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- PDB-3lds: Crystal structure of RB69 gp43 with DNA and dATP opposite 8-oxoG -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3lds
タイトルCrystal structure of RB69 gp43 with DNA and dATP opposite 8-oxoG
要素
  • DNA (5'-D(*CP*AP*(8OG)P*CP*TP*TP*AP*TP*GP*AP*CP*AP*GP*CP*CP*GP*CP*G)-3')
  • DNA (5'-D(*GP*CP*GP*GP*CP*TP*GP*TP*CP*AP*TP*AP*AP*(DDG))-3')
  • DNA-directed DNA polymerase
キーワードtransferase/DNA / Protein-DNA complex / mismatch / transferase-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


bidirectional double-stranded viral DNA replication / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ / 3'-5' exonuclease activity / DNA-templated DNA replication / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / nucleotide binding / DNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
DnaQ-like 3'-5' exonuclease / Monooxygenase - #300 / Ribonuclease H-like motif / DNA-directed DNA polymerase T4 type / DNA Polymerase; Chain A, domain 1 / DNA Polymerase, chain B, domain 1 / B family DNA polymerase, finger domain / Palm domain of DNA polymerase / B family DNA polymerase, palm domain / : ...DnaQ-like 3'-5' exonuclease / Monooxygenase - #300 / Ribonuclease H-like motif / DNA-directed DNA polymerase T4 type / DNA Polymerase; Chain A, domain 1 / DNA Polymerase, chain B, domain 1 / B family DNA polymerase, finger domain / Palm domain of DNA polymerase / B family DNA polymerase, palm domain / : / Monooxygenase / DNA polymerase family B signature. / DNA-directed DNA polymerase, family B, multifunctional domain / DNA-directed DNA polymerase, family B, conserved site / DNA polymerase family B / DNA polymerase family B, exonuclease domain / DNA-directed DNA polymerase, family B, exonuclease domain / DNA polymerase, palm domain superfamily / DNA polymerase type-B family / DNA-directed DNA polymerase, family B / Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H / Nucleotidyltransferase; domain 5 / Helix Hairpins / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / DNA/RNA polymerase superfamily / Alpha-Beta Complex / Up-down Bundle / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE / : / DNA / DNA (> 10) / DNA-directed DNA polymerase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia phage RB69 (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Hogg, M. / Midkiff, J. / Rudnicki, J. / Reha-Krantz, L. / Doublie, S. / Wallace, S.S.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2010
タイトル: Kinetics of mismatch formation opposite lesions by the replicative DNA polymerase from bacteriophage RB69.
著者: Hogg, M. / Rudnicki, J. / Midkiff, J. / Reha-Krantz, L. / Doublie, S. / Wallace, S.S.
履歴
登録2010年1月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年6月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22018年1月24日Group: Advisory / Structure summary
カテゴリ: audit_author / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues
Item: _audit_author.name
改定 1.32021年10月13日Group: Advisory / Database references ...Advisory / Database references / Derived calculations / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: database_2 / entity ...database_2 / entity / entity_src_gen / pdbx_entity_src_syn / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / struct_conn / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_ec / _entity_src_gen.pdbx_beg_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_end_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_seq_type / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年9月6日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA-directed DNA polymerase
P: DNA (5'-D(*GP*CP*GP*GP*CP*TP*GP*TP*CP*AP*TP*AP*AP*(DDG))-3')
T: DNA (5'-D(*CP*AP*(8OG)P*CP*TP*TP*AP*TP*GP*AP*CP*AP*GP*CP*CP*GP*CP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)115,2849
ポリマ－114,4353
非ポリマー8486
水19811
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7660 Å2
ΔGint-50 kcal/mol
Surface area44470 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)81.011, 121.002, 128.668
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 DNA-directed DNA polymerase / Gp43


分子量: 104613.062 Da / 分子数: 1 / 変異: D222A, D327A, L561A, I563S / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: gp43
由来: (組換発現) Escherichia phage RB69 (ファージ)
遺伝子: 43 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q38087, DNA-directed DNA polymerase, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ

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DNA鎖 , 2種, 2分子 PT

#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*CP*GP*GP*CP*TP*GP*TP*CP*AP*TP*AP*AP*(DDG))-3')


分子量: 4304.817 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: primer
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*AP*(8OG)P*CP*TP*TP*AP*TP*GP*AP*CP*AP*GP*CP*CP*GP*CP*G)-3')


分子量: 5517.568 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: template

-
非ポリマー , 4種, 17分子

#4: 化合物 ChemComp-DTP / 2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE / dATP


分子量: 491.182 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O12P3
#5: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#6: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.37 %
結晶化温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 3% PEG 20000, 100mM sodium acetate, 100mM manganese acetate, 100mM Tris-HCl, 1% glycerol, pH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 297K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年8月1日
放射モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射最高解像度: 3 Å / Num. obs: 26810

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.6.0041精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
Blu-Iceデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1IG9

1ig9


解像度: 3→29.82 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.925 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.882 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / SU B: 42.177 / SU ML: 0.464 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.552 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: U VALUES : RESIDUAL ONLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.29496 1147 4.8 %RANDOM
Rwork0.24153 ---
obs0.24407 22682 91.84 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 94.211 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--12.42 Å20 Å20 Å2
2--7.63 Å20 Å2
3---4.78 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→29.82 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7371 652 43 11 8077
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0218305
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.161.91711364
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.4725902
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.26324.16375
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.828151346
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.3661546
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0770.21172
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0216123
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.030.246577
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3→3.077 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.481 52 -
Rwork0.339 1119 -
obs--62.96 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.48911.5283-1.055614.0824-2.86122.50230.3403-0.3204-0.14930.6398-0.5412-2.0181-0.30380.61570.20090.6637-0.123-0.30060.4140.12461.092928.4231.41-31.036
22.7265.1031-0.764110.9-3.7184.5894-0.1386-0.1337-0.4471-0.3071-0.6713-1.3432-0.01930.55930.80980.52350.0448-0.10120.24880.15010.679119.122-5.657-36.708
32.23440.1425-0.10014.2079-1.26734.28130.0151-0.2504-0.07471.0029-0.2875-0.4979-0.1609-0.02160.27240.9517-0.0244-0.37340.0650.02090.48239.033-23.687-13.8
49.41325.5744-1.63366.8816-1.15853.4007-0.79912.12290.7648-1.17320.9178-0.2104-0.375-0.3725-0.11880.8707-0.050.03890.52080.22620.19661.6290.91-56.144
55.90682.8489-0.23535.62740.33382.0013-0.80782.148-0.7913-1.52820.8513-0.33860.3493-0.3511-0.04351.1641-0.24050.11130.8359-0.24460.2112-4.91-15.506-60
62.26741.4531-0.004611.47680.28752.33-0.16970.3972-1.5344-0.499-0.0788-1.54420.86790.14220.24851.03120.15310.17010.1673-0.24831.14289.324-29.443-46.759
77.16171.3946-0.66084.40120.45054.7655-0.0452-0.5303-0.87070.32870.05120.58460.4022-0.5222-0.0060.69090.03060.05030.12650.11850.4805-22.901-21.752-28.911
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 108
2X-RAY DIFFRACTION2A340 - 382
3X-RAY DIFFRACTION3A109 - 339
4X-RAY DIFFRACTION4A383 - 468
5X-RAY DIFFRACTION5A573 - 729
6X-RAY DIFFRACTION6A469 - 572
7X-RAY DIFFRACTION7A730 - 903

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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