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- PDB-3l4h: Helical box domain and second WW domain of the human E3 ubiquitin... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3l4h
タイトルHelical box domain and second WW domain of the human E3 ubiquitin-protein ligase HECW1
要素E3 ubiquitin-protein ligase HECW1
キーワードPROTEIN BINDING / E3 ligase / WW domain / UBL-conjugation pathway / structural genomics / Structural Genomics Consortium / SGC / Coiled coil / Cytoplasm / Ligase / helical box domain
機能・相同性
機能・相同性情報


HECT-type E3 ubiquitin transferase / regulation of dendrite morphogenesis / Degradation of DVL / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / ubiquitin protein ligase activity / ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein ubiquitination / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
E3 ubiquitin-protein ligase HECW1/2, N-terminal / E3 ubiquitin-protein ligase HECW, C2 domain / E3 ubiquitin-protein ligase HECW1, helical box domain / N-terminal domain of E3 ubiquitin-protein ligase HECW1 and 2 / Helical box domain of E3 ubiquitin-protein ligase HECW1 / : / HECT domain / HECT, E3 ligase catalytic domain / HECT-domain (ubiquitin-transferase) / HECT domain profile. ...E3 ubiquitin-protein ligase HECW1/2, N-terminal / E3 ubiquitin-protein ligase HECW, C2 domain / E3 ubiquitin-protein ligase HECW1, helical box domain / N-terminal domain of E3 ubiquitin-protein ligase HECW1 and 2 / Helical box domain of E3 ubiquitin-protein ligase HECW1 / : / HECT domain / HECT, E3 ligase catalytic domain / HECT-domain (ubiquitin-transferase) / HECT domain profile. / Domain Homologous to E6-AP Carboxyl Terminus with / Protein kinase C conserved region 2 (CalB) / C2 domain / WW domain / WW/rsp5/WWP domain signature. / C2 domain / C2 domain profile. / WW domain superfamily / WW/rsp5/WWP domain profile. / Domain with 2 conserved Trp (W) residues / WW domain / C2 domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETIC ACID / E3 ubiquitin-protein ligase HECW1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Walker, J.R. / Qiu, L. / Li, Y. / Weigelt, J. / Bountra, C. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Botchkarev, A. / Dhe-Paganon, S. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: The tandem helical box and second WW domains of human HECW1
著者: Walker, J.R. / Qiu, L. / Li, Y. / Weigelt, J. / Bountra, C. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bochkarev, A. / Dhe-Paganon, S.
履歴
登録2009年12月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年5月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年11月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: E3 ubiquitin-protein ligase HECW1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,0362
ポリマ－12,9751
非ポリマー601
水1,29772
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)26.079, 44.082, 39.610
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 92.54, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 E3 ubiquitin-protein ligase HECW1 / HECT / C2 and WW domain-containing protein 1 / NEDD4-like E3 ubiquitin-protein ligase 1 / hNEDL1


分子量: 12975.484 Da / 分子数: 1
断片: helical box and second WW domain (UNP residues 948-1056)
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HECW1, KIAA0322, NEDL1 / プラスミド: PET28A-LIC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) V2R
参照: UniProt: Q76N89, 合成酵素; C-N結合を形成; 酸-D-アミノ酸リガーゼ（ペプチド合成）
#2: 化合物 ChemComp-ACY / ACETIC ACID / 酢酸


分子量: 60.052 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H4O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 72 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細THE COMPLETE SEQUENCE USED FOR CRYSTALLIZATION IS: ...THE COMPLETE SEQUENCE USED FOR CRYSTALLIZATION IS: GSEAESSQSSLDLRREGSLSPVNSQKITLLLQSPAVKFITNPEFFTVLHAN YSAYRVFTSSTCLKHMILKVRRDARNFERYQHNRDLVNFINMFADTRLELP RGWEIKTDQQGKSFFVDHNSRATTFIDPRIPLQNG. THE PROTEIN WAS CRYSTALLIZED IN THE PRESENCE OF TRYPSIN AND THE ACTUAL CRYSTALLIZED PROTEIN SEQUENCE MAY BE SHORTER. ONLY THE ORDERED PART OF THE PROTEIN IS REPORTED IN SEQRES RECORDS.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 29.83 %
結晶化温度: 291.1 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: equal volumes of protein (10 mg/ml) [containing 0.1 MM actetic acid PH 3.0] was mixed with crystallization buffer (1.0 M sodium citrate, 0.1 MM immidazole PH 8.0), along with trypsin at a ...詳細: equal volumes of protein (10 mg/ml) [containing 0.1 MM actetic acid PH 3.0] was mixed with crystallization buffer (1.0 M sodium citrate, 0.1 MM immidazole PH 8.0), along with trypsin at a concentration of 1 mg trypsin/500 mg protein. cryoprotected with 15% glycerol, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291.1K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97899 / 波長: 0.97899 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年12月16日 / 詳細: MIRROR
放射モノクロメーター: DOUBLE-CRYSTAL MONOCHROMATOR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97899 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→30 Å / Num. all: 8513 / Num. obs: 8513 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.9 % / Rsym value: 0.066 / Net I/σ(I): 31.0366
反射 シェル解像度: 1.8→1.83 Å / 冗長度: 4.2 % / Mean I/σ(I) obs: 5.462 / Num. unique all: 412 / Rsym value: 0.256 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-3000データ収集
SOLVE位相決定
REFMAC5.5.0102精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.8→29.45 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.969 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.943 / SU B: 5.608 / SU ML: 0.081 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.139 / ESU R Free: 0.13 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. ATOM RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL B FACTORS. ANISOU RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL U FACTORS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19956 413 4.9 %RANDOM
Rwork0.14995 ---
obs0.15228 7986 99.79 %-
all-8513 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 24.812 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.02 Å20 Å2-0.01 Å2
2---0.02 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→29.45 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数902 0 4 72 978
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.022960
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5461.9361303
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2055115
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.19522.65349
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.80415163
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.024159
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1060.2142
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.021749
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7381.5573
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.2632935
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.353387
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.644.5368
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.233 30 -
Rwork0.149 589 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
19.7368.868-0.220715.8897-2.85516.4823-0.61360.97080.2713-0.5010.3734-0.0326-0.19280.60340.24020.1798-0.0895-0.0010.23640.06630.07954.754637.156824.7555
23.87920.1214-0.74552.6155-0.55982.547-0.0246-0.01180.09260.00080.01690.0177-0.0728-0.08170.00770.04-0.0056-0.00240.0594-0.00830.06-3.446635.16434.9054
34.8463-3.05521.354912.2587-5.47161.3046-0.0369-0.07530.10910.3280.18250.2135-0.1703-0.0699-0.14550.0818-0.0030.02010.08780.01660.0776-5.912825.338942.6929
41.89631.8583-0.3472.1659-3.62493.54270.1464-0.33270.04410.3397-0.2879-0.1317-0.07420.33010.14150.1995-0.0052-0.02080.20450.0140.17691.036225.66145.8829
50.9663.784-0.975311.4177-1.725511.78170.1151-0.4125-0.02930.1568-0.0103-0.39360.36970.3607-0.10470.0608-0.0073-0.02590.1703-0.01440.06797.854931.989242.3917
69.61860.3672-2.28227.12191.38374.59020.0902-0.3550.60610.3315-0.0638-0.2816-0.09080.4036-0.02640.0461-0.012-0.00630.0699-0.02080.08966.737839.913837.7875
713.9809-5.5865-5.21861.16711.47787.3890.14040.20360.3769-0.11460.0893-0.1297-0.44460.0186-0.22980.09680.00620.01680.11890.01790.09410.210137.650630.836
85.02472.54721.96358.34041.06942.9955-0.13810.3261-0.198-0.57740.171-0.22190.02260.099-0.03290.08540.00010.02030.0919-0.00720.062612.518730.948931.6424
920.93999.6864-0.972410.8167-0.09955.35840.12130.1191-0.88770.2915-0.0753-0.50830.40660.133-0.0460.09730.0116-0.00340.0432-0.0080.06488.224623.108434.5828
103.5722-0.7293-1.32490.3934-1.41342.79980.0128-0.1308-0.1295-0.01240.0330.0819-0.0997-0.1088-0.04580.1174-0.00540.01760.0973-0.01340.0841-0.645924.614134.1363
1116.22563.985-5.89637.9297-2.10237.80410.1670.2638-0.2971-0.28580.15660.34670.6597-1.1905-0.32360.1159-0.0466-0.03290.2443-0.05640.1686-9.127521.233924.1135
125.33161.5429-1.97177.60420.77747.81950.11720.610.0696-0.29340.02950.0648-0.0706-0.3595-0.14670.08460.0345-0.01370.1326-0.0228-0.0008-0.38624.411517.3068
1310.30576.2670.529721.678-10.548815.655-0.0033-0.1674-0.7251-0.30520.0855-0.15470.97060.4032-0.08220.28620.1266-0.02760.2374-0.10440.23116.719216.2721.1762
147.20743.0157-1.08029.2656-5.605514.9580.05860.81140.5855-0.20160.22380.5435-0.68470.19-0.28240.1730.01090.0410.18010.01910.08954.074527.12116.9582
155.97022.7049-8.26349.2634-8.743730.37710.02610.35350.6156-0.7289-0.0841-0.345-0.49820.89460.0580.1237-0.03570.01990.19530.0170.15097.596726.890922.1749
165.9083-1.7245-2.33312.34451.68262.91610.10330.2820.0581-0.0347-0.0761-0.0176-0.0417-0.141-0.02730.06990.0067-0.01110.09250.00420.0187-4.81130.20426.927
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A948 - 953
2X-RAY DIFFRACTION2A954 - 966
3X-RAY DIFFRACTION3A967 - 973
4X-RAY DIFFRACTION4A974 - 980
5X-RAY DIFFRACTION5A981 - 988
6X-RAY DIFFRACTION6A989 - 993
7X-RAY DIFFRACTION7A994 - 998
8X-RAY DIFFRACTION8A999 - 1003
9X-RAY DIFFRACTION9A1004 - 1008
10X-RAY DIFFRACTION10A1009 - 1014
11X-RAY DIFFRACTION11A1015 - 1019
12X-RAY DIFFRACTION12A1020 - 1026
13X-RAY DIFFRACTION13A1027 - 1035
14X-RAY DIFFRACTION14A1036 - 1040
15X-RAY DIFFRACTION15A1041 - 1047
16X-RAY DIFFRACTION16A1048 - 1056

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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