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- PDB-3l7j: Structure of the Wall Teichoic Acid Polymerase TagF, H444N variant -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3l7j | ||||||
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Title | Structure of the Wall Teichoic Acid Polymerase TagF, H444N variant | ||||||
![]() | Teichoic acid biosynthesis protein F | ||||||
![]() | STRUCTURAL PROTEIN / GT-B / monotopic membrane protein | ||||||
Function / homology | ![]() teichoic acid poly(glycerol phosphate) polymerase / CDP-glycerol glycerophosphotransferase activity / teichoic acid biosynthetic process / cell wall organization / plasma membrane Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Strynadka, N.C.J. / Lovering, A.L. | ||||||
![]() | ![]() Title: Structure of the bacterial teichoic acid polymerase TagF provides insights into membrane association and catalysis. Authors: Lovering, A.L. / Lin, L.Y. / Sewell, E.W. / Spreter, T. / Brown, E.D. / Strynadka, N.C. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 714 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 591.8 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 504 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 548.8 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 60.4 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 80.7 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 3l7iSC ![]() 3l7kC ![]() 3l7lC ![]() 3l7mC S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 87011.102 Da / Num. of mol.: 4 / Fragment: TagF / Mutation: H444N Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: Chemical | ChemComp-SO4 / #3: Chemical | ChemComp-CL / #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 1.81 Å3/Da / Density % sol: 31.89 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7.5 Details: 2M ammonium sulfate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: MARRESEARCH / Detector: CCD / Date: Jun 1, 2009 |
Radiation | Monochromator: synchrotron / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.81→50 Å / Num. obs: 450040 / % possible obs: 98.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 7.7 % / Rmerge(I) obs: 0.089 / Rsym value: 0.089 / Net I/σ(I): 16.5 |
Reflection shell | Resolution: 2.81→3 Å / Redundancy: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 0.581 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Rsym value: 0.581 / % possible all: 91.4 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 3L7I Resolution: 2.81→19.796 Å / SU ML: 0.41 / σ(F): 1.99 / σ(I): 0 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 28.541 Å2 / ksol: 0.266 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.81→19.796 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Selection details: chain D and resid 652:724) |