[日本語] English
万見
- PDB-3l6g: Crystal structure of lactococcal OpuAC in its open conformation -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3l6g
タイトルCrystal structure of lactococcal OpuAC in its open conformation
要素Betaine ABC transporter permease and substrate binding protein
キーワードGLYCINE BETAINE-BINDING PROTEIN / glycine betaine binding / substrate binding domain / venus fly-trap / Cell membrane / Membrane / Transmembrane / Transport
機能・相同性
機能・相同性情報


amine transmembrane transporter activity / carnitine transmembrane transporter activity / glycine betaine transport / choline transport / peptide transport / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / protein transport
類似検索 - 分子機能
Glycine betaine-binding periplasmic protein; domain 2 / ABC-type glycine betaine transport system, substrate-binding domain / Substrate binding domain of ABC-type glycine betaine transport system / ABC transporter type 1, transmembrane domain MetI-like / MetI-like superfamily / Binding-protein-dependent transport system inner membrane component / ABC transporter integral membrane type-1 domain profile. / Periplasmic binding protein-like II / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Betaine ABC transporter permease and substrate binding protein
類似検索 - 構成要素
生物種Lactococcus lactis (乳酸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Berntsson, R.P.A. / Wolters, J.C. / Gul, N. / Karasawa, A. / Thunnissen, A.M.W.H. / Slotboom, D.J. / Poolman, B.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2010
タイトル: Ligand binding and crystal structures of the substrate-binding domain of the ABC transporter OpuA.
著者: Wolters, J.C. / Berntsson, R.P. / Gul, N. / Karasawa, A. / Thunnissen, A.M. / Slotboom, D.J. / Poolman, B.
履歴
登録2009年12月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年5月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Betaine ABC transporter permease and substrate binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,8302
ポリマ－28,5471
非ポリマー2821
水5,044280
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.131, 68.131, 109.143
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

-
要素

#1: タンパク質 Betaine ABC transporter permease and substrate binding protein


分子量: 28547.410 Da / 分子数: 1 / 断片: substrate binding domain (UNP residues 320-573) / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The substrate binding domain at the C-terminal of the ABC-transporter OpuA
由来: (組換発現) Lactococcus lactis (乳酸菌) / 株: NZ9000 / 遺伝子: busAB, LL1451, L724, L72477 / プラスミド: pNZ9000 / 発現宿主: Lactococcus lactis (乳酸菌) / 株 (発現宿主): NZ9000 / 参照: UniProt: Q7DAU8
#2: 化合物 ChemComp-B3P / 2-[3-(2-HYDROXY-1,1-DIHYDROXYMETHYL-ETHYLAMINO)-PROPYLAMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL


分子量: 282.334 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H26N2O6 / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 280 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.55 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.2 M sodium iodide, 0.1 M Bis-Tris propane pH 8.5, 20% w/v PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.872 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年10月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→44.5 Å / Num. obs: 20918 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): 2 / Biso Wilson estimate: 24.533 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.099 / Net I/σ(I): 15.62
反射 シェル
解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique obs% possible all
1.9-2.010.5423.919408327898.9
2.01-2.150.3286.4188213113100
2.15-2.320.238.9175452917100
2.32-2.550.1611.9162752709100
2.55-2.850.10916147752467100
2.85-3.280.07222.2129382185100
3.28-4.020.04631.710864188699.7
4.02-5.660.03837.38214147999.5
5.660.03437.2451788498.1

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å48.18 Å
Translation2.5 Å48.18 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
PHASER2.2.0位相決定
PHENIX1.5_2精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2B4L

2b4l


解像度: 1.9→44.073 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.18 / FOM work R set: 0.89 / SU ML: 0.21 / σ(F): 2 / σ(I): 2 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.204 1046 5 %
Rwork0.167 --
obs0.169 20914 99.67 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 40.989 Å2 / ksol: 0.422 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 79.44 Å2 / Biso mean: 21.301 Å2 / Biso min: 6.04 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.045 Å20 Å20 Å2
2---0.045 Å2-0 Å2
3---0.089 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→44.073 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2005 0 19 280 2304
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0172095
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.4282842
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.103309
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007358
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.805781
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 7

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.899-1.9990.2631440.1912743288799
1.999-2.1240.2111460.15827772923100
2.124-2.2880.191480.14928132961100
2.288-2.5180.1981480.15128172965100
2.518-2.8830.2181490.16228322981100
2.883-3.6320.1891520.1628813033100
3.632-44.0850.1891590.183005316499

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る