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- PDB-3lgs: A. thaliana MTA nucleosidase in complex with S-adenosylhomocysteine -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3lgs
タイトルA. thaliana MTA nucleosidase in complex with S-adenosylhomocysteine
要素5'-methylthioadenosine nucleosidases
キーワードHYDROLASE
機能・相同性
機能・相同性情報


methylthioadenosine nucleosidase / phloem or xylem histogenesis / : / methylthioadenosine nucleosidase activity / nucleoside metabolic process / L-methionine salvage from methylthioadenosine / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
5'-Methylthioadenosine/S-adenosylhomocysteine nucleosidase / Nucleoside phosphorylase domain / Nucleoside phosphorylase domain / Phosphorylase superfamily / Nucleoside phosphorylase superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENINE / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / 5'-methylthioadenosine nucleosidase
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Siu, K.K.W. / Howell, P.L.
引用
ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2011
タイトル: Mechanism of substrate specificity in 5'-methylthioadenosine/S-adenosylhomocysteine nucleosidases.
著者: Siu, K.K. / Asmus, K. / Zhang, A.N. / Horvatin, C. / Li, S. / Liu, T. / Moffatt, B. / Woods, V.L. / Howell, P.L.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2008
タイトル: Molecular determinants of substrate specificity in plant 5'-methylthioadenosine nucleosidases.
著者: Siu, K.K. / Lee, J.E. / Sufrin, J.R. / Moffatt, B.A. / McMillan, M. / Cornell, K.A. / Isom, C. / Howell, P.L.
履歴
登録2010年1月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年6月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年2月21日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5'-methylthioadenosine nucleosidases
B: 5'-methylthioadenosine nucleosidases
C: 5'-methylthioadenosine nucleosidases
D: 5'-methylthioadenosine nucleosidases
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)116,54021
ポリマ－113,9034
非ポリマー2,63717
水7,098394
1
A: 5'-methylthioadenosine nucleosidases
B: 5'-methylthioadenosine nucleosidases
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,30111
ポリマ－56,9512
非ポリマー1,3499
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5260 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area18850 Å2
手法PISA
2
C: 5'-methylthioadenosine nucleosidases
D: 5'-methylthioadenosine nucleosidases
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,23910
ポリマ－56,9512
非ポリマー1,2878
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5600 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area18510 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)45.850, 126.410, 83.810
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 101.73, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Refine code: 5

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11PHEPHEASPASPAA31 - 20031 - 200
21PHEPHEASPASPBB31 - 20031 - 200
31PHEPHEASPASPCC31 - 20031 - 200
41PHEPHEASPASPDD31 - 20031 - 200
12ALAALAGLYGLYAA204 - 261204 - 261
22ALAALAGLYGLYBB204 - 261204 - 261
32ALAALAGLYGLYCC204 - 261204 - 261
42ALAALAGLYGLYDD204 - 261204 - 261

-
要素

#1: タンパク質
5'-methylthioadenosine nucleosidases


分子量: 28475.695 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: AT4g38800, atmtan1 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 C+ / 参照: UniProt: Q9T0I8, methylthioadenosine nucleosidase
#2: 化合物
ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステイン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 384.411 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H20N6O5S
#3: 化合物
ChemComp-ADE / ADENINE / アデニン


分子量: 135.127 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H5N5
#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 394 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.09 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5
詳細: 0.2 M NH4Cl, 18 % (w/v) PEG 3350, 15 % (v/v) Ethylene glycol, pH 7.5, vapor diffusion, temperature 298K

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データ収集

放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.542 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: CONFOCAL MULTILAYER / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.542 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→23.12 Å / Num. obs: 46037 / % possible obs: 97.2 % / 冗長度: 3.78 % / Rmerge(I) obs: 0.084 / Χ2: 0.9 / Net I/σ(I): 7.4 / Scaling rejects: 9154
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allΧ2% possible all
2.2-2.283.660.33831749544801.0495.2
2.28-2.373.730.2893.51795045440.9996.4
2.37-2.483.760.263.81803245400.9796
2.48-2.613.770.2154.51804445300.9796.5
2.61-2.773.780.1715.41829345830.9596.9
2.77-2.983.780.1376.51841245990.9197.4
2.98-3.283.810.1028.11859246400.8697.4
3.28-3.763.830.07410.91869146540.8398.5
3.76-4.733.850.05813.61886146980.7598.7
4.73-23.123.790.05813.61870647690.7499.1

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
d*TREK9.9.7Lデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0102精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
CrystalClearデータ収集
d*TREKデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.2→23.12 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.93 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.439 / ESU R Free: 0.263 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26 4627 10.1 %RANDOM
Rwork0.21 ---
obs0.21 45991 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 51.14 Å2 / Biso mean: 22.686 Å2 / Biso min: 3.69 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.12 Å20 Å20.8 Å2
2---0.69 Å20 Å2
3---1.13 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→23.12 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7347 0 144 394 7885
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0227759
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3392.00510599
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.70251023
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.22625.298285
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.631151284
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.9241531
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0830.21306
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0215707
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4771.54958
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.87328058
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.34632801
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.1884.52522
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1A893MEDIUM POSITIONAL0.170.5
2B893MEDIUM POSITIONAL0.210.5
3C893MEDIUM POSITIONAL0.230.5
4D893MEDIUM POSITIONAL0.20.5
1A746LOOSE POSITIONAL0.495
2B746LOOSE POSITIONAL0.545
3C746LOOSE POSITIONAL0.585
4D746LOOSE POSITIONAL0.525
1A893MEDIUM THERMAL0.522
2B893MEDIUM THERMAL0.582
3C893MEDIUM THERMAL0.632
4D893MEDIUM THERMAL0.562
1A746LOOSE THERMAL0.7110
2B746LOOSE THERMAL0.7210
3C746LOOSE THERMAL0.7310
4D746LOOSE THERMAL0.7210
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.355 310 -
Rwork0.298 3000 -
all-3310 -
obs--100 %

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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