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- PDB-3l5m: Xenobiotic reductase A - coumarin bound -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3l5m
タイトルXenobiotic reductase A - coumarin bound
要素Xenobiotic reductase A
キーワードOXIDOREDUCTASE / TIM barrel / FMN
機能・相同性
機能・相同性情報


NADPH dehydrogenase activity / FMN binding / NADP binding
類似検索 - 分子機能
NADPH dehydrogenase YqjM-like / NADH:flavin oxidoreductase/NADH oxidase, N-terminal / NADH:flavin oxidoreductase / NADH oxidase family / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
(R,R)-2,3-BUTANEDIOL / COUMARIN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / Xenobiotic reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas putida (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.1 Å
データ登録者Spiegelhauer, O. / Dobbek, H.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2010
タイトル: Cysteine as a modulator residue in the active site of xenobiotic reductase A: a structural, thermodynamic and kinetic study
著者: Spiegelhauer, O. / Mende, S. / Dickert, F. / Knauer, S.H. / Ullmann, G.M. / Dobbek, H.
履歴
登録2009年12月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年3月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22014年2月26日Group: Database references
改定 1.32023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Xenobiotic reductase A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,50913
ポリマ－39,9141
非ポリマー1,59512
水10,088560
1
A: Xenobiotic reductase A
ヘテロ分子

A: Xenobiotic reductase A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,01926
ポリマ－79,8282
非ポリマー3,19124
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
Buried area2710 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area24840 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.990, 83.373, 156.668
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1730-

HOH

21A-1850-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Xenobiotic reductase A


分子量: 39914.020 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas putida (バクテリア) / 株: 86 / 遺伝子: xenA / プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q3ZDM6*PLUS, NADPH dehydrogenase

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非ポリマー , 5種, 572分子

#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-BU3 / (R,R)-2,3-BUTANEDIOL / (2R,3R)-2,3-ブタンジオ-ル


分子量: 90.121 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O2
#4: 化合物 ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN


分子量: 456.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P
#5: 化合物 ChemComp-COU / COUMARIN / 2H-1-BENZOPYRAN-2-ONE / クマリン


分子量: 146.143 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H6O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 560 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

配列の詳細A SEQUENCE DATABASE REFERENCE WHICH DERIVES FROM PSEUDOMONAS PUTIDA STRAIN 86 DOES NOT CURRENTLY EXIST.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.15 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 1.5M Ammonium sulfate, 100mM Hepes, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.92 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.92 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.1→30 Å / Num. all: 153337 / Num. obs: 147817 / % possible obs: 96.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Biso Wilson estimate: 7.87 Å2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.5_2)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: 3L5L

3l5l


解像度: 1.1→29.331 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / FOM work R set: 0.869 / SU ML: 0.13 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 20.19 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2163 7389 5 %Random
Rwork0.1898 ---
all0.1911 153336 --
obs0.1911 147787 96.35 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 80 Å2 / ksol: 0.43 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 210.47 Å2 / Biso mean: 17.374 Å2 / Biso min: 0 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-6.409 Å2-0 Å2-0 Å2
2---2.694 Å20 Å2
3----3.715 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.1→29.331 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2778 0 101 560 3439
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0123104
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.4694269
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.511131
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.088453
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.012552
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.1-1.1390.3167220.289137271444995
1.139-1.1850.2287320.198138961462896
1.185-1.2390.3017180.281136531437194
1.239-1.3040.2817260.261137921451895
1.304-1.3860.2127410.173140711481297
1.386-1.4930.2287500.182142651501598
1.493-1.6430.1777630.1371448615249100
1.643-1.8810.1717530.142143131506698
1.881-2.3690.2317010.191133241402591
2.369-29.3410.1867830.175148711565499

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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