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- PDB-3l6b: X-ray crystal structure of human serine racemase in complex with ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3l6b
タイトルX-ray crystal structure of human serine racemase in complex with malonate a potent inhibitor
要素Serine racemase
キーワードISOMERASE / pyridoxal phosphate / PLP / serine racemase
機能・相同性
機能・相同性情報


D-serine biosynthetic process / serine racemase / threonine racemase activity / serine racemase activity / serine family amino acid metabolic process / D-serine ammonia-lyase / L-serine ammonia-lyase / D-serine ammonia-lyase activity / L-serine ammonia-lyase activity / D-serine metabolic process ...D-serine biosynthetic process / serine racemase / threonine racemase activity / serine racemase activity / serine family amino acid metabolic process / D-serine ammonia-lyase / L-serine ammonia-lyase / D-serine ammonia-lyase activity / L-serine ammonia-lyase activity / D-serine metabolic process / Serine metabolism / pyruvate biosynthetic process / L-serine metabolic process / glycine binding / PDZ domain binding / : / pyridoxal phosphate binding / apical part of cell / response to lipopolysaccharide / response to xenobiotic stimulus / neuronal cell body / calcium ion binding / magnesium ion binding / protein homodimerization activity / ATP binding / identical protein binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Serine/threonine dehydratase, pyridoxal-phosphate-binding site / Serine/threonine dehydratases pyridoxal-phosphate attachment site. / Rossmann fold - #1100 / Pyridoxal-phosphate dependent enzyme / Pyridoxal-phosphate dependent enzyme / Tryptophan synthase beta subunit-like PLP-dependent enzyme / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
MALONATE ION / : / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / Serine racemase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Smith, M.A. / Barker, J. / Mack, V. / Ebneth, A. / Moraes, I. / Felicetti, B. / Cesura, A.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2010
タイトル: The structure of mammalian serine racemase: evidence for conformational changes upon inhibitor binding.
著者: Smith, M.A. / Mack, V. / Ebneth, A. / Moraes, I. / Felicetti, B. / Wood, M. / Schonfeld, D. / Mather, O. / Cesura, A. / Barker, J.
履歴
登録2009年12月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年1月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22021年11月10日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年4月3日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serine racemase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,8604
ポリマ－37,4561
非ポリマー4043
水3,909217
1
A: Serine racemase
ヘテロ分子

A: Serine racemase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,7208
ポリマ－74,9122
非ポリマー8086
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_565-x,-y+1,z1
Buried area1710 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area25550 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)54.570, 84.290, 69.980
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 Serine racemase


分子量: 37455.863 Da / 分子数: 1 / 変異: C2D, C6D / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SRR / プラスミド: PET24A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9GZT4, serine racemase
#2: 化合物 ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate / ピリドキサ-ル5′-りん酸


分子量: 247.142 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H10NO6P
#3: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#4: 化合物 ChemComp-MLI / MALONATE ION / マロナ-ト


分子量: 102.046 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H2O4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 217 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.73 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: pH 8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9796 / 波長: 0.9796 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年10月29日 / 詳細: MIRROR
放射モノクロメーター: Double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9796 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→38.32 Å / Num. obs: 52035 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 1.5 / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 15.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.049 / Rsym value: 0.049 / Net I/σ(I): 13.9
反射 シェル解像度: 1.5→1.58 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.275 / Mean I/σ(I) obs: 4.4 / Num. unique all: 49358 / Rsym value: 0.275 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CrystalClearデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: HUMAN SERINE RACEMASE SOLVED BY SELENOMETHIONINE SAD

解像度: 1.5→36.11 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.961 / SU B: 2.248 / SU ML: 0.039 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / σ(I): 1.5 / ESU R: 0.08 / ESU R Free: 0.063 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.177 2649 5.1 %RANDOM
Rwork0.16 ---
all0.161 49358 --
obs0.161 49358 98.6 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 12.53 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.05 Å20 Å20 Å2
2---0.04 Å20 Å2
3----0.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→36.11 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2432 0 23 217 2672
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0222507
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1691.9813416
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.2635324
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg42.29725.48493
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.21715428
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.949159
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0740.2409
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.021842
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2070.21269
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3020.21778
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1110.2164
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1370.244
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.0810.29
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9651.51656
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.52522618
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.183958
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.174.5796
LS精密化 シェル解像度: 1.5→1.54 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.257 193 -
Rwork0.208 3636 -
obs--99.97 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.9839-0.19140.00550.896-0.25180.639-0.015-0.12090.03320.06580.0118-0.00520.00270.02260.00320.0781-0.0069-0.00270.0865-0.00970.0519-1.12228.432-10.028
221.9736-4.17490.90050.7932-0.17110.03690.0174-0.8719-0.55260.26990.3803-1.49760.85180.5373-0.39780.47920.0018-0.00050.47650.00530.480619.42714.511-9.61
31.9682-0.03980.20461.54810.21381.56620.005-0.02940.055-0.0221-0.0357-0.1477-0.02330.12960.03070.06450.00910.02180.06640.01120.08312.60921.876-23.606
42.08290.3986-0.18062.5257-0.16491.10090.00380.0559-0.0551-0.09540.0069-0.01180.07870.0651-0.01070.09210.01520.03020.0768-0.00160.067310.81416.816-29.589
50.7062-0.0954-0.14990.50790.02450.583-0.0092-0.0726-0.07250.01320.00960.05590.0477-0.0138-0.00040.0741-0.00560.00150.06150.01740.0698-5.62619.131-14.627
60.56150.02740.06330.6240.09620.4009-0.00640.011-0.0109-0.06370.00680.07370.0198-0.03-0.00040.0694-0.0059-0.00540.05920.00630.0723-8.93225.947-23.729
72.83730.0675-0.51291.12450.13170.7465-0.02060.0550.1314-0.01670.05360.1707-0.0158-0.1416-0.0330.07960.003-0.00390.0670.01710.0842-13.86331.172-16.971
80000000.0120.1840.6114-0.1565-0.00550.7892-0.5558-0.2247-0.00650.81290.00750.00180.81580.00120.8199-5.1439.245-35.966
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A3 - 64
2X-RAY DIFFRACTION2A65 - 76
3X-RAY DIFFRACTION3A77 - 115
4X-RAY DIFFRACTION4A116 - 143
5X-RAY DIFFRACTION5A144 - 229
6X-RAY DIFFRACTION6A230 - 295
7X-RAY DIFFRACTION7A296 - 319
8X-RAY DIFFRACTION8A320 - 329

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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