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万見
- PDB-3l9l: Crystal structure of pka with compound 36 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3l9l
タイトルCrystal structure of pka with compound 36
要素
  • cAMP-dependent protein kinase catalytic subunit alpha
  • cAMP-dependent protein kinase inhibitor alpha
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / PKB / inhibitor / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


cAMP/PKA signal transduction / PKA-mediated phosphorylation of CREB / PKA-mediated phosphorylation of key metabolic factors / ROBO receptors bind AKAP5 / channel activator activity / HDL assembly / Regulation of glycolysis by fructose 2,6-bisphosphate metabolism / mitochondrial protein catabolic process / negative regulation of cAMP-dependent protein kinase activity / negative regulation of cAMP/PKA signal transduction ...cAMP/PKA signal transduction / PKA-mediated phosphorylation of CREB / PKA-mediated phosphorylation of key metabolic factors / ROBO receptors bind AKAP5 / channel activator activity / HDL assembly / Regulation of glycolysis by fructose 2,6-bisphosphate metabolism / mitochondrial protein catabolic process / negative regulation of cAMP-dependent protein kinase activity / negative regulation of cAMP/PKA signal transduction / nucleotide-activated protein kinase complex / cell communication by electrical coupling involved in cardiac conduction / high-density lipoprotein particle assembly / Rap1 signalling / regulation of protein processing / protein localization to lipid droplet / regulation of bicellular tight junction assembly / cellular response to parathyroid hormone stimulus / regulation of osteoblast differentiation / cAMP-dependent protein kinase inhibitor activity / cAMP-dependent protein kinase / cellular response to cold / cAMP-dependent protein kinase activity / Loss of phosphorylation of MECP2 at T308 / sperm capacitation / CREB1 phosphorylation through the activation of Adenylate Cyclase / PKA activation / cAMP-dependent protein kinase complex / negative regulation of glycolytic process through fructose-6-phosphate / ciliary base / AMP-activated protein kinase activity / negative regulation of protein import into nucleus / negative regulation of interleukin-2 production / postsynaptic modulation of chemical synaptic transmission / Triglyceride catabolism / protein kinase A regulatory subunit binding / plasma membrane raft / protein kinase A catalytic subunit binding / PKA activation in glucagon signalling / Regulation of MECP2 expression and activity / mesoderm formation / RET signaling / Interleukin-3, Interleukin-5 and GM-CSF signaling / DARPP-32 events / regulation of cardiac muscle contraction / regulation of cardiac conduction / sperm flagellum / regulation of macroautophagy / renal water homeostasis / regulation of cardiac muscle contraction by regulation of the release of sequestered calcium ion / Hedgehog 'off' state / regulation of proteasomal protein catabolic process / negative regulation of smoothened signaling pathway / Ion homeostasis / Loss of Nlp from mitotic centrosomes / Loss of proteins required for interphase microtubule organization from the centrosome / Recruitment of mitotic centrosome proteins and complexes / positive regulation of gluconeogenesis / sperm midpiece / negative regulation of TORC1 signaling / Recruitment of NuMA to mitotic centrosomes / cellular response to glucagon stimulus / regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / Anchoring of the basal body to the plasma membrane / calcium channel complex / Mitochondrial protein degradation / cellular response to epinephrine stimulus / protein kinase A signaling / protein serine/threonine/tyrosine kinase activity / protein export from nucleus / CD209 (DC-SIGN) signaling / positive regulation of calcium-mediated signaling / regulation of heart rate / AURKA Activation by TPX2 / FCGR3A-mediated IL10 synthesis / acrosomal vesicle / positive regulation of protein export from nucleus / neural tube closure / Regulation of insulin secretion / cellular response to glucose stimulus / Degradation of GLI1 by the proteasome / Degradation of GLI2 by the proteasome / GLI3 is processed to GLI3R by the proteasome / MAPK6/MAPK4 signaling / neuromuscular junction / positive regulation of insulin secretion / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / cytokine-mediated signaling pathway / VEGFA-VEGFR2 Pathway / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / mRNA processing / Glucagon-like Peptide-1 (GLP1) regulates insulin secretion / ADORA2B mediated anti-inflammatory cytokines production / GPER1 signaling / Regulation of PLK1 Activity at G2/M Transition / manganese ion binding / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / cellular response to heat / peptidyl-serine phosphorylation / dendritic spine
類似検索 - 分子機能
cAMP-dependent protein kinase inhibitor / cAMP-dependent protein kinase inhibitor / cAMP-dependent protein kinase catalytic subunit / Extension to Ser/Thr-type protein kinases / AGC-kinase, C-terminal / AGC-kinase C-terminal domain profile. / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 ...cAMP-dependent protein kinase inhibitor / cAMP-dependent protein kinase inhibitor / cAMP-dependent protein kinase catalytic subunit / Extension to Ser/Thr-type protein kinases / AGC-kinase, C-terminal / AGC-kinase C-terminal domain profile. / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-L9L / cAMP-dependent protein kinase catalytic subunit alpha / cAMP-dependent protein kinase inhibitor alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Huang, X.
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2010
タイトル: Azole-based inhibitors of AKT/PKB for the treatment of cancer.
著者: Zeng, Q. / Allen, J.G. / Bourbeau, M.P. / Wang, X. / Yao, G. / Tadesse, S. / Rider, J.T. / Yuan, C.C. / Hong, F.T. / Lee, M.R. / Zhang, S. / Lofgren, J.A. / Freeman, D.J. / Yang, S. / Li, C. ...著者: Zeng, Q. / Allen, J.G. / Bourbeau, M.P. / Wang, X. / Yao, G. / Tadesse, S. / Rider, J.T. / Yuan, C.C. / Hong, F.T. / Lee, M.R. / Zhang, S. / Lofgren, J.A. / Freeman, D.J. / Yang, S. / Li, C. / Tominey, E. / Huang, X. / Hoffman, D. / Yamane, H.K. / Fotsch, C. / Dominguez, C. / Hungate, R. / Zhang, X.
履歴
登録2010年1月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年1月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22011年11月16日Group: Atomic model
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: cAMP-dependent protein kinase catalytic subunit alpha
C: cAMP-dependent protein kinase inhibitor alpha
B: cAMP-dependent protein kinase catalytic subunit alpha
D: cAMP-dependent protein kinase inhibitor alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,9356
ポリマ－86,0704
非ポリマー8652
水13,565753
1
A: cAMP-dependent protein kinase catalytic subunit alpha
C: cAMP-dependent protein kinase inhibitor alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,4673
ポリマ－43,0352
非ポリマー4321
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1840 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area16560 Å2
手法PISA
2
B: cAMP-dependent protein kinase catalytic subunit alpha
D: cAMP-dependent protein kinase inhibitor alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,4673
ポリマ－43,0352
非ポリマー4321
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1740 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area16440 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)118.039, 114.424, 71.807
Angle α, β, γ (deg.)90.0, 125.786, 90.0
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-548-

HOH

21A-623-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 cAMP-dependent protein kinase catalytic subunit alpha / PKA C-alpha


分子量: 40808.570 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PRKACA, PKACA
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P17612, cAMP-dependent protein kinase
#2: タンパク質・ペプチド cAMP-dependent protein kinase inhibitor alpha / cAMP-dependent protein kinase inhibitor / muscle/brain isoform / PKI-alpha


分子量: 2226.411 Da / 分子数: 2 / Fragment: sequence database residues 6-25 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PKIA, PRKACN1
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P61925
#3: 化合物 ChemComp-L9L / 5-[2-({(2S)-2-amino-3-[4-(trifluoromethyl)phenyl]propyl}amino)-1,3-thiazol-5-yl]-1,3-dihydro-2H-indol-2-one


分子量: 432.462 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H19F3N4OS
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 753 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.18 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 1.0 M LiCl, 20-30% PEG6K, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E DW / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→30 Å / Num. all: 60834 / Num. obs: 58036 / % possible obs: 95.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.45 % / Rmerge(I) obs: 0.047 / Net I/σ(I): 29.2
反射 シェル解像度: 1.9→1.97 Å / Rmerge(I) obs: 0.216 / Mean I/σ(I) obs: 5.53 / % possible all: 78.9

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解析

ソフトウェア
名称分類
CrystalClearデータ収集
AMoRE位相決定
CNS精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1ATP

1atp


解像度: 2→30 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.262 2580 RANDOM
Rwork0.219 --
all-52153 -
obs-50774 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5851 0 60 753 6664

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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