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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3l4h | ||||||
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タイトル | Helical box domain and second WW domain of the human E3 ubiquitin-protein ligase HECW1 | ||||||
要素 | E3 ubiquitin-protein ligase HECW1 | ||||||
キーワード | PROTEIN BINDING (タンパク質) / E3 ligase (ユビキチンリガーゼ) / WW domain (WWドメイン) / UBL-conjugation pathway / structural genomics (構造ゲノミクス) / Structural Genomics Consortium / SGC / Coiled coil (コイルドコイル) / Cytoplasm (細胞質) / Ligase (リガーゼ) / helical box domain | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 negative regulation of sodium ion transmembrane transporter activity / HECT-type E3 ubiquitin transferase / regulation of dendrite morphogenesis / Degradation of DVL / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / protein polyubiquitination / positive regulation of protein catabolic process / ubiquitin protein ligase activity / ubiquitin-dependent protein catabolic process / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process ...negative regulation of sodium ion transmembrane transporter activity / HECT-type E3 ubiquitin transferase / regulation of dendrite morphogenesis / Degradation of DVL / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / protein polyubiquitination / positive regulation of protein catabolic process / ubiquitin protein ligase activity / ubiquitin-dependent protein catabolic process / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein ubiquitination / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.8 Å | ||||||
データ登録者 | Walker, J.R. / Qiu, L. / Li, Y. / Weigelt, J. / Bountra, C. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Botchkarev, A. / Dhe-Paganon, S. / Structural Genomics Consortium (SGC) | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: The tandem helical box and second WW domains of human HECW1 著者: Walker, J.R. / Qiu, L. / Li, Y. / Weigelt, J. / Bountra, C. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bochkarev, A. / Dhe-Paganon, S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3l4h.cif.gz | 52.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3l4h.ent.gz | 41.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3l4h.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l4/3l4h ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l4/3l4h | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 12975.484 Da / 分子数: 1 断片: helical box and second WW domain (UNP residues 948-1056) 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HECW1, KIAA0322, NEDL1 / プラスミド: PET28A-LIC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) V2R 参照: UniProt: Q76N89, 合成酵素; C-N結合を形成; 酸-D-アミノ酸リガーゼ(ペプチド合成) |
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#2: 化合物 | ChemComp-ACY / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
配列の詳細 | THE COMPLETE SEQUENCE USED FOR CRYSTALLIZATION IS: ...THE COMPLETE SEQUENCE USED FOR CRYSTALLIZ |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 29.83 % |
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結晶化 | 温度: 291.1 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 詳細: equal volumes of protein (10 mg/ml) [containing 0.1 MM actetic acid PH 3.0] was mixed with crystallization buffer (1.0 M sodium citrate, 0.1 MM immidazole PH 8.0), along with trypsin at a ...詳細: equal volumes of protein (10 mg/ml) [containing 0.1 MM actetic acid PH 3.0] was mixed with crystallization buffer (1.0 M sodium citrate, 0.1 MM immidazole PH 8.0), along with trypsin at a concentration of 1 mg trypsin/500 mg protein. cryoprotected with 15% glycerol, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291.1K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97899 / 波長: 0.97899 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年12月16日 / 詳細: MIRROR |
放射 | モノクロメーター: DOUBLE-CRYSTAL MONOCHROMATOR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97899 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→30 Å / Num. all: 8513 / Num. obs: 8513 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.9 % / Rsym value: 0.066 / Net I/σ(I): 31.0366 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.83 Å / 冗長度: 4.2 % / Mean I/σ(I) obs: 5.462 / Num. unique all: 412 / Rsym value: 0.256 / % possible all: 99.8 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.8→29.45 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.969 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.943 / SU B: 5.608 / SU ML: 0.081 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.139 / ESU R Free: 0.13 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. ATOM RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL B FACTORS. ANISOU RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL U FACTORS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 24.812 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→29.45 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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