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Yorodumi- PDB-3lay: Alpha-Helical barrel formed by the decamer of the zinc resistance... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3lay | ||||||
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Title | Alpha-Helical barrel formed by the decamer of the zinc resistance-associated protein (STM4172) from Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium str. LT2 | ||||||
Components | Zinc resistance-associated protein | ||||||
Keywords | METAL BINDING PROTEIN / Zinc resistance-associated protein / Salmonella typhimurium LT2 / zraP / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID | ||||||
Function / homology | Heavy-metal resistance protein / Heavy-metal resistance / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) - #1490 / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / periplasmic space / Up-down Bundle / Mainly Alpha / Zinc resistance-associated protein Function and homology information | ||||||
Biological species | Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACMENT / Resolution: 2.7 Å | ||||||
Authors | Filippova, E.V. / Minasov, G. / Shuvalova, L. / Winsor, J. / Dubrovska, I. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | ||||||
Citation | Journal: To be Published Title: Alpha-Helical barrel formed by the decamer of the zinc resistance-associated protein (STM4172) from Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium str. LT2 Authors: Filippova, E.V. / Minasov, G. / Shuvalova, L. / Winsor, J. / Dubrovska, I. / Papazisi, L. / Anderson, W.F. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3lay.cif.gz | 172.1 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3lay.ent.gz | 132.3 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3lay.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 3lay_validation.pdf.gz | 517.3 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 3lay_full_validation.pdf.gz | 525.1 KB | Display | |
Data in XML | 3lay_validation.xml.gz | 26.8 KB | Display | |
Data in CIF | 3lay_validation.cif.gz | 38.9 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/la/3lay ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/la/3lay | HTTPS FTP |
-Related structure data
Similar structure data | |
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Other databases |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 18892.006 Da / Num. of mol.: 10 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (bacteria) Strain: LT2 / Gene: STM4172, STMF1.61, zraP / Plasmid: pMCSG7 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3)-Magic / References: UniProt: Q9L9I0 #2: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal grow | Temperature: 295 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6.5 Details: 0.2 M Sodium chloride, 0.1 M Bis-tris, 25 % (w/v) PEG 3350, 0.2 mM Zn acetate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K |
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-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 21-ID-G / Wavelength: 0.97872 Å |
Detector | Type: MARMOSAIC 300 mm CCD / Detector: CCD / Date: Nov 25, 2009 / Details: beryllium lenses |
Radiation | Monochromator: diamond / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97872 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.7→83.33 Å / Num. all: 31571 / Num. obs: 31571 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 7.3 % / Biso Wilson estimate: 65.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 40.9 |
Reflection shell | Resolution: 2.7→2.75 Å / Redundancy: 6.4 % / Rmerge(I) obs: 0.48 / Mean I/σ(I) obs: 3.9 / % possible all: 100 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACMENT / Resolution: 2.7→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.94 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.92 / SU B: 25.215 / SU ML: 0.252 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.631 / ESU R Free: 0.33 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 29.7 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.45 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.7→30 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.7→2.77 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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