PDB-3ldk: Crystal Structure of A. japonicus CB05

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3ldk

タイトル

Crystal Structure of A. japonicus CB05

要素

Fructosyltransferase

キーワード

HYDROLASE / Five-bladed beta-propeller fold

機能・相同性

機能・相同性情報

sucrose alpha-glucosidase activity / sucrose catabolic process / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Aspergillus japonicus (カビ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Chuankhayan, P. / Chen, C.J. / Chaing, C.M. / Hsieh, C.Y. / Chen, C.D. / Hsieh, Y.C.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of Aspergillus japonicus fructosyltransferase complex with donor/acceptor substrates reveal complete sbusites in the active site for catalysis
著者: Chuankhayan, P. / Hsieh, C.Y. / Huang, Y.C. / Hsieh, Y.Y. / Guan, H.H. / Hsieh, Y.C. / Tien, Y.C. / Chen, C.D. / Chaing, C.M. / Chen, C.J.

履歴

登録	2010年1月13日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2010年5月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 2.0	2020年7月29日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / struct_conn / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.type 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.1	2024年3月20日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3ldk.cif.gz	139.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3ldk.ent.gz	107.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3ldk.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3ldk_validation.pdf.gz	877.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3ldk_full_validation.pdf.gz	892.9 KB	表示
XML形式データ	3ldk_validation.xml.gz	28 KB	表示
CIF形式データ	3ldk_validation.cif.gz	39.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ld/3ldk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ld/3ldk	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3ldrC 3lemC 3lf7C 3lfiC 3ligC 3lf8 PDB 未公開エントリ 3lih C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3lem-d 3lf7-d 3ldr-d 4jap-2 3lig-d 3a24-2 1wiw-d 3lih-d 7cm8-1 4tlv-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Fructosyltransferase

ヘテロ分子

69.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

2

A: Fructosyltransferase

ヘテロ分子

A: Fructosyltransferase

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
139 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	99.350, 110.967, 66.129
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

#1: タンパク質

Fructosyltransferase

分子量: 68942.562 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Aspergillus japonicus (カビ) / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q1W3Z7*PLUS

#2: 多糖

beta-D-fructofuranose-(2-1)-alpha-D-glucopyranose / sucrose

タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 栄養素 / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: oligosaccharide with reducing-end-to-reducing-end glycosidic bond
参照: sucrose

記述子	タイプ	プログラム
DFrufb2-1DGlcpa	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[ha122h-2b_2-5][a2122h-1a_1-5]/1-2/a2-b1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Fruf]{[(2+1)][a-D-Glcp]{}}	LINUCS	PDB-CARE

#3: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 228 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

配列の詳細

A SEQUENCE DATABASE REFERENCE FOR THIS PROTEIN DOES NOT CURRENTLY EXIST. THE AUTHOR HAS ALREADY ...

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.64 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.47 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 8% PEG, 0.1M Sodium acetate, 150mM LiCl, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	110	1
2	110	1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	NSRRC	BL13B1	1	1
シンクロトロン	SPring-8	BL12B2	2	1

検出器

タイプ	ID	検出器	日付
ADSC QUANTUM 315	1	CCD	2008年12月30日
ADSC QUANTUM 4r	2	CCD	2008年12月21日

放射

ID	モノクロメーター	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	Si 111 CHANNEL	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
2	Si 111 CHANNEL	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.2→30 Å / Num. all: 36134 / Num. obs: 36134 / % possible obs: 95.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5 % / R_merge(I) obs: 0.053 / R_sym value: 0.053 / Net I/σ(I): 30.3

反射シェル

最高解像度: 2.2 Å / % possible all: 98.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
ADSC	Quantum	データ収集
CNS		精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
CNS		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.2→30 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.264	3336	-	RANDOM
R_work	0.224	-	-	-
all	0.229	37838	-	-
obs	0.229	33506	88.6 %	-

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4883	0	23	228	5134

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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