PDB-3leq: The Crystal Structure of the Roadblock/LC7 domain from Streptomyc...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3leq

タイトル

The Crystal Structure of the Roadblock/LC7 domain from Streptomyces avermitillis to 1.85A

要素

uncharacterized protein cvnB5

キーワード

structure genomics / unknown function / PSI / MCSG / Structural Genomics / Midwest Center for Structural Genomics / Protein Structure Initiative

機能・相同性

: / Dynein light chain 2a, cytoplasmic / Roadblock/LAMTOR2 domain / Roadblock/LC7 domain / Roadblock/LC7 domain / Beta-Lactamase / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta / Roadblock/LAMTOR2 domain-containing protein

機能・相同性情報

生物種

Streptomyces avermitilis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 1.85 Å

データ登録者

Stein, A.J. / Xu, X. / Cui, H. / Ng, J. / Edwards, A. / Savchenko, A. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: The Crystal Structure of the Roadblock/LC7 domain from Streptomyces avermitillis to 1.85A
著者: Stein, A.J. / Xu, X. / Cui, H. / Ng, J. / Edwards, A. / Savchenko, A. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2010年1月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年2月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2012年2月22日	Group: Structure summary
改定 1.3	2017年11月1日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.4	2024年10月30日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3leq.cif.gz	34.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3leq.ent.gz	23 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3leq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/le/3leq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/le/3leq	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3hoh-2 5hoh-3 2hoh-1 1f8h-d 4hoh-3 2ctn-d 4hoh-2 1i0x-1 1ff1-d 4a0e-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: APC65473.1

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: uncharacterized protein cvnB5

13.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

2

A: uncharacterized protein cvnB5

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
27.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	89.466, 29.824, 40.752
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 104.89, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	uncharacterized protein cvnB5 / Roadblock/LC7 domain 分子量: 13557.857 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptomyces avermitilis (バクテリア) 株: MA-4680 / 遺伝子: cvnB5, SAV2189, SAV_2189 / プラスミド: pET derivative / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q82L23
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 37 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y
配列の詳細	THIS WAS A IN SITU PROTEOLYSIS CRYSTAL STRUCTURE

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.94 Å³/Da / 溶媒含有率: 36.52 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8.5 詳細: 2M Ammonium phosphate, 0.1M Tris pH 8.5, vapor diffusion, temperature 289K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9794 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年10月17日

放射

モノクロメーター: Double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9794 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.85→50 Å / Num. obs: 8867 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 3.6 % / R_merge(I) obs: 0.083 / Net I/σ(I): 16

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Diffraction-ID	% possible all
1.85-1.92	3.7	0.561	1	99
1.92-1.99	3.6	0.394	1	98.6
1.99-2.08	3.6	0.249	1	99.9
2.08-2.19	3.6	0.172	1	98.9
2.19-2.33	3.6	0.123	1	99.4
2.33-2.51	3.6	0.113	1	99.6
2.51-2.76	3.6	0.102	1	99.7
2.76-3.16	3.6	0.082	1	99.9
3.16-3.99	3.4	0.062	1	99.4
3.99-50	3.3	0.063	1	91.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
REFMAC	refmac_5.5.0102	精密化
PDB_EXTRACT	3.004	データ抽出
SBC-Collect		データ収集
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
HKL-3000		位相決定
SHELX		位相決定
MLPHARE		位相決定
直接法		位相決定
ARP/wARP		モデル構築
Coot		モデル構築

精密化

解像度: 1.85→43.23 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.941 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.941 / SU B: 7.664 / SU ML: 0.103 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.156 / ESU R Free: 0.135 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. this was a in situ proteolysis crystal structure so there is higher than usual degree of disorder.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23588	416	4.7 %	RANDOM
R_work	0.21592	-	-	-
obs	0.21693	8446	98.16 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 10.915 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.2 Å²	0 Å²	-1.44 Å²
2-	-	-0.24 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.3 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.85→43.23 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	722	0	0	37	759

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.022	744
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.238	1.993	1015
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.703	5	106
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	26.571	23.636	22
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.141	15	123
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.198	15	4
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.082	0.2	135
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	525
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.526	1.5	508
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.901	2	803
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.884	3	236
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.646	4.5	209
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.854→1.902 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.342	26	-
R_work	0.235	574	-
obs	-	-	93.6 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	23.4351	1.9727	-1.4875	19.3842	-12.423	30.5076	0.6009	1.1023	0.5116	-0.4387	-0.2142	0.3842	-0.1854	-1.1861	-0.3867	0.2145	0.0339	-0.0152	0.2976	-0.0385	0.1886	29.9031	21.6866	-5.6108
2	10.882	4.8145	3.0628	14.9256	-4.7345	7.7622	-0.2188	0.022	-0.2572	-0.4798	0.1343	-0.3201	0.4681	-0.5882	0.0845	0.1644	-0.0269	-0.0526	0.14	-0.0451	0.2016	29.4771	17.6544	0.8864
3	9.2301	0.2525	-4.5263	12.0695	-1.4926	7.6471	0.2578	-0.0122	-0.2511	0.0484	-0.4276	0.8868	0.5443	-0.8455	0.1698	0.1332	-0.1161	-0.034	0.3344	-0.0399	0.2377	25.2301	15.6897	7.6268
4	15.8973	2.9391	-2.7978	13.2981	0.3594	11.0691	0.1193	0.1039	0.7056	-0.3696	-0.0075	-0.6633	-0.6704	0.2796	-0.1117	0.1984	0.0127	0.0125	0.0872	0.0077	0.1527	37.6038	27.518	4.3064
5	28.9483	13.7521	2.4244	14.4734	1.029	7.6029	-0.335	1.1251	0.8251	-1.0515	0.3918	0.178	-0.5212	-0.2396	-0.0568	0.2631	0.0444	-0.0311	0.1236	0.0116	0.1484	33.3967	28.5436	1.2575
6	2.6357	-4.1656	-2.51	20.8685	0.684	10.3871	-0.4008	0.7079	0.2844	-0.3504	-0.2383	1.0839	-2.2983	-3.1866	0.6391	0.5975	0.4037	-0.5663	0.6701	-0.175	0.777	25.3335	29.9475	4.4777
7	21.9773	1.6987	15.0221	9.3884	-1.7333	20.3295	-0.0625	0.0526	0.6436	0.1823	0.187	0.4425	-1.2352	0.2291	-0.1245	0.2339	0.0208	0.0045	0.0516	-0.0032	0.1786	33.6033	32.1137	11.4692
8	3.7226	-12.1933	-2.9836	14.7932	2.2353	-4.4164	0.3914	0.5533	0.1372	-0.6755	-0.8572	-0.806	-0.0952	0.2741	0.4659	0.3231	-0.2022	0.0785	0.641	0.0767	0.6769	43.6664	28.4646	15.279
9	86.0892	8.3119	-46.562	8.0237	-5.2248	49.5746	-0.1629	-1.5799	0.3807	0.1314	-0.391	0.4746	0.5898	0.0418	0.5539	0.1347	-0.061	-0.0323	0.3758	-0.0249	0.0834	35.9939	20.5714	19.1076
10	32.3491	7.2315	-14.1934	13.1238	-4.1657	24.518	0.3658	-1.2588	0.5623	0.9878	-0.417	1.0522	0.5428	-0.8994	0.0511	0.1322	-0.0615	0.0583	0.2392	-0.0565	0.1571	30.8203	20.4085	17.9418
11	8.9213	2.2523	-13.2286	1.9515	-5.3044	18.4146	-0.1109	-0.7537	0.2899	-0.4082	0.0352	-0.2457	0.3883	0.909	0.0757	0.149	-0.052	0.0865	0.2104	-0.0027	0.2433	43.14	21.847	5.7247
12	19.598	2.1806	-12.1117	6.1563	-0.4541	16.4645	-0.065	-0.5255	-0.0452	-0.0823	-0.1289	0.2077	0.0382	0.0628	0.1939	0.058	0.0113	-0.009	0.0805	-0.013	0.0976	33.0836	21.2877	10.379
13	14.6222	-18.3279	-22.449	28.1098	18.0638	33.7681	-1.1548	-0.8267	-0.6849	1.5878	0.8765	1.1752	1.1936	0.1771	0.2783	0.3428	-0.0471	0.0904	0.504	0.1188	0.2366	29.7887	11.6376	16.8274
14	3.5483	-5.0071	-4.3555	14.1178	1.0572	17.1182	-0.0575	-0.1639	0.2365	0.1824	0.1558	-0.1469	0.0869	-0.0232	-0.0983	0.1375	-0.0106	0.0249	0.1018	-0.0007	0.1619	35.2142	11.1669	8.7041
15	19.8002	9.5151	-5.8822	24.9808	-1.3152	33.527	-0.2627	0.1413	-0.0813	-1.8095	0.0644	-1.2253	0.0592	0.5464	0.1983	0.2249	-0.0002	0.1027	0.1202	-0.0422	0.2238	38.2828	13.31	1.1439

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	9 - 14
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	15 - 19
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	20 - 28
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	29 - 35
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	36 - 42
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	43 - 50
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	51 - 59
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	60 - 77
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	78 - 83
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	84 - 89
11	X-RAY DIFFRACTION	11	A	90 - 97
12	X-RAY DIFFRACTION	12	A	98 - 104
13	X-RAY DIFFRACTION	13	A	105 - 111
14	X-RAY DIFFRACTION	14	A	112 - 117
15	X-RAY DIFFRACTION	15	A	118 - 123

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)