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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3lgd | ||||||
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タイトル | Crystal structure of human adenosine deaminase growth factor, adenosine deaminase type 2 (ADA2) | ||||||
![]() | Adenosine deaminase CECR1 | ||||||
![]() | HYDROLASE / TIM barrel / dimerization and receptor binding domains / Glycoprotein / Growth Factor / Secreted | ||||||
機能・相同性 | ![]() adenosine receptor binding / 2'-deoxyadenosine deaminase activity / inosine biosynthetic process / adenosine deaminase / adenosine catabolic process / adenosine deaminase activity / Surfactant metabolism / proteoglycan binding / growth factor activity / azurophil granule lumen ...adenosine receptor binding / 2'-deoxyadenosine deaminase activity / inosine biosynthetic process / adenosine deaminase / adenosine catabolic process / adenosine deaminase activity / Surfactant metabolism / proteoglycan binding / growth factor activity / azurophil granule lumen / heparin binding / Neutrophil degranulation / protein homodimerization activity / extracellular space / zinc ion binding / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Zavialov, A.V. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural basis for the growth factor activity of human adenosine deaminase ADA2. 著者: Zavialov, A.V. / Yu, X. / Spillmann, D. / Lauvau, G. / Zavialov, A.V. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 219.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 176.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 478.9 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 491.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 44.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 67 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 / 糖 , 2種, 8分子 AB![](data/chem/img/NAG.gif)
![](data/chem/img/NAG.gif)
#1: タンパク質 | 分子量: 59049.293 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: 糖 | ChemComp-NAG / |
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-非ポリマー , 4種, 795分子 ![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/UNX.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/UNX.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 化合物 | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.31 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.04 詳細: 40% MPD, 5% PEG 8000, 0.1M cacodylate, pH 6.04, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2007年6月7日 |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→73 Å / Num. obs: 101215 / % possible obs: 97.4 % / 冗長度: 2.1 % / Biso Wilson estimate: 22.389 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Rsym value: 0.1 / Net I/σ(I): 8.8 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→2 Å / 冗長度: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 0.43 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique all: 31991 / Rsym value: 0.431 / % possible all: 96.9 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 27.935 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→39.68 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
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