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- PDB-3lf4: Crystal Structure of Fluorescent Timer Precursor Blue102 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3lf4
タイトルCrystal Structure of Fluorescent Timer Precursor Blue102
要素(Fluorescent Timer Precursor Blue102) x 2
キーワードFLUORESCENT PROTEIN / Fluorescent Timers / Blue-to-red conversion / Chromophore degradation
機能・相同性
機能・相同性情報


bioluminescence / generation of precursor metabolites and energy
類似検索 - 分子機能
Pantoate--beta-alanine Ligase; Chain: A,domain 2 - #40 / Pantoate--beta-alanine Ligase; Chain: A,domain 2 / Green Fluorescent Protein / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein, GFP / Green fluorescent protein-related / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein / Beta Barrel / 2-Layer Sandwich ...Pantoate--beta-alanine Ligase; Chain: A,domain 2 - #40 / Pantoate--beta-alanine Ligase; Chain: A,domain 2 / Green Fluorescent Protein / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein, GFP / Green fluorescent protein-related / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein / Beta Barrel / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PAmCherry1 protein
類似検索 - 構成要素
生物種Discosoma sp. (イソギンチャク)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.808 Å
データ登録者Pletnev, S. / Dauter, Z.
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2010
タイトル: Understanding blue-to-red conversion in monomeric fluorescent timers and hydrolytic degradation of their chromophores
著者: Pletnev, S. / Subach, F.V. / Dauter, Z. / Wlodawer, A. / Verkhusha, V.V.
履歴
登録2010年1月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年3月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_validate_torsion / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fluorescent Timer Precursor Blue102
B: Fluorescent Timer Precursor Blue102


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,3382
ポリマ－26,3382
非ポリマー00
水5,008278
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4560 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area10280 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)107.368, 42.344, 84.964
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 127.06, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-273-

HOH

21A-283-

HOH

31A-287-

HOH

41B-390-

HOH

51B-438-

HOH

61B-440-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Fluorescent Timer Precursor Blue102


分子量: 7433.428 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Discosoma sp. (イソギンチャク)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): LMG194 / 参照: UniProt: D1MPT3*PLUS
#2: タンパク質 Fluorescent Timer Precursor Blue102


分子量: 18904.221 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Discosoma sp. (イソギンチャク)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): LMG194 / 参照: UniProt: D1MPT3*PLUS
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 278 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細IN THIS FLUORESCENT PROTEIN THE CHROMOPHORE MOIETY FORMED FROM RESIDUES LEU66-TYR67-GLY68, (0YG66), ...IN THIS FLUORESCENT PROTEIN THE CHROMOPHORE MOIETY FORMED FROM RESIDUES LEU66-TYR67-GLY68, (0YG66), UNDERGOES HYDROLYTIC DEGRADATION THAT RESULT IN PEPTIDE BOND CLEAVAGE OF THE PROTEIN BETWEEN RESIDUES 66 AND 67 AND ALSO DECARBOXYLATION OF LEU66.HERE, LEU66 IS CLEAVED OUT FROM THE CHROMOPHORE, DECARBOXYLATED BUT REMAINS ATTACHED TO PHE65. DEGRADED CHROMOPHORE MOIETY IS COMPOSED OF RESIDUES TYR67-GLY68 ONLY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.89 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: 0.1M Citric Acid, 1.0M LiCl, 20% w/v PEG 6000, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.81→30 Å / Num. obs: 27667 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.063 / Χ2: 1.011 / Net I/σ(I): 10.7
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
1.81-1.873.20.41824000.8585.8
1.87-1.953.80.27926730.85996.2
1.95-2.0440.19927840.95199.5
2.04-2.154.10.152802199.9
2.15-2.284.20.12127931.016100
2.28-2.464.20.09928161.069100
2.46-2.74.20.08828081.079100
2.7-3.094.20.0628421.083100
3.09-3.94.20.05328331.073100
3.9-3040.03729161.0399.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
SERGUIデータ収集
HKL-2000データ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.808→29.896 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.19 / FOM work R set: 0.797 / SU ML: 0.31 / σ(F): 1.34 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.257 1117 4.04 %
Rwork0.213 --
obs0.215 27658 98.11 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 64.814 Å2 / ksol: 0.378 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 83.55 Å2 / Biso mean: 28.475 Å2 / Biso min: 8.35 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.815 Å20 Å2-0.538 Å2
2--9.617 Å2-0 Å2
3----6.802 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.808→29.896 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1890 0 0 278 2168
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0131946
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.5712633
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.114259
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006352
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.164744
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 8

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.808-1.890.31200.2762927304787
1.89-1.990.3131400.2383294343498
1.99-2.1150.2761520.22233293481100
2.115-2.2780.2681260.22233603486100
2.278-2.5070.2851430.22133923535100
2.507-2.8690.241460.21233733519100
2.869-3.6140.2281490.19333913540100
3.614-29.90.241410.234753616100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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