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- PDB-3ldy: An extraordinary mechanism of DNA perturbation exhibited by the r... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ldy
タイトルAn extraordinary mechanism of DNA perturbation exhibited by the rare-cutting HNH restriction endonuclease PacI
要素
  • DNA (5'-D(*GP*AP*GP*GP*CP*TP*TP*A)-3')
  • DNA (5'-D(P*AP*TP*TP*AP*AP*GP*CP*CP*TP*C)-3')
  • restriction endonuclease PacI
キーワードHYDROLASE/DNA / beta-beta-alpha-metal / HNH motif / Zinc clusters / A-A / and T-T base-pairs / HYDROLASE-DNA complex
機能・相同性Herpes Virus-1 - #220 / Herpes Virus-1 / 2-Layer Sandwich / metal ion binding / Alpha Beta / DNA / Restriction endonuclease PacI
機能・相同性情報
生物種Pseudomonas alcaligenes (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 1.97 Å
データ登録者Shen, B.W. / Heiter, D. / Chan, S.-H. / Xu, S.-Y. / Wilson, G. / Stoddard, B.L.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2010
タイトル: Unusual target site disruption by the rare-cutting HNH restriction endonuclease PacI.
著者: Shen, B.W. / Heiter, D.F. / Chan, S.H. / Wang, H. / Xu, S.Y. / Morgan, R.D. / Wilson, G.G. / Stoddard, B.L.
履歴
登録2010年1月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年4月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月20日Group: Database references
改定 1.32013年7月17日Group: Refinement description
改定 1.42024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.db_align_end / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: restriction endonuclease PacI
B: DNA (5'-D(*GP*AP*GP*GP*CP*TP*TP*A)-3')
C: DNA (5'-D(P*AP*TP*TP*AP*AP*GP*CP*CP*TP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,4266
ポリマ－21,2553
非ポリマー1713
水1,60389
1
A: restriction endonuclease PacI
B: DNA (5'-D(*GP*AP*GP*GP*CP*TP*TP*A)-3')
C: DNA (5'-D(P*AP*TP*TP*AP*AP*GP*CP*CP*TP*C)-3')
ヘテロ分子

A: restriction endonuclease PacI
B: DNA (5'-D(*GP*AP*GP*GP*CP*TP*TP*A)-3')
C: DNA (5'-D(P*AP*TP*TP*AP*AP*GP*CP*CP*TP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,85312
ポリマ－42,5116
非ポリマー3426
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_655-x+1,y,-z+1/21
2


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4050 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area9000 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)36.908, 115.788, 114.689
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
詳細The second part of the biological assembly is generated by the operation -X+1, Y, -Z+1/2

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 restriction endonuclease PacI


分子量: 15784.817 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas alcaligenes (バクテリア)
遺伝子: pacIR / プラスミド: pVS1 / 発現宿主: Pseudomonas alcaligenes (バクテリア) / 参照: UniProt: D5MNX7*PLUS

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DNA鎖 , 2種, 2分子 BC

#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*AP*GP*GP*CP*TP*TP*A)-3')


分子量: 2466.641 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(P*AP*TP*TP*AP*AP*GP*CP*CP*TP*C)-3')


分子量: 3003.993 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成

-
非ポリマー , 3種, 92分子

#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 89 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.33 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 20-24% PEG 3000, 2-5% ethylene glycol, 0.1M sodium citrate., pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
31001
放射光源
由来サイトビームラインタイプID波長 (Å)
シンクロトロンALS 5.0.110.9774
回転陽極RIGAKU MICROMAX-007 HF21.5418
シンクロトロンALS 5.0.231.0719
検出器
タイプID検出器日付詳細
ADSC QUANTUM 2101CCD2009年10月31日mirrors
RIGAKU SATURN 9442CCD2009年1月1日
ADSC QUANTUM 3153CCD2009年1月1日mirrors
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Single crystal, cylindrically bent, Si(220)SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2mirrorsSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
3Double-crystal, Si(111)SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97741
21.54181
31.07191
反射解像度: 1.83→50 Å / Num. obs: 19597 / % possible obs: 87.9 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 9.8 % / Biso Wilson estimate: 26.25 Å2 / Rsym value: 0.066 / Net I/σ(I): 26
反射 シェル解像度: 1.83→1.9 Å / 冗長度: 2.7 % / Mean I/σ(I) obs: 2.26 / Num. unique all: 2194 / Rsym value: 0.25 / % possible all: 39.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
SOLVE位相決定
REFMAC5.5.0104精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 1.97→28.95 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.955 / SU B: 10.79 / SU ML: 0.129 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(I): 3 / ESU R: 0.32 / ESU R Free: 0.137 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21725 888 5.1 %RANDOM
Rwork0.1843 ---
all0.186 19083 --
obs0.186 16445 96.99 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 41.047 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.04 Å2-0 Å20 Å2
2--3.35 Å20 Å2
3----3.39 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.97→28.95 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1102 366 3 89 1560
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0211564
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5422.222191
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3385149
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.36523.33357
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.33315186
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.948158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0980.2230
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.021100
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1631.5715
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.13921137
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.993849
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.4934.51051
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.67431564
LS精密化 シェル解像度: 1.97→2.021 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.361 51 -
Rwork0.227 953 -
obs--77.59 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.3793-0.221-0.20890.35780.07572.17760.0085-0.12850.01610.03790.037-0.0040.00620.0481-0.04560.01270.0023-0.00310.0979-0.00330.014119.739233.366244.709
23.97291.73113.40412.9019-0.54962.4297-0.2111-0.75890.49240.4353-0.08970.245-0.651-0.57390.30080.27220.03860.03720.185-0.10640.061120.634350.285244.7205
31.4926-0.5942-0.0881-0.0211-0.84792.9266-0.0155-0.39040.24530.09260.0444-0.0532-0.57630.0277-0.02880.13010.00220.00860.0893-0.06920.076422.200947.547843.0979
41.207-2.8272-9.9288-4.7123-8.54143.9678-0.18010.1769-0.5469-0.39580.19110.2422-0.91030.874-0.01090.03060.0094-0.09790.0943-0.0630.119718.952733.190244.6322
50.9432-0.25430.2680.6764-0.90121.6394-0.0194-0.16970.02340.04520.01660.0474-0.0516-0.14170.00280.0521-0.00290.01010.0636-0.02320.043617.801134.23241.1581
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 142
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 8
3X-RAY DIFFRACTION3C9 - 18
4X-RAY DIFFRACTION4A143 - 145
5X-RAY DIFFRACTION5A146 - 233

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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