8164
ポリマ－32,5832
非ポリマー1,2332
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: PROTEIN (HEMOGLOBIN)
D: PROTEIN (HEMOGLOBIN)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,8164
ポリマ－32,5832
非ポリマー1,2332
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
E: PROTEIN (HEMOGLOBIN)
F: PROTEIN (HEMOGLOBIN)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,8164
ポリマ－32,5832
非ポリマー1,2332
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
G: PROTEIN (HEMOGLOBIN)
H: PROTEIN (HEMOGLOBIN)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,8164
ポリマ－32,5832
非ポリマー1,2332
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
I: PROTEIN (HEMOGLOBIN)
J: PROTEIN (HEMOGLOBIN)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,8164
ポリマ－32,5832
非ポリマー1,2332
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
K: PROTEIN (HEMOGLOBIN)
L: PROTEIN (HEMOGLOBIN)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,8164
ポリマ－32,5832
非ポリマー1,2332
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)59.630, 215.160, 75.390
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 95.80, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.995624, 0.071172, 0.060553), (0.092939, 0.821627, 0.562398), (-0.009724, 0.565565, -0.824646)44.149, 32.9888, -112.2365
2given(0.952872, -0.196594, 0.231054), (-0.267964, -0.902493, 0.337198), (0.142233, -0.38322, -0.91264)20.2301, 395.7204, 114.4338
3given(-0.961494, 0.110635, -0.251572), (-0.063347, -0.97996, -0.188854), (-0.267425, -0.165646, 0.949234)58.0869, 424.65649, 10.8774
4given(0.927905, -0.366844, -0.066476), (-0.053753, 0.044804, -0.997549), (0.368923, 0.929203, 0.021855)55.0101, 272.76321, -176.1658
5given(-0.931105, 0.364485, -0.013948), (0.220629, 0.53234, -0.817274), (-0.290459, -0.764045, -0.576081)10.3483, 162.90961, 188.4144
6given(-0.995444, 0.013278, 0.094423), (0.095093, 0.211133, 0.972821), (-0.007018, 0.977367, -0.211434)52.2495, 151.72, -160.7388
7given(0.999983, 0.004353, 0.00377), (-0.005747, 0.712798, 0.701346), (0.000366, -0.701356, 0.712811)2.0204, 72.9975, 110.0027
8given(-0.945881, 0.034753, -0.322647), (0.278728, -0.422176, -0.8626), (-0.166192, -0.905847, 0.389642)39.6229, 271.63251, 132.2677
9given(0.962645, -0.081954, 0.258065), (0.072196, -0.840901, -0.536352), (0.260964, 0.534948, -0.803573)26.5062, 332.02689, -71.2118
10given(-0.922132, -0.317125, -0.221596), (0.043958, -0.654958, 0.754386), (-0.384371, 0.685902, 0.617898)84.1003, 270.78159, -111.4934
11given(0.921119, 0.276786, 0.273732), (-0.231941, -0.174512, 0.956948), (0.312639, -0.944952, -0.096548)-21.0991, 198.5798, 134.2494
詳細THE TWELVE PROTOMERS IN THE ASYMMETRIC UNIT FORM SIX ESSENTIALLY IDENTICAL DIMERS.

-
要素

#1: タンパク質
PROTEIN (HEMOGLOBIN)


分子量: 16291.678 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然
詳細: COMPONENT FIVE(5) OF SIX(6) HEMOGLOBINS ISOLATED FROM P.MARINUS.
由来: (天然) Petromyzon marinus (ヤツメウナギ) / Cell: RED BLOOD CELL / 細胞内の位置: CYTOPLASM / 参照: UniProt: P02208
#2: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 47 %
結晶化pH: 6.8 / 詳細: pH 6.8
結晶
*PLUS
結晶化
*PLUS
手法: batch method
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
122 %PEG400011
2170 mMphosphate11

-
データ収集

回折平均測定温度: 293.15 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.54
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IIC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年12月1日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→10 Å / Num. obs: 49184 / % possible obs: 94.7 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3 % / Rsym value: 0.076 / Net I/σ(I): 12
反射 シェル解像度: 2.7→2.8 Å / 冗長度: 3 % / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Rsym value: 0.422 / % possible all: 87.2
反射
*PLUS
Num. measured all: 147754 / Rmerge(I) obs: 0.076
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 87.2 %

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
X-PLOR3.851精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2LHB

2lhb


解像度: 2.7→10 Å / Isotropic thermal model: GROUP THERMAL FACTORS / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.232 5599 11.4 %RANDOM
Rwork0.195 ---
obs0.195 49184 94.7 %-
原子変位パラメータBiso mean: 44.5 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13728 0 516 0 14244
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.364
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.261
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
Refine LS restraints NCSNCS model details: RESTRAINTS / Rms dev position: 1.5 Å / Weight position: 300
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.8 Å / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.329 449 10.9 %
Rwork0.287 3678 -
obs--87.2 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PARHCSDX.PROTOPHCSDX.PRO
X-RAY DIFFRACTION2PARAM19X.HEMETOPH19X.HEME
X-RAY DIFFRACTION3PARAM19.SOLTOPH19.SOL
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.851 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.7 Å / 最低解像度: 10 Å / σ(F): 2 / % reflection Rfree: 11.4 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 44.5 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.261
LS精密化 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.7 Å / 最低解像度: 2.8 Å / Rfactor Rfree: 0.329 / % reflection Rfree: 10.9 % / Rfactor Rwork: 0.287

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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