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万見
- PDB-2lq5: NMR structure of the RNA binding motif 39 (RBM39) from Mus musculus -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2lq5
タイトルNMR structure of the RNA binding motif 39 (RBM39) from Mus musculus
要素RNA-binding protein 39
キーワードRNA BINDING PROTEIN / RNA binding domain / Structural Genomics / PSI-Biology / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Partnership for T-Cell Biology / TCELL
機能・相同性
機能・相同性情報


Nuclear Envelope Breakdown / Depolymerization of the Nuclear Lamina / RND3 GTPase cycle / Initiation of Nuclear Envelope (NE) Reformation / RAC3 GTPase cycle / RS domain binding / RAC2 GTPase cycle / RHOD GTPase cycle / mRNA Splicing - Major Pathway / RAC1 GTPase cycle ...Nuclear Envelope Breakdown / Depolymerization of the Nuclear Lamina / RND3 GTPase cycle / Initiation of Nuclear Envelope (NE) Reformation / RAC3 GTPase cycle / RS domain binding / RAC2 GTPase cycle / RHOD GTPase cycle / mRNA Splicing - Major Pathway / RAC1 GTPase cycle / RND2 GTPase cycle / RND1 GTPase cycle / RHOG GTPase cycle / U1 snRNP binding / regulation of mRNA splicing, via spliceosome / centriolar satellite / RNA splicing / mRNA processing / nuclear speck / protein-containing complex / RNA binding
類似検索 - 分子機能
Splicing factor, RBM39-like / Splicing factor RBM39, linker / linker between RRM2 and RRM3 domains in RBM39 protein / RNA recognition motif domain, eukaryote / RNA recognition motif / RRM (RNA recognition motif) domain / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain ...Splicing factor, RBM39-like / Splicing factor RBM39, linker / linker between RRM2 and RRM3 domains in RBM39 protein / RNA recognition motif domain, eukaryote / RNA recognition motif / RRM (RNA recognition motif) domain / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA-binding protein 39
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法溶液NMR / molecular dynamics
Model detailslowest energy, model 1
データ登録者Serrano, P. / Dutta, S.K. / Geralt, M. / Wuthrich, K. / Joint Center for Structural Genomics (JCSG) / Partnership for T-Cell Biology (TCELL)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: NMR structure of the RNA binding motif 39 (RBM39) from Mus musculus
著者: Serrano, P. / Dutta, S.K. / Geralt, M. / Wuthrich, K. / Joint Center for Structural Genomics (JCSG) / Partnership for T-Cell Biology (TCELL)
履歴
登録2012年2月23日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年3月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年10月21日Group: Database references / Structure summary
改定 1.22023年6月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.32024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA-binding protein 39


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,5161
ポリマ－12,5161
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 80target function
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 RNA-binding protein 39 / Coactivator of activating protein 1 and estrogen receptors / Coactivator of AP-1 and ERs / RNA- ...Coactivator of activating protein 1 and estrogen receptors / Coactivator of AP-1 and ERs / RNA-binding motif protein 39 / RNA-binding region-containing protein 2 / Transcription coactivator CAPER


分子量: 12516.202 Da / 分子数: 1 / 断片: RRM 3 domain residues 418-530 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Rbm39, Caper, Rnpc2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 DE3 / 参照: UniProt: Q8VH51

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1213D 1H-13C NOESY aliphatic
1313D 1H-15N NOESY
1413D 1H-13C NOESY aromatic
1514D APSY HACANH
1615D APSY CBCA(CO)NH
1715D APSY (HA)CA(CO)NH
1812D 1H-13C HSQC

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試料調製

詳細内容: 1.2 mM [U-95% 13C; U-95% 15N] protein, 4.5 mM sodium azide, 50 mM sodium chloride, 25 mM sodium phosphate, 95% H2O/5% D2O
溶媒系: 95% H2O/5% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1.2 mMentity-1[U-95% 13C; U-95% 15N]1
4.5 mMsodium azide-21
50 mMsodium chloride-31
25 mMsodium phosphate-41
試料状態イオン強度: 0.083 / pH: 6.0 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE6001
Bruker AvanceBrukerAVANCE8002

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解析

NMR software
名称開発者分類
CARAKeller and Wuthrichchemical shift assignment
CARAKeller and Wuthrichデータ解析
OPALpLuginbuhl, Guntert, Billeter and Wuthrich精密化
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
TopSpinBruker Biospinデータ解析
TopSpinBruker Biospincollection
TopSpinBruker Biospin解析
UNIOUnio Herrmann Wuthrichchemical shift assignment
UNIOUnio Herrmann Wuthrich構造決定
精密化手法: molecular dynamics / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 80 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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