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万見
- PDB-3l4q: Structural insights into phosphoinositide 3-kinase activation by ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3l4q
タイトルStructural insights into phosphoinositide 3-kinase activation by the influenza A virus NS1 protein
要素
  • Non-structural protein 1
  • Phosphatidylinositol 3-kinase regulatory subunit beta
キーワードVIRAL PROTEIN/PROTEIN BINDING / PI3K / PHOSPHOINOSITIDE-3-KINASE / INFLUENZA VIRUS / NS1 / Kinase / VIRAL PROTEIN-PROTEIN BINDING complex
機能・相同性
機能・相同性情報


: / : / Inhibition of IFN-beta / : / Interleukin-7 signaling / Inhibition of PKR / IRS-mediated signalling / GPVI-mediated activation cascade / Signaling by SCF-KIT / Downstream signal transduction ...: / : / Inhibition of IFN-beta / : / Interleukin-7 signaling / Inhibition of PKR / IRS-mediated signalling / GPVI-mediated activation cascade / Signaling by SCF-KIT / Downstream signal transduction / PI3K/AKT activation / Role of phospholipids in phagocytosis / Tie2 Signaling / Role of LAT2/NTAL/LAB on calcium mobilization / Costimulation by the CD28 family / CD28 dependent PI3K/Akt signaling / Interleukin receptor SHC signaling / PI3K Cascade / PIP3 activates AKT signaling / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / Synthesis of PIPs at the plasma membrane / Inhibition of Host mRNA Processing and RNA Silencing / DAP12 signaling / symbiont-mediated suppression of host mRNA processing / Regulation of signaling by CBL / Microbial modulation of RIPK1-mediated regulated necrosis / symbiont-mediated suppression of host PKR/eIFalpha signaling / RET signaling / Interleukin-3, Interleukin-5 and GM-CSF signaling / VEGFA-VEGFR2 Pathway / regulation of actin filament polymerization / 1-phosphatidylinositol-3-kinase regulator activity / phosphatidylinositol 3-kinase regulatory subunit binding / NS1 Mediated Effects on Host Pathways / protein serine/threonine kinase inhibitor activity / regulation of stress fiber assembly / phosphatidylinositol 3-kinase complex / Extra-nuclear estrogen signaling / G alpha (q) signalling events / RIPK1-mediated regulated necrosis / intracellular glucose homeostasis / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of RIG-I activity / phosphatidylinositol phosphate biosynthetic process / transcription factor binding / Viral mRNA Translation / positive regulation of cell adhesion / regulation of protein localization to plasma membrane / response to endoplasmic reticulum stress / regulation of autophagy / PKR-mediated signaling / ISG15 antiviral mechanism / positive regulation of protein import into nucleus / cellular response to insulin stimulus / protein transport / insulin receptor signaling pathway / host cell cytoplasm / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / protein heterodimerization activity / focal adhesion / virus-mediated perturbation of host defense response / host cell nucleus / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / RNA binding / identical protein binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Phosphatidylinositol 3-kinase regulatory subunit beta, SH3 domain / Influenza virus non-structural protein, effector domain / Helix Hairpins - #1490 / Influenza A virus NS1 protein / Influenza A virus NS1, effector domain-like superfamily / Influenza non-structural protein (NS1) / Influenza non-structural protein (NS1) / PI3K p85 subunit, C-terminal SH2 domain / PI3K regulatory subunit p85-related , inter-SH2 domain / PI3K p85 subunit, N-terminal SH2 domain ...Phosphatidylinositol 3-kinase regulatory subunit beta, SH3 domain / Influenza virus non-structural protein, effector domain / Helix Hairpins - #1490 / Influenza A virus NS1 protein / Influenza A virus NS1, effector domain-like superfamily / Influenza non-structural protein (NS1) / Influenza non-structural protein (NS1) / PI3K p85 subunit, C-terminal SH2 domain / PI3K regulatory subunit p85-related , inter-SH2 domain / PI3K p85 subunit, N-terminal SH2 domain / Phosphatidylinositol 3-kinase regulatory subunit P85 inter-SH2 domain / Rho GTPase-activating protein domain / RhoGAP domain / Rho GTPase-activating proteins domain profile. / GTPase-activator protein for Rho-like GTPases / Rho GTPase activation protein / SH2 domain / Src homology 2 (SH2) domain profile. / Src homology 2 domains / SH2 domain / Src homology 3 domains / SH2 domain superfamily / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / Helix Hairpins / Nucleotidyltransferase; domain 5 / S15/NS1, RNA-binding / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Non-structural protein 1 / Phosphatidylinositol 3-kinase regulatory subunit beta
類似検索 - 構成要素
生物種Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Hale, B.G. / Kerry, P.S. / Jackson, D. / Precious, B.L. / Gray, A. / Killip, M.J. / Randall, R.E. / Russell, R.J.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2010
タイトル: Structural insights into phosphoinositide 3-kinase activation by the influenza A virus NS1 protein
著者: Hale, B.G. / Kerry, P.S. / Jackson, D. / Precious, B.L. / Gray, A. / Killip, M.J. / Randall, R.E. / Russell, R.J.
履歴
登録2009年12月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年2月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22014年2月12日Group: Database references
改定 1.32021年11月10日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年11月1日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Non-structural protein 1
C: Phosphatidylinositol 3-kinase regulatory subunit beta
B: Non-structural protein 1
D: Phosphatidylinositol 3-kinase regulatory subunit beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,3636
ポリマ－78,1794
非ポリマー1842
水5,062281
1
A: Non-structural protein 1
C: Phosphatidylinositol 3-kinase regulatory subunit beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,1823
ポリマ－39,0892
非ポリマー921
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1620 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area17990 Å2
手法PISA
2
B: Non-structural protein 1
D: Phosphatidylinositol 3-kinase regulatory subunit beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,1823
ポリマ－39,0892
非ポリマー921
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1650 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area17620 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.950, 98.670, 149.940
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Non-structural protein 1 / NS1 / NS1A


分子量: 18464.219 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 73-230 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
株: A/Puerto Rico/8/1934 H1N1 / 遺伝子: NS / プラスミド: pRSFDuet-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P03496
#2: タンパク質 Phosphatidylinositol 3-kinase regulatory subunit beta / P85BETA / PI3-kinase p85 subunit beta / PtdIns-3-kinase p85-beta


分子量: 20625.188 Da / 分子数: 2 / 断片: ISH2 domain, UNP residues 424-593 / Mutation: C495S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 遺伝子: PIK3R2 / プラスミド: pRSFDuet-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P23726
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 281 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.14 %

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 1.04 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年10月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.04 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→82.32 Å / Num. all: 38766 / Num. obs: 36826 / % possible obs: 99.35 %
反射 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / % possible all: 98.23

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解析

ソフトウェア名称: REFMAC / バージョン: 5.5.0070 / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2GX9 (chain A, B) and 2V1Y (chain C, D)

2gx9

2v1y


解像度: 2.3→49.97 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.927 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.89 / SU B: 7.22 / SU ML: 0.178 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.294 / ESU R Free: 0.252 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.29232 1940 5 %RANDOM
Rwork0.23195 ---
all0.23499 38766 --
obs0.23499 36826 99.35 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 51.188 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.25 Å20 Å20 Å2
2---0.22 Å20 Å2
3---1.47 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→49.97 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4630 0 12 281 4923
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0210.0224692
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8361.976298
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.3125561
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.28324.426244
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.8215949
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.1271546
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1230.2693
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.023488
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2761.52811
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.38524538
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.32331881
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.5494.51760
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.334 137 -
Rwork0.305 2639 -
obs--98.23 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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