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- PDB-3l7x: The Crystal Structure of SMU.412c from Streptococcus mutans UA159 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3l7x
タイトルThe Crystal Structure of SMU.412c from Streptococcus mutans UA159
要素Putative Hit-like protein involved in cell-cycle regulation
キーワードCELL CYCLE / Hit-like protein / cell-cycle regulation
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleotide metabolic process / catalytic activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
HINT family / Histidine triad (HIT) protein / HIT domain / HIT domain profile. / HIT-like domain / HIT-like / HIT family, subunit A / HIT-like superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Hit-like protein involved in cell-cycle regulation
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus mutans (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.699 Å
データ登録者Su, X.-D. / Ye, Z.Y. / Liu, X.
引用ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: The Crystal Structure of SMU.412c from Streptococcus mutans UA159
著者: Su, X.-D. / Ye, Z.Y. / Liu, X.
履歴
登録2009年12月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年12月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative Hit-like protein involved in cell-cycle regulation
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,2544
ポリマ－19,1431
非ポリマー1113
水1,08160
1
A: Putative Hit-like protein involved in cell-cycle regulation
ヘテロ分子

A: Putative Hit-like protein involved in cell-cycle regulation
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,5088
ポリマ－38,2852
非ポリマー2236
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
Buried area5900 Å2
ΔGint-48 kcal/mol
Surface area14890 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)53.348, 53.348, 141.059
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 Putative Hit-like protein involved in cell-cycle regulation / smu.412c


分子量: 19142.537 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus mutans (バクテリア)
株: UA159 / 遺伝子: smu.412c / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8DVQ8
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 60 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.08 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 2.8M Sodium acetate trihydrate pH7.0, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-6A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4r / 検出器: CCD / 日付: 2008年11月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.699→50 Å / Num. all: 23363 / Num. obs: 23340 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 1 / Biso Wilson estimate: 21.62 Å2
反射 シェル解像度: 1.699→1.76 Å / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOLREP位相決定
PHENIX(phenix.refine)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1Y23

1y23


解像度: 1.699→35.274 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.853 / SU ML: 0.22 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.6 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2129 2000 8.58 %
Rwork0.1879 21313 -
obs0.1901 23313 99.93 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 72.804 Å2 / ksol: 0.391 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 95.83 Å2 / Biso mean: 28.933 Å2 / Biso min: 12.75 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.901 Å20 Å2-0 Å2
2--4.901 Å20 Å2
3----9.801 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.699→35.274 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1188 0 3 60 1251
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0211207
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.8751631
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.476434
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.154188
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.01216
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.6992-1.74170.28161390.22211480X-RAY DIFFRACTION100
1.7417-1.78880.24211410.19431501X-RAY DIFFRACTION100
1.7888-1.84140.23291390.18671490X-RAY DIFFRACTION100
1.8414-1.90080.22571390.18791478X-RAY DIFFRACTION100
1.9008-1.96880.2091400.17741489X-RAY DIFFRACTION100
1.9688-2.04760.21251410.1781501X-RAY DIFFRACTION100
2.0476-2.14080.21431410.16881508X-RAY DIFFRACTION100
2.1408-2.25360.19921420.17261513X-RAY DIFFRACTION100
2.2536-2.39480.22081420.18041510X-RAY DIFFRACTION100
2.3948-2.57960.19171410.17661503X-RAY DIFFRACTION100
2.5796-2.83910.24491440.19521541X-RAY DIFFRACTION100
2.8391-3.24970.22741450.20191538X-RAY DIFFRACTION100
3.2497-4.09330.1861490.16931585X-RAY DIFFRACTION100
4.0933-35.28180.19781570.18841676X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -9.6919 Å / Origin y: -10.3415 Å / Origin z: -6.3348 Å
111213212223313233
T0.0868 Å2-0.0103 Å2-0.0011 Å2-0.133 Å2-0.0052 Å2--0.1324 Å2
L0.4763 °2-0.098 °2-0.2148 °2-0.5916 °20.2291 °2--2.5144 °2
S0.0003 Å °0.0917 Å °0.023 Å °-0.074 Å °-0.0025 Å °-0.0197 Å °-0.155 Å °0.1644 Å °0.0037 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA-20 - 138
2X-RAY DIFFRACTION1allA1 - 140
3X-RAY DIFFRACTION1allA1 - 142
4X-RAY DIFFRACTION1allA1 - 206

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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