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- PDB-3l8b: Crystal structure of a replicative DNA polymerase bound to the ox... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3l8b
タイトルCrystal structure of a replicative DNA polymerase bound to the oxidized guanine lesion guanidinohydantoin
要素
  • DNA (5'-D(*AP*C*TP*(G35)P*TP*TP*AP*AP*GP*CP*AP*GP*TP*CP*CP*GP*CP*G)-3')
  • DNA (5'-D(*GP*CP*GP*GP*AP*CP*TP*GP*CP*TP*TP*AP*A)-3')
  • DNA polymerase
キーワードtransferase/DNA / DNA polymerase RB69 gp43 / protein-DNA complex / oxidative DNA lesion / guanidinohydantoin / DNA replication / DNA-binding / DNA-directed DNA polymerase / Exonuclease / Hydrolase / Nuclease / Nucleotidyltransferase / Transferase / transferase-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


bidirectional double-stranded viral DNA replication / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ / 3'-5' exonuclease activity / DNA-templated DNA replication / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / nucleotide binding / DNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
DnaQ-like 3'-5' exonuclease / Monooxygenase - #300 / Ribonuclease H-like motif / DNA-directed DNA polymerase T4 type / DNA Polymerase; Chain A, domain 1 / DNA Polymerase, chain B, domain 1 / B family DNA polymerase, finger domain / Palm domain of DNA polymerase / B family DNA polymerase, palm domain / : ...DnaQ-like 3'-5' exonuclease / Monooxygenase - #300 / Ribonuclease H-like motif / DNA-directed DNA polymerase T4 type / DNA Polymerase; Chain A, domain 1 / DNA Polymerase, chain B, domain 1 / B family DNA polymerase, finger domain / Palm domain of DNA polymerase / B family DNA polymerase, palm domain / : / Monooxygenase / DNA polymerase family B signature. / DNA-directed DNA polymerase, family B, multifunctional domain / DNA-directed DNA polymerase, family B, conserved site / DNA polymerase family B / DNA polymerase family B, exonuclease domain / DNA-directed DNA polymerase, family B, exonuclease domain / DNA polymerase, palm domain superfamily / DNA polymerase type-B family / DNA-directed DNA polymerase, family B / Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H / Nucleotidyltransferase; domain 5 / Helix Hairpins / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / DNA/RNA polymerase superfamily / Alpha-Beta Complex / Up-down Bundle / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / DNA-directed DNA polymerase
類似検索 - 構成要素
生物種Enterobacteria phage RB69 (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Aller, P. / Ye, Y. / Wallace, S.S. / Burrows, C.J. / Doublie, S.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2010
タイトル: Crystal structure of a replicative DNA polymerase bound to the oxidized guanine lesion guanidinohydantoin.
著者: Aller, P. / Ye, Y. / Wallace, S.S. / Burrows, C.J. / Doublie, S.
履歴
登録2009年12月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年3月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22021年10月13日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA polymerase
B: DNA polymerase
C: DNA (5'-D(*AP*C*TP*(G35)P*TP*TP*AP*AP*GP*CP*AP*GP*TP*CP*CP*GP*CP*G)-3')
D: DNA (5'-D(*GP*CP*GP*GP*AP*CP*TP*GP*CP*TP*TP*AP*A)-3')
E: DNA (5'-D(*AP*C*TP*(G35)P*TP*TP*AP*AP*GP*CP*AP*GP*TP*CP*CP*GP*CP*G)-3')
F: DNA (5'-D(*GP*CP*GP*GP*AP*CP*TP*GP*CP*TP*TP*AP*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)229,3608
ポリマ－229,1686
非ポリマー1922
水17,979998
1
A: DNA polymerase
C: DNA (5'-D(*AP*C*TP*(G35)P*TP*TP*AP*AP*GP*CP*AP*GP*TP*CP*CP*GP*CP*G)-3')
D: DNA (5'-D(*GP*CP*GP*GP*AP*CP*TP*GP*CP*TP*TP*AP*A)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)114,5843
ポリマ－114,5843
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4770 Å2
ΔGint-39 kcal/mol
Surface area43180 Å2
手法PISA
2
B: DNA polymerase
E: DNA (5'-D(*AP*C*TP*(G35)P*TP*TP*AP*AP*GP*CP*AP*GP*TP*CP*CP*GP*CP*G)-3')
F: DNA (5'-D(*GP*CP*GP*GP*AP*CP*TP*GP*CP*TP*TP*AP*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)114,7765
ポリマ－114,5843
非ポリマー1922
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4840 Å2
ΔGint-43 kcal/mol
Surface area43000 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)78.276, 120.246, 136.963
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 95.96, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 DNA polymerase / Gp43


分子量: 105069.586 Da / 分子数: 2 / 変異: D222A, D327A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterobacteria phage RB69 (ファージ)
遺伝子: 43, gp43 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q38087, DNA-directed DNA polymerase
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*AP*C*TP*(G35)P*TP*TP*AP*AP*GP*CP*AP*GP*TP*CP*CP*GP*CP*G)-3')


分子量: 5522.583 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: DNA template
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*CP*GP*GP*AP*CP*TP*GP*CP*TP*TP*AP*A)-3')


分子量: 3991.610 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: DNA primer
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 998 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.19 % / 解説: The Structure Factor file contains Friedel pairs
結晶化温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: reservoir: 12% PEG2000MME, 100mM Sodium Acetate, 150mM Magnesium Sulfate, 100mM Hepes pH 7.0, 6% Glycerol and 2mM Beta-mercaptoethanol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 297K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年10月23日
詳細: Si(111) Double Crystal Monochrometer. Adjustable focusing mirrors in K-B geometry
放射モノクロメーター: Double crystal cryo-cooled Si(111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→48.81 Å / Num. all: 270208 / Num. obs: 239932 / % possible obs: 88.8 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.3 % / Biso Wilson estimate: 30.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.126 / Net I/σ(I): 9.9
反射 シェル解像度: 2.15→2.23 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.707 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 99.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
PHASER位相決定
CNS1.21精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1IG9

1ig9


解像度: 2.15→48.81 Å / Isotropic thermal model: anisotropic / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2545 22718 -RANDOM
Rwork0.219 ---
all-270208 --
obs-239932 88.8 %-
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.41 Å20 Å24.75 Å2
2---0.54 Å20 Å2
3----0.87 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.28 Å / Luzzati d res low obs: 5 Å / Luzzati sigma a obs: 0.33 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.15→48.81 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14527 1182 10 998 16717
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006266
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.20839

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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