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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3l9g | ||||||
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タイトル | Urate oxidase complexed with uric acid and chloride | ||||||
![]() | Uricase | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / URATE OXIDASE / HIGH RESOLUTION / URIC ACID / ASPERGILLUS FLAVUS / Peroxisome / Purine metabolism | ||||||
機能・相同性 | ![]() purine nucleobase catabolic process / factor-independent urate hydroxylase / urate oxidase activity / urate catabolic process / peroxisome 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Prange, T. / Colloc'h, N. / Gabison, L. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Near-atomic resolution structures of urate oxidase complexed with its substrate and analogues: the protonation state of the ligand. 著者: Gabison, L. / Chiadmi, M. / El Hajji, M. / Castro, B. / Colloc'h, N. / Prange, T. #1: ![]() タイトル: Recapture of [S]-allantoin, the product of the two-step degradation of uric acid, by urate oxidase. 著者: Gabison, L. / Chiadmi, M. / Colloc'h, N. / Castro, B. / El Hajji, M. / Prange, T. #2: ![]() タイトル: Structural analysis of urate oxidase in complex with its natural substrate inhibited by cyanide: mechanistic implications. 著者: Gabison, L. / Prange, T. / Colloc'h, N. / El Hajji, M. / Castro, B. / Chiadmi, M. #3: ![]() タイトル: Oxygen pressurized X-ray crystallography: probing the dioxygen binding site in cofactorless urate oxidase and implications for its catalytic mechanism. 著者: Colloc'h, N. / Gabison, L. / Monard, G. / Altarsha, M. / Chiadmi, M. / Marassio, G. / Sopkova-de Oliveira Santos, J. / El Hajji, M. / Castro, B. / Abraini, J.H. / Prange, T. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 81.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 58.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 443.2 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 444 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 15.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 22.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 33524.758 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 2-296 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: Q00511, factor-independent urate hydroxylase |
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-非ポリマー , 5種, 252分子 ![](data/chem/img/URC.gif)
![](data/chem/img/MRD.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/MRD.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ChemComp-URC / |
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#3: 化合物 | ChemComp-MRD / ( |
#4: 化合物 | ChemComp-CL / |
#5: 化合物 | ChemComp-NA / |
#6: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.2 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: バッチ法 / pH: 8 詳細: 0.05M TRIS BUFFER PH 8, 8% PEG 8000, BATCH, temperature 291K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2008年7月14日 / 詳細: SI(111) |
放射 | モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.948 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.75→10.2 Å / Num. all: 41223 / Num. obs: 39071 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 4 / 冗長度: 4.7 % / Biso Wilson estimate: 19 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.055 / Rsym value: 0.053 / Net I/σ(I): 33.1 |
反射 シェル | 解像度: 1.75→1.85 Å / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.201 / Mean I/σ(I) obs: 4.1 / Num. unique all: 3868 / Rsym value: 0.188 / % possible all: 99 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 3L8W 解像度: 1.75→10 Å / Num. parameters: 10643 / Num. restraintsaints: 9920 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER
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Refine analyze | Num. disordered residues: 8 / Occupancy sum hydrogen: 2304.5 / Occupancy sum non hydrogen: 2627.5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.75→10 Å
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拘束条件 |
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