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- PDB-3laz: The crystal structure of the N-terminal domain of D-galactarate d... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3laz
タイトルThe crystal structure of the N-terminal domain of D-galactarate dehydratase from Escherichia coli CFT073
要素D-galactarate dehydratase
キーワードLYASE / structural genomics / PSI-2 / protein structure initiative / midwest center for structural genomics / MCSG
機能・相同性
機能・相同性情報


galactarate dehydratase / galactarate catabolic process / galactarate dehydratase activity / D-galacturonate catabolic process / ferrous iron binding / protein homodimerization activity
類似検索 - 分子機能
Galactarate dehydratase GarD-like / Galactarate dehydratase (L-threo-forming) GarD, Enterobacteriaceae / Archaeosine Trna-guanine Transglycosylase; Chain: A, domain 4 - #110 / D-galactarate/Altronate dehydratase, C-terminal / UxaA/GarD, SAF domain / : / : / D-galactarate dehydratase/Altronate hydrolase, second domain / D-galactarate/Altronate dehydratase, C-terminal / SAF domain ...Galactarate dehydratase GarD-like / Galactarate dehydratase (L-threo-forming) GarD, Enterobacteriaceae / Archaeosine Trna-guanine Transglycosylase; Chain: A, domain 4 - #110 / D-galactarate/Altronate dehydratase, C-terminal / UxaA/GarD, SAF domain / : / : / D-galactarate dehydratase/Altronate hydrolase, second domain / D-galactarate/Altronate dehydratase, C-terminal / SAF domain / SAF / SAF domain / Archaeosine Trna-guanine Transglycosylase; Chain: A, domain 4 / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Galactarate dehydratase (L-threo-forming) / Galactarate dehydratase (L-threo-forming)
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.921 Å
データ登録者Tan, K. / Li, H. / Bearden, J. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: The crystal structure of the N-terminal domain of D-galactarate dehydratase from Escherichia coli CFT073
著者: Tan, K. / Li, H. / Bearden, J. / Joachimiak, A.
履歴
登録2010年1月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年1月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: D-galactarate dehydratase
B: D-galactarate dehydratase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,9102
ポリマ－21,9102
非ポリマー00
水1,45981
1
A: D-galactarate dehydratase

A: D-galactarate dehydratase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,9102
ポリマ－21,9102
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_554y,x,-z-1/41
Buried area2350 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area10760 Å2
手法PISA
2
B: D-galactarate dehydratase

B: D-galactarate dehydratase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,9102
ポリマ－21,9102
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_554x,-y,-z-1/21
Buried area2340 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area10680 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)106.279, 106.279, 51.389
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number91
Space group name H-MP4122
詳細Experimentally unknown. likely to form a dimer.

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要素

#1: タンパク質 D-galactarate dehydratase


分子量: 10955.176 Da / 分子数: 2 / 断片: N-terminal domain, residues 1-96 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: CFT073 / 遺伝子: c3883, yhaG / プラスミド: pMCSG19 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): pPK1037
参照: UniProt: Q8FDB6, UniProt: P39829*PLUS, galactarate dehydratase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 81 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.86 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.1M Tris pH 3.0M NaCl, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97931 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年11月2日 / 詳細: Mirror
放射モノクロメーター: Si 111 crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97931 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.92→48 Å / Num. all: 22935 / Num. obs: 22935 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 13.4 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 52.5
反射 シェル解像度: 1.92→1.95 Å / 冗長度: 9.2 % / Rmerge(I) obs: 0.743 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique all: 1066 / % possible all: 94.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SBC-Collectデータ収集
SHELXD位相決定
MLPHARE位相決定
直接法モデル構築
ARPモデル構築
WARPモデル構築
HKL-3000位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.5_2)精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
直接法位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.921→47.529 Å / SU ML: 0.22 / σ(F): 0.02 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2451 1080 5.12 %random
Rwork0.2033 ---
all0.2053 21079 --
obs0.2053 21079 91.44 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 50.076 Å2 / ksol: 0.368 e/Å3
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.921→47.529 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1488 0 0 81 1569
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0061517
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0882063
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.609555
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.072238
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004269
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9208-2.00820.36381190.32791973X-RAY DIFFRACTION74
2.0082-2.11410.31021240.24882284X-RAY DIFFRACTION85
2.1141-2.24660.25751080.21292421X-RAY DIFFRACTION89
2.2466-2.420.24711600.22422444X-RAY DIFFRACTION92
2.42-2.66350.28161440.22452557X-RAY DIFFRACTION95
2.6635-3.04890.28061480.24012647X-RAY DIFFRACTION97
3.0489-3.8410.24961320.19442740X-RAY DIFFRACTION99
3.841-47.54390.19771450.17292933X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID手法L11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
1refined4.05660.2396-1.2210.0191-0.23114.06490.10270.2667-0.3082-0.1123-0.0252-0.02131.4981-0.00510.05340.5092-0.0149-0.00450.2780.03180.350341.127717.6931-19.5843
22.6598-0.72841.69582.0814-0.47084.92270.0613-0.2482-0.0194-0.2872-0.0178-0.1020.3017-0.0224-0.02470.38070.02320.03970.32270.00820.303
35.79940.15941.18226.97161.27067.6860.3316-0.5724-0.36920.3342-0.3255-0.0201-0.7164-0.8251-0.24460.41310.00040.06810.4069-0.02760.3732
40.55950.4568-0.77390.3763-0.97637.09760.23290.14160.08410.0057-0.0770.0841-0.12530.0614-0.13890.58670.1852-0.01070.3523-0.01840.3098
精密化 TLSグループSelection details: chain B resid 12:93

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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