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- PDB-3lbe: The Crystal Structure of smu.793 from Streptococcus mutans UA159 ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3lbe
タイトルThe Crystal Structure of smu.793 from Streptococcus mutans UA159 bound to acetyl CoA
要素Putative uncharacterized protein smu.793
キーワードUNKNOWN FUNCTION / hypothetical protein
機能・相同性
機能・相同性情報


fatty acyl-CoA hydrolase activity
類似検索 - 分子機能
Acyl-coenzyme A thioesterase 13 / Phenylacetic acid degradation-related domain / Thioesterase domain / Thioesterase superfamily / Hotdog Thioesterase / Thiol Ester Dehydrase; Chain A / HotDog domain superfamily / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
COENZYME A / Thioesterase domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus mutans (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Su, X.-D. / Hou, Q.M. / Fan, X.X. / Nan, J. / Liu, X.
引用ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: The Crystal Structure of smu.793 from Streptococcus mutans UA159 bound to acetyl CoA
著者: Su, X.-D. / Hou, Q.M. / Fan, X.X. / Nan, J. / Liu, X.
履歴
登録2010年1月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02011年1月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative uncharacterized protein smu.793
B: Putative uncharacterized protein smu.793
C: Putative uncharacterized protein smu.793
D: Putative uncharacterized protein smu.793
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,80512
ポリマ－71,5934
非ポリマー3,2128
水6,612367
1
A: Putative uncharacterized protein smu.793
B: Putative uncharacterized protein smu.793
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,4387
ポリマ－35,7962
非ポリマー1,6415
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2360 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area11470 Å2
手法PISA
2
C: Putative uncharacterized protein smu.793
D: Putative uncharacterized protein smu.793
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,3675
ポリマ－35,7962
非ポリマー1,5713
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2360 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area11450 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.536, 68.536, 118.817
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
Putative uncharacterized protein smu.793


分子量: 17898.201 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus mutans (バクテリア)
株: UA159 / 遺伝子: smu.793 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8DUV0
#2: 化合物
ChemComp-COA / COENZYME A / CoA


分子量: 767.534 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H36N7O16P3S
#3: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 367 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.89 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 25% PEG 1000, 0.2M NaCl, 0.1M Na/K phosphate pH6.5, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-6A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4r / 検出器: CCD / 日付: 2009年2月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→50 Å / Num. all: 62297 / Num. obs: 61674 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(I): 1 / Biso Wilson estimate: 25.54 Å2
反射 シェル解像度: 1.7→1.76 Å / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CrystalClearデータ収集
PHENIX(phenix.refine)精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1PSU

1psu


解像度: 1.7→34.292 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.907 / SU ML: 0.2 / σ(F): 0.09 / 位相誤差: 15.88 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1875 3053 5.08 %
Rwork0.1294 57042 -
obs0.1323 60095 96.45 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 60.532 Å2 / ksol: 0.392 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 83.91 Å2 / Biso mean: 32.803 Å2 / Biso min: 13.02 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.14 Å20 Å20 Å2
2--1.132 Å2-0 Å2
3---0.008 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→34.292 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3829 0 196 367 4392
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0074208
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1285719
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.9781507
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.075660
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003692
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7-1.72660.1761280.09532330X-RAY DIFFRACTION87
1.7266-1.75490.19771390.09312412X-RAY DIFFRACTION92
1.7549-1.78510.20331430.09412483X-RAY DIFFRACTION94
1.7851-1.81760.19991200.10312494X-RAY DIFFRACTION94
1.8176-1.85250.20371250.09492555X-RAY DIFFRACTION94
1.8525-1.89030.17561260.09552489X-RAY DIFFRACTION95
1.8903-1.93140.19261590.09532557X-RAY DIFFRACTION97
1.9314-1.97640.1711550.09762595X-RAY DIFFRACTION98
1.9764-2.02580.1671270.09422650X-RAY DIFFRACTION99
2.0258-2.08060.21841180.09822648X-RAY DIFFRACTION99
2.0806-2.14180.18261560.10562658X-RAY DIFFRACTION99
2.1418-2.21090.15271550.09852648X-RAY DIFFRACTION99
2.2109-2.28990.18231350.09722632X-RAY DIFFRACTION99
2.2899-2.38160.1871240.1012651X-RAY DIFFRACTION99
2.3816-2.48990.18871420.1162639X-RAY DIFFRACTION99
2.4899-2.62110.19431530.1262681X-RAY DIFFRACTION99
2.6211-2.78530.21551310.13132659X-RAY DIFFRACTION99
2.7853-3.00020.19911180.13422724X-RAY DIFFRACTION99
3.0002-3.30190.16271630.13942705X-RAY DIFFRACTION100
3.3019-3.77920.16311600.12852709X-RAY DIFFRACTION100
3.7792-4.75940.16351440.12192662X-RAY DIFFRACTION96
4.7594-34.29860.22141320.17692461X-RAY DIFFRACTION85

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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