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万見
- PDB-3l8g: Crystal Structure of D,D-heptose 1.7-bisphosphate phosphatase fro... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3l8g
タイトルCrystal Structure of D,D-heptose 1.7-bisphosphate phosphatase from E. Coli complexed with D-glycero-D-manno-heptose 1 ,7-bisphosphate
要素D,D-heptose 1,7-bisphosphate phosphatase
キーワードHYDROLASE / HAD superfamily / GMHB / D-glycero-D-manno-heptose-1 / 7-bisphosphate phosphatase / Carbohydrate metabolism / Cytoplasm / Lipopolysaccharide biosynthesis
機能・相同性
機能・相同性情報


D-glycero-beta-D-manno-heptose 1,7-bisphosphate 7-phosphatase / D-glycero-beta-D-manno-heptose 1,7-bisphosphate 7-phosphatase activity / ADP-L-glycero-beta-D-manno-heptose biosynthetic process / lipopolysaccharide core region biosynthetic process / magnesium ion binding / zinc ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
D,D-heptose 1,7-bisphosphate phosphatase / Histidinol-phosphate phosphatase / HAD-superfamily hydrolase,subfamily IIIA / HAD-hyrolase-like / HAD superfamily/HAD-like / HAD superfamily / HAD-like superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-GMB / D-glycero-beta-D-manno-heptose-1,7-bisphosphate 7-phosphatase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.18 Å
データ登録者Nguyen, H. / Peisach, E. / Allen, K.N.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2010
タイトル: Structural Determinants of Substrate Recognition in the HAD Superfamily Member d-glycero-d-manno-Heptose-1,7-bisphosphate Phosphatase (GmhB) .
著者: Nguyen, H.H. / Wang, L. / Huang, H. / Peisach, E. / Dunaway-Mariano, D. / Allen, K.N.
履歴
登録2009年12月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年2月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp / pdbx_struct_conn_angle ...chem_comp / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.type / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id ..._chem_comp.type / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: D,D-heptose 1,7-bisphosphate phosphatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,7525
ポリマ－21,2691
非ポリマー4834
水1,42379
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.669, 51.572, 52.185
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 2分子 A

#1: タンパク質 D,D-heptose 1,7-bisphosphate phosphatase / D-glycero-D-manno-heptose 1 / 7-bisphosphate phosphatase


分子量: 21268.887 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: b0200, gmhB, JW0196, yaeD / プラスミド: pET3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B-834
参照: UniProt: P63228, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 1価のリン酸エステル加水分解酵素
#5: 糖 ChemComp-GMB / 1,7-di-O-phosphono-L-glycero-beta-D-manno-heptopyranose


タイプ: D-saccharide / 分子量: 370.142 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H16O13P2

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非ポリマー , 4種, 82分子

#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 79 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.93 %
結晶化温度: 298 K / 手法: ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1M Tris, 5mM MgCl2, 25% PEG 3350, pH 7.5, hanging drop, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2007年2月11日 / 詳細: Osmic mirrors
放射モノクロメーター: Nickel / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.18→50 Å / Num. obs: 9183 / % possible obs: 97.2 % / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.073 / Net I/σ(I): 16.6
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obs% possible all
2.18-2.263.50.42799
2.26-2.353.50.34298.5
2.35-2.463.40.28398.2
2.46-2.583.50.23698.5
2.58-2.753.50.18197.5
2.75-2.963.60.12398.5
2.96-3.263.60.08497.2
3.26-3.733.60.04897.8
3.73-4.73.60.03795.6
4.7-503.50.03692

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX1.5_2精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
CrystalClearデータ収集
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.18→18.341 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.23 / σ(F): 0.06 / 位相誤差: 24.26 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2554 420 4.79 %
Rwork0.1878 --
obs0.1911 8761 93.22 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 39.035 Å2 / ksol: 0.386 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 31.383 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.997 Å20 Å20 Å2
2--1.245 Å2-0 Å2
3---3.752 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.18→18.341 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1432 0 25 79 1536
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.011486
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2652021
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.282559
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.073219
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004262
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.18-2.260.30661440.22052643X-RAY DIFFRACTION91
2.4948-3.14060.26021270.19742779X-RAY DIFFRACTION94
3.1406-18.34150.23651490.17432919X-RAY DIFFRACTION95

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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