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- PDB-3leq: The Crystal Structure of the Roadblock/LC7 domain from Streptomyc... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3leq | ||||||
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Title | The Crystal Structure of the Roadblock/LC7 domain from Streptomyces avermitillis to 1.85A | ||||||
![]() | uncharacterized protein cvnB5 | ||||||
![]() | structure genomics / unknown function / PSI / MCSG / Structural Genomics / Midwest Center for Structural Genomics / Protein Structure Initiative | ||||||
Function / homology | Dynein light chain 2a, cytoplasmic / Roadblock/LAMTOR2 domain / Roadblock/LC7 domain / Roadblock/LC7 domain / Beta-Lactamase / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta / Robl_LC7 domain-containing protein![]() | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Stein, A.J. / Xu, X. / Cui, H. / Ng, J. / Edwards, A. / Savchenko, A. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | ||||||
![]() | ![]() Title: The Crystal Structure of the Roadblock/LC7 domain from Streptomyces avermitillis to 1.85A Authors: Stein, A.J. / Xu, X. / Cui, H. / Ng, J. / Edwards, A. / Savchenko, A. / Joachimiak, A. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 30.4 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 23.5 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 403.5 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 403.5 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 3.8 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 5.2 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Similar structure data | |
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Other databases |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 13557.857 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() |
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#2: Water | ChemComp-HOH / |
Sequence details | THIS WAS A IN SITU PROTEOLYSI |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 1.94 Å3/Da / Density % sol: 36.52 % |
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Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion / pH: 8.5 Details: 2M Ammonium phosphate, 0.1M Tris pH 8.5, vapor diffusion, temperature 289K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Oct 17, 2009 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Double crystal / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9794 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.85→50 Å / Num. obs: 8867 / % possible obs: 98.5 % / Redundancy: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.083 / Net I/σ(I): 16 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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Processing
Software |
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Refinement | Resolution: 1.85→43.23 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.941 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.941 / SU B: 7.664 / SU ML: 0.103 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R: 0.156 / ESU R Free: 0.135 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. this was a in situ proteolysis crystal structure so there is higher than usual degree of disorder.
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 10.915 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.85→43.23 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.854→1.902 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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