[日本語] English
万見
- PDB-3lev: HIV-1 antibody 2F5 in complex with epitope scaffold ES2 -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3lev
タイトルHIV-1 antibody 2F5 in complex with epitope scaffold ES2
要素
  • (2F5 ANTIBODY ...) x 2
  • RNA polymerase sigma factor
キーワードIMMUNE SYSTEM / HIV-1 / GP41 / MONOCLONAL ANTIBODY / 2F5 / SCAFFOLD / EPITOPE / TRANSPLANT / GRAFT / SIGMA FACTOR / RE-ELICITATION / VACCINE DESIGN
機能・相同性
機能・相同性情報


sigma factor activity / DNA-templated transcription initiation / DNA binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) - #1810 / RNA polymerase sigma factor RpoD, C-terminal / RNA polymerase sigma factor RpoD / : / RNA polymerase sigma-70 region 1.2 / Sigma-70 factor, region 1.2 / RNA polymerase sigma-70 region 3 / Sigma-70 region 3 / Sigma-70 factors family signature 2. / RNA polymerase sigma-70 ...Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) - #1810 / RNA polymerase sigma factor RpoD, C-terminal / RNA polymerase sigma factor RpoD / : / RNA polymerase sigma-70 region 1.2 / Sigma-70 factor, region 1.2 / RNA polymerase sigma-70 region 3 / Sigma-70 region 3 / Sigma-70 factors family signature 2. / RNA polymerase sigma-70 / RNA polymerase sigma-70 region 4 / Sigma-70, region 4 / RNA polymerase sigma-70 region 2 / RNA polymerase sigma-70 like domain / Sigma-70 region 2 / RNA polymerase sigma factor, region 2 / RNA polymerase sigma factor, region 3/4-like / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Immunoglobulins / Up-down Bundle / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / RNA polymerase sigma factor SigA
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus aquaticus (バクテリア)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Ofek, G. / Guenaga, F.J. / Schief, W.R. / Skinner, J. / Baker, D. / Wyatt, R. / Kwong, P.D.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2010
タイトル: Elicitation of structure-specific antibodies by epitope scaffolds.
著者: Ofek, G. / Guenaga, F.J. / Schief, W.R. / Skinner, J. / Baker, D. / Wyatt, R. / Kwong, P.D.
履歴
登録2010年1月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年9月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22021年3月31日Group: Derived calculations / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / struct_site
Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain ..._entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32021年10月13日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42023年9月6日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.52024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: RNA polymerase sigma factor
L: 2F5 ANTIBODY LIGHT CHAIN
H: 2F5 ANTIBODY HEAVY CHAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,5826
ポリマ－68,7453
非ポリマー8383
水1,74797
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: RNA polymerase sigma factor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,2091
ポリマ－20,2091
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
L: 2F5 ANTIBODY LIGHT CHAIN
H: 2F5 ANTIBODY HEAVY CHAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,3735
ポリマ－48,5362
非ポリマー8383
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3890 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area20270 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.506, 63.933, 200.019
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 RNA polymerase sigma factor


分子量: 20209.309 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 93-271 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Thermus aquaticus (バクテリア) / 遺伝子: SIGMA FACTOR SIGA / プラスミド: CMV-R / 細胞株 (発現宿主): HEK293F / 発現宿主: HOMO SAPIENS (ヒト) / 参照: UniProt: Q9EZJ8

-
抗体 , 2種, 2分子 LH

#2: 抗体 2F5 ANTIBODY LIGHT CHAIN


分子量: 23305.809 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
解説: HETEROMYELOMA CELL LINE FUSED WITH PERIPHERAL BLOOD MONONUCLEAR CELLS
細胞株 (発現宿主): CB-F7 / 発現宿主: HOMO SAPIENS (ヒト)
#3: 抗体 2F5 ANTIBODY HEAVY CHAIN


分子量: 25229.744 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
解説: HETEROMYELOMA CELL LINE FUSED WITH PERIPHERAL BLOOD MONONUCLEAR CELLS
細胞株 (発現宿主): CB-F7 / 発現宿主: HOMO SAPIENS (ヒト)

-
非ポリマー , 4種, 100分子

#4: 化合物 ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル


分子量: 238.278 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22O6 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP


分子量: 507.181 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#6: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 97 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.79 %
結晶化pH: 5.5
詳細: 16% PEG 400, 2.8% PEG 3350, 0.1 M CH3COONA PH 5.5, 0.02 M ATP, VAPOR DIFFUSION, TEMPERATURE 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年6月9日
放射モノクロメーター: SI(220) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 23675 / % possible obs: 88.9 % / Observed criterion σ(I): 5 / 冗長度: 8.9 % / Biso Wilson estimate: 69.4 Å2 / Rsym value: 0.09 / Net I/σ(I): 42.9
反射 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / 冗長度: 1.9 % / Mean I/σ(I) obs: 1.17 / Rsym value: 0.47 / % possible all: 33.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASER位相決定
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRIES 1KU2 AND 1TJI

1ku2

1tji


解像度: 2.5→46.15 Å / SU ML: 0.3 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.253 2222 9.9 %
Rwork0.201 --
obs0.206 22446 84 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 94.15 Å2 / ksol: 0.35 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 106.86 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.0943 Å20 Å2-0 Å2
2--2.5165 Å2-0 Å2
3----9.5441 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→46.15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4821 0 53 97 4971
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0075014
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9596811
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.2791835
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.053776
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005858
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.61550.9037-0.6144-0.89770.7732.0618-0.1726-0.56421.9781-0.5040.6727-0.2869-0.50380.1366-0.12390.61070.0942-0.08070.4543-0.49911.50921.9597-21.655810.1007
22.5132-0.42641.08891.05660.06881.21040.1969-0.55341.5225-0.3279-0.0905-0.2641-1.5696-0.08170.44311.1732-0.2968-0.19020.6549-0.40771.78798.9658-12.928218.8628
31.84811.18-0.40390.8819-0.66090.31490.5995-0.05212.46420.149-0.11970.67370.34150.176-0.23490.8535-0.01130.10770.6437-0.52161.9813-4.7255-23.36386.5074
40.9375-0.02910.1416-1.2182-0.13850.03430.095-0.5130.62730.25930.0490.8028-0.044-0.0733-0.2110.93150.04270.32980.6752-0.11891.617-11.9163-27.857812.1719
51.68380.47650.63551.1373-0.89972.9559-0.20080.47770.23140.02950.0967-0.1801-0.23970.74240.09420.3485-0.1275-0.0480.57320.02830.469916.0368-39.1503-15.813
62.1336-0.1379-1.99194.19540.07910.9550.04450.2498-0.0614-0.88660.2089-0.4738-0.118-0.1452-0.19050.7515-0.08050.14750.6579-0.00350.54629.6012-45.1336-51.6364
71.4008-0.395-0.82910.53790.3592.4914-0.0644-0.03220.05980.0983-0.01950.02420.0956-0.05930.05850.30240.03890.00430.25470.0370.2974-4.2902-45.9963-14.7003
80.92570.45460.6531.77031.04392.1302-0.1338-0.1855-0.18260.10520.1524-0.22630.4965-0.566-0.03580.63650.08350.04570.42750.0460.39994.9096-57.612-43.2639
92.01311.4431-1.39150.758-0.41921.9590.78820.27380.48190.0316-0.2048-0.2167-0.761-0.7126-0.35671.127-0.11580.16571.22970.22850.9329-12.1476-20.5957-11.1649
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain A and resid 93:158
2X-RAY DIFFRACTION2chain A and resid 159:186
3X-RAY DIFFRACTION3chain A and resid 187:225
4X-RAY DIFFRACTION4chain A and resid 226:271
5X-RAY DIFFRACTION5chain L and resid 1:111
6X-RAY DIFFRACTION6chain L and resid 112:214
7X-RAY DIFFRACTION7chain H and resid 1:128
8X-RAY DIFFRACTION8chain H and resid 129:237
9X-RAY DIFFRACTION9chain N

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る