[English] 日本語
![](img/lk-miru.gif)
- PDB-3lgs: A. thaliana MTA nucleosidase in complex with S-adenosylhomocysteine -
+
Open data
-
Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3lgs | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | A. thaliana MTA nucleosidase in complex with S-adenosylhomocysteine | ||||||
![]() | 5'-methylthioadenosine nucleosidases | ||||||
![]() | HYDROLASE | ||||||
Function / homology | ![]() methylthioadenosine nucleosidase / phloem or xylem histogenesis / : / methylthioadenosine nucleosidase activity / nucleoside metabolic process / L-methionine salvage from methylthioadenosine / plasma membrane / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Siu, K.K.W. / Howell, P.L. | ||||||
![]() | ![]() Title: Mechanism of substrate specificity in 5'-methylthioadenosine/S-adenosylhomocysteine nucleosidases. Authors: Siu, K.K. / Asmus, K. / Zhang, A.N. / Horvatin, C. / Li, S. / Liu, T. / Moffatt, B. / Woods, V.L. / Howell, P.L. #1: ![]() Title: Molecular determinants of substrate specificity in plant 5'-methylthioadenosine nucleosidases. Authors: Siu, K.K. / Lee, J.E. / Sufrin, J.R. / Moffatt, B.A. / McMillan, M. / Cornell, K.A. / Isom, C. / Howell, P.L. | ||||||
History |
|
-
Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
---|
-
Downloads & links
-
Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 206.3 KB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB format | ![]() | 164.4 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 1.5 MB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
Full document | ![]() | 1.5 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 42.4 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 58.4 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | |
---|---|
Similar structure data |
-
Links
-
Assembly
Deposited unit | ![]()
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 | ![]()
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
2 | ![]()
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Unit cell |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Ens-ID: 1 / Refine code: 5
|
-
Components
#1: Protein | Mass: 28475.695 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() References: UniProt: Q9T0I8, methylthioadenosine nucleosidase #2: Chemical | ChemComp-SAH / #3: Chemical | ChemComp-ADE / #4: Chemical | ChemComp-EDO / #5: Water | ChemComp-HOH / | |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
---|
-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.09 Å3/Da / Density % sol: 41.09 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion / pH: 7.5 Details: 0.2 M NH4Cl, 18 % (w/v) PEG 3350, 15 % (v/v) Ethylene glycol, pH 7.5, vapor diffusion, temperature 298K |
-Data collection
Diffraction source | Source: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Detector | Type: RIGAKU RAXIS IV / Detector: IMAGE PLATE / Details: MIRRORS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: CONFOCAL MULTILAYER / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1.542 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.2→23.12 Å / Num. obs: 46037 / % possible obs: 97.2 % / Redundancy: 3.78 % / Rmerge(I) obs: 0.084 / Χ2: 0.9 / Net I/σ(I): 7.4 / Scaling rejects: 9154 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
|
-Phasing
Phasing | Method: ![]() |
---|
-
Processing
Software |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: ![]()
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 51.14 Å2 / Biso mean: 22.686 Å2 / Biso min: 3.69 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.2→23.12 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints NCS | Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell | Resolution: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20
|